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- PDB-7sg2: XPA5 TCR in complex with HLA-DQ2-omega1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sg2
タイトルXPA5 TCR in complex with HLA-DQ2-omega1
要素
  • (T-cell receptor, xpa5, ...) x 2
  • DQ2-glia-omega1 peptide
  • HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
  • MHC class II HLA-DQ-beta-1
キーワードIMMUNE SYSTEM / TCR-pHLA / Celiac disease
機能・相同性
機能・相同性情報


MHC class II receptor activity / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane ...MHC class II receptor activity / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / positive regulation of T cell activation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / endocytic vesicle membrane / late endosome membrane / Downstream TCR signaling / adaptive immune response / endosome membrane / immune response / Golgi membrane / lysosomal membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / MHC class II HLA-DQ-beta-1 / HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Ciacchi, L. / Farenc, C. / Petersen, J. / Reid, H.H. / Rossjohn, J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / : 2022
タイトル: Structural basis of T cell receptor specificity and cross-reactivity of two HLA-DQ2.5-restricted gluten epitopes in celiac disease.
著者: Ciacchi, L. / Farenc, C. / Dahal-Koirala, S. / Petersen, J. / Sollid, L.M. / Reid, H.H. / Rossjohn, J.
履歴
登録2021年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
B: MHC class II HLA-DQ-beta-1
F: HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
G: MHC class II HLA-DQ-beta-1
D: T-cell receptor, xpa5, alpha chain
E: T-cell receptor, xpa5, beta chain
C: DQ2-glia-omega1 peptide
H: DQ2-glia-omega1 peptide
I: T-cell receptor, xpa5, alpha chain
J: T-cell receptor, xpa5, beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,57119
ポリマ-191,74410
非ポリマー8279
1267
1
A: HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
B: MHC class II HLA-DQ-beta-1
D: T-cell receptor, xpa5, alpha chain
E: T-cell receptor, xpa5, beta chain
C: DQ2-glia-omega1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,29510
ポリマ-95,8725
非ポリマー4225
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
F: HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
G: MHC class II HLA-DQ-beta-1
H: DQ2-glia-omega1 peptide
I: T-cell receptor, xpa5, alpha chain
J: T-cell receptor, xpa5, beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,2769
ポリマ-95,8725
非ポリマー4044
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)137.245, 75.108, 216.431
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.160, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 180 or resid 201))
21(chain F and (resid 3 through 180 or resid 201))
12chain B
22(chain G and (resid 3 through 163 or resid 169 through 190))
13chain C
23chain H
14(chain D and (resid 4 through 143 or resid 149 through 195 or resid 200 through 203))
24(chain I and (resid 4 through 162 or resid 169 through 203))
15(chain E and (resid 2 through 192 or resid 199 through 255))
25(chain J and resid 2 through 255)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 3 through 180 or resid 201))A0
211(chain F and (resid 3 through 180 or resid 201))F0
112chain BB3 - 190
212(chain G and (resid 3 through 163 or resid 169 through 190))G3 - 163
222(chain G and (resid 3 through 163 or resid 169 through 190))G169 - 190
113chain CC0 - 12
213chain HH0 - 12
114(chain D and (resid 4 through 143 or resid 149 through 195 or resid 200 through 203))D4 - 143
124(chain D and (resid 4 through 143 or resid 149 through 195 or resid 200 through 203))D149 - 195
134(chain D and (resid 4 through 143 or resid 149 through 195 or resid 200 through 203))D200 - 203
214(chain I and (resid 4 through 162 or resid 169 through 203))I4 - 162
224(chain I and (resid 4 through 162 or resid 169 through 203))I169 - 203
115(chain E and (resid 2 through 192 or resid 199 through 255))E2 - 192
125(chain E and (resid 2 through 192 or resid 199 through 255))E199 - 255
215(chain J and resid 2 through 255)J2 - 255

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 AFBG

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain / DC-1 alpha chain / DC-alpha / HLA-DCA / MHC class II DQA1


