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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7sf5 | ||||||
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タイトル | M. tb EgtD in complex with HD3 | ||||||
要素 | Histidine N-alpha-methyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / SAM dependent methyl transferase / peptide like inhibitor / SAM binding domain / Histidine binding domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ergothioneine biosynthetic process / L-histidine Nalpha-methyltransferase / : / aminoacyl-tRNA ligase activity / protein methyltransferase activity / methylation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å | ||||||
データ登録者 | Sudasinghe, T.D. / Ronning, D.R. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021 タイトル: Inhibitors of Mycobacterium tuberculosis EgtD target both substrate binding sites to limit hercynine production. 著者: Sudasinghe, T.D. / Banco, M.T. / Ronning, D.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7sf5.cif.gz | 137.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7sf5.ent.gz | 105.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7sf5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7sf5_validation.pdf.gz | 970.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7sf5_full_validation.pdf.gz | 976.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7sf5_validation.xml.gz | 24.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7sf5_validation.cif.gz | 33.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/7sf5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/7sf5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: 1 - 321 / Label seq-ID: 1 - 321
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35314.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: egtD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A045KE74, L-histidine Nalpha-methyltransferase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.3 % |
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結晶化 | 温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M potassium phosphate dibasic and 20 % w/v polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年8月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.52→50.27 Å / Num. obs: 24381 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 1 % / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 2.52→2.61 Å / Num. unique obs: 2384 / CC1/2: 0.55 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4UY5 解像度: 2.52→50.27 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.37 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 86.43 Å2 / Biso mean: 35.6355 Å2 / Biso min: 10.75 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.52→50.27 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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