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- PDB-7sel: E. coli MsbA in complex with LPS and inhibitor G7090 (compound 3) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sel
タイトルE. coli MsbA in complex with LPS and inhibitor G7090 (compound 3)
要素ATP-dependent lipid A-core flippase
キーワードTRANSLOCASE / MsbA / Lipid A / LPS / inhibitor / LIPID TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type oligopeptide transporter activity / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ABC transporter transmembrane region fold / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter, lipid A-core flippase, MsbA / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. ...ABC transporter transmembrane region fold / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter, lipid A-core flippase, MsbA / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-95X / Chem-KDL / Lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.978 Å
データ登録者Payandeh, J. / Koth, C.M. / Verma, V.A.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
F. Hoffmann-La Roche LTD スイス
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of Inhibitors of the Lipopolysaccharide Transporter MsbA: From a Screening Hit to Potent Wild-Type Gram-Negative Activity.
著者: Verma, V.A. / Wang, L. / Labadie, S.S. / Liang, J. / Sellers, B.D. / Wang, J. / Dong, L. / Wang, Q. / Zhang, S. / Xu, Z. / Zhang, Y. / Niu, Y. / Wang, X. / Wai, J. / Koehler, M.F.T. / Hu, H. ...著者: Verma, V.A. / Wang, L. / Labadie, S.S. / Liang, J. / Sellers, B.D. / Wang, J. / Dong, L. / Wang, Q. / Zhang, S. / Xu, Z. / Zhang, Y. / Niu, Y. / Wang, X. / Wai, J. / Koehler, M.F.T. / Hu, H. / Alexander, M.K. / Nishiyama, M. / Miu, A. / Xu, Y. / Pang, J. / Katakam, A.K. / Reichelt, M. / Austin, C.D. / Ho, H. / Payandeