[日本語] English
万見
- PDB-7sev: Crystal structure of E coli contaminant protein YadF co-purified ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sev
タイトルCrystal structure of E coli contaminant protein YadF co-purified with a plant protein
要素Carbonic anhydrase 2
キーワードLYASE / YADF/P61517
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to carbon dioxide / carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / cellular response to oxidative stress / protein homotetramerization / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Prokaryotic-type carbonic anhydrases signature 1. / Prokaryotic-type carbonic anhydrases signature 2. / Carbonic anhydrase, prokaryotic-like, conserved site / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase superfamily / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chai, L. / Zhu, P. / Chai, J. / Pang, C. / Andi, B. / McsWeeney, S. / Shanklin, J. / Liu, Q.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
Department of Energy (DOE, United States) 米国
引用ジャーナル: Crystals / 年: 2021
タイトル: AlphaFold Protein Structure Database for Sequence-Independent Molecular Replacement
著者: Chai, L. / Zhu, P. / Chai, J. / Pang, C. / Andi, B. / McSweeney, S. / Shanklin, J. / Liu, Q.
履歴
登録2021年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2353
ポリマ－25,1311
非ポリマー1052
水1,20767
1
A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子

A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子

A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子

A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,94112
ポリマ－100,5234
非ポリマー4188
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
Buried area16610 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area32720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.500, 67.500, 85.212
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-421-

HOH

21A-426-

HOH

31A-445-

HOH

41A-466-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase 2


分子量: 25130.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61517, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.8 and 1.8 M (NH4)2SO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 1.891 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.891 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→36.03 Å / Num. obs: 16710 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Num. unique obs: 665 / CC1/2: 0.812

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold AF-P61517-F1

解像度: 2.3→36.03 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 26.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2427 757 4.53 %
Rwork0.2041 15953 -
obs0.2059 16710 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 87.55 Å2 / Biso mean: 38.9316 Å2 / Biso min: 24.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→36.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1689 0 2 67 1758
Biso mean--29.95 38.62 -
残基数----211
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.3-2.480.29591480.26323198
2.48-2.730.28371530.23943186
2.73-3.120.2661470.23653177
3.12-3.930.23781710.19643177
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3954-1.18172.95835.21650.16514.2737-0.11-0.3209-1.0410.09630.13130.23580.3399-0.1784-0.1260.5052-0.0543-0.01780.4177-0.02860.39912.98755.299630.6614
21.14722.31311.85214.86164.10173.7256-0.35490.34370.4058-0.5141-0.45350.9238-0.3503-0.64210.72390.3523-0.00010.03290.5865-0.03640.46347.23822.544439.1732
32.59150.23630.23372.0745-0.42422.09110.0416-0.2775-0.08570.3013-0.01860.11910.0439-0.1685-0.03760.2825-0.00040.03970.2638-0.00940.241421.793726.46155.5575
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 21 )A2 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 42 )A22 - 42
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 43 through 212 )A43 - 212

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る