PDB-7sen: Crystal structure of Fab containing a fluorescent noncanonical am...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7sen

タイトル

Crystal structure of Fab containing a fluorescent noncanonical amino acid with blocked excited state proton transfer

要素

5c8* Fab heavy chain
5c8* Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fragment antigen binding (Fab) / noncanonical amino acid / 7-hydroxycoumarin

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Henderson, J.N. / Mills, J.H. / Simmons, C.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structural Basis for Blocked Excited State Proton Transfer in a Fluorescent, Photoacidic Non-Canonical Amino Acid-Containing Antibody Fragment.
著者: Henderson, J.N. / Simmons, C.R. / Mills, J.H.

履歴

登録	2021年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7sen.cif.gz	179.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7sen.ent.gz	140.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7sen.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7sen_validation.pdf.gz	434.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7sen_full_validation.pdf.gz	435.6 KB	表示
XML形式データ	7sen_validation.xml.gz	17.9 KB	表示
CIF形式データ	7sen_validation.cif.gz	25.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/7sen ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/7sen	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7sgmC 6bjzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7rd3-1 6bjz-d 7rd9-d 6b5n-d 1q9k-d 7rcs-1 7o2z-d 7lkg-2 1rhh-2 7rm3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: 5c8* Fab heavy chain

L: 5c8* Fab light chain

48 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.174, 59.811, 73.043
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.090, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: 抗体	5c8* Fab heavy chain 分子量: 23988.801 Da / 分子数: 1 / 変異: W47L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	5c8* Fab light chain 分子量: 24013.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.71 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 27-33% PEG 3350, 0.1 M Citric acid/Sodium citrate pH 3.0-4.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.09→72.63 Å / Num. obs: 21470 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.133 / R_pim(I) all: 0.081 / R_rim(I) all: 0.156 / Χ²: 0.749 / Net I/σ(I): 4.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.1-2.14	2.7	0.411	751	0.782	0.266	0.492	0.563	66.1
2.14-2.18	2.8	0.412	796	0.817	0.265	0.491	0.585	70.6
2.18-2.22	2.9	0.4	865	0.849	0.259	0.479	0.669	76.9
2.22-2.26	3	0.451	968	0.828	0.289	0.538	0.566	83.3
2.26-2.31	3.1	0.409	992	0.855	0.262	0.487	0.56	89.6
2.31-2.37	3.3	0.438	1109	0.852	0.274	0.518	0.551	95.9
2.37-2.42	3.5	0.411	1118	0.875	0.255	0.484	0.513	99.1
2.42-2.49	3.6	0.435	1137	0.858	0.266	0.51	0.536	99.7
2.49-2.56	3.7	0.368	1133	0.883	0.223	0.431	0.567	100
2.56-2.65	3.8	0.347	1120	0.909	0.208	0.405	0.601	100
2.65-2.74	3.7	0.288	1120	0.937	0.173	0.336	0.675	100
2.74-2.85	3.8	0.235	1174	0.949	0.141	0.275	0.72	100
2.85-2.98	3.7	0.204	1117	0.966	0.123	0.239	0.774	100
2.98-3.14	3.7	0.161	1140	0.975	0.097	0.188	0.854	100
3.14-3.33	3.7	0.129	1144	0.979	0.078	0.15	0.979	100
3.33-3.59	3.7	0.1	1139	0.986	0.06	0.117	1.034	100
3.59-3.95	3.7	0.086	1152	0.989	0.052	0.101	1.011	100
3.95-4.52	3.6	0.064	1156	0.994	0.039	0.075	0.945	99.9
4.52-5.7	3.7	0.052	1140	0.996	0.031	0.061	0.756	100
5.7-50	3.7	0.057	1199	0.995	0.034	0.067	1.071	100

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	6.6 Å	49.76 Å
Translation	6.6 Å	49.76 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHASER	2.6.1	位相決定
REFMAC	5.8.0135	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6bjz

6bjz

解像度: 2.09→72.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 15.48 / SU ML: 0.196 / SU R Cruickshank DPI: 0.2888 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.289 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2533	1090	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1855	-	-	-
obs	0.189	20380	93.61 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 68.34 Å² / B_iso mean: 30.525 Å² / B_iso min: 15.82 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.22 Å²	0 Å²	-0.12 Å²
2-	-	0.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.09→72.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3266	0	0	131	3397
B_iso mean	-	-	-	28.45	-
残基数	-	-	-	-	436

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.02	3375
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3020
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.803	1.956	4606
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.009	3.001	7004
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.555	5.023	441
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.894	25.2	125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.693	15	513
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.465	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	524
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.021	3857
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	725

LS精密化シェル

解像度: 2.094→2.148 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	45	-
R_work	0.26	1021	-
all	-	1066	-
obs	-	-	62.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1924	0.8635	0.3389	1.879	1.3256	1.6283	-0.0133	-0.01	-0.0435	-0.1125	0.0154	-0.0809	-0.0782	0.0422	-0.0021	0.0773	-0.0009	0.0508	0.0016	0.0018	0.0378	26.6406	-2.3242	83.3478
2	0.0677	0.143	-0.1011	0.8584	-0.5138	1.1034	0.0188	0.0028	-0.003	0.0909	-0.0421	0.011	-0.0347	0.1173	0.0232	0.0414	-0.0079	0.0222	0.0212	-0.0041	0.0159	18.4179	-10.5647	112.1917
3	0.8902	0.0273	-0.1012	0.5909	-0.1762	1.6845	-0.0246	0.1251	0.026	-0.0135	0.0296	0.0043	0.1008	-0.0142	-0.005	0.0779	-0.0128	0.0452	0.0199	-0.0022	0.0304	5.025	-5.7784	80.1722
4	1.0386	0.4605	0.7924	0.8184	0.9571	1.2905	0.0181	-0.0019	0.0082	0.1642	-0.0047	0.0499	0.0841	0.0175	-0.0134	0.1211	-0.0215	0.0719	0.0063	-0.0146	0.0491	5.6155	-3.6922	118.1874

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	H	1 - 117
2	X-RAY DIFFRACTION	2	H	118 - 226
3	X-RAY DIFFRACTION	3	L	1 - 111
4	X-RAY DIFFRACTION	4	L	112 - 215

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関連情報:EMDBヘッダ

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