分子量: 20683.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQA1 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01909
#2: タンパク質 MHC class II HLA-DQ-beta-1


分子量: 23556.455 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQB1 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O19712

-
T-cell receptor, xpa5, ... , 2種, 4分子 DIEJ

#3: タンパク質 T-cell receptor, xpa5, alpha chain


分子量: 22661.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#4: タンパク質 T-cell receptor, xpa5, beta chain


分子量: 27515.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

-
タンパク質・ペプチド / , 2種, 4分子 CH

#5: タンパク質・ペプチド DQ2-glia-omega1 peptide


分子量: 1455.567 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 14分子

#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C2H3O2
#9: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Ca
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.73 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Mother liquor: 16-18% PEG3350, 0.12-0.14 M CaOAc, 0.1 M Tris/HCl at pH 8.0, Additives: 2 mM reduced and oxidised Glutathione

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月6日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→45.44 Å / Num. obs: 39351 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.982 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 3913 / CC1/2: 0.661 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6MFF, 4OZI
解像度: 3.1→45.44 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2588 1956 4.97 %
Rwork0.2178 37375 -
obs0.2198 39331 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 195.84 Å2 / Biso mean: 73.1761 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→45.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12494 0 50 7 12551
Biso mean--89.85 46.34 -
残基数----1569
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDRmsタイプ
11A1655X-RAY DIFFRACTION8.173TORSIONAL
12F1655X-RAY DIFFRACTION8.173TORSIONAL
21B1700X-RAY DIFFRACTION8.173TORSIONAL
22G1700X-RAY DIFFRACTION8.173TORSIONAL
31C128X-RAY DIFFRACTION8.173TORSIONAL
32H128X-RAY DIFFRACTION8.173TORSIONAL
41D1505X-RAY DIFFRACTION8.173TORSIONAL
42I1505X-RAY DIFFRACTION8.173TORSIONAL
51E2190X-RAY DIFFRACTION8.173TORSIONAL
52J2190X-RAY DIFFRACTION8.173TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1-3.180.37871250.317626652790100
3.18-3.260.30211590.286926782837100
3.26-3.360.35271340.26525922726100
3.36-3.470.2921420.256626742816100
3.47-3.590.3151420.242926422784100
3.59-3.740.27521420.24326592801100
3.74-3.910.32751360.237726552791100
3.91-4.110.25011360.207426702806100
4.11-4.370.23541370.193426582795100
4.37-4.710.20321440.168426602804100
4.71-5.180.19591400.172126542794100
5.18-5.930.23431400.195326952835100
5.93-7.460.26671370.235727012838100
7.46-45.440.24861420.21762772291499
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -36.0845 Å / Origin y: 25.8572 Å / Origin z: 53.8266 Å
111213212223313233
T0.4668 Å2-0.0326 Å20.1036 Å2-0.4169 Å20.0304 Å2--0.3767 Å2
L1.5069 °20.0679 °21.4472 °2-0.2914 °20.0578 °2--1.4934 °2
S-0.0779 Å °-0.3179 Å °-0.005 Å °0.1211 Å °0.015 Å °-0.015 Å °-0.1868 Å °-0.3783 Å °0.0621 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1allA201 - 204
3X-RAY DIFFRACTION1allB3 - 190
4X-RAY DIFFRACTION1allF3 - 180
5X-RAY DIFFRACTION1allF201 - 301
6X-RAY DIFFRACTION1allG3 - 190
7X-RAY DIFFRACTION1allD3 - 217
8X-RAY DIFFRACTION1allE2 - 255
9X-RAY DIFFRACTION1allC0 - 12
10X-RAY DIFFRACTION1allH0 - 12
11X-RAY DIFFRACTION1allI4 - 203
12X-RAY DIFFRACTION1allJ2 - 301
13X-RAY DIFFRACTION1allW2 - 10
14X-RAY DIFFRACTION1allK1 - 2

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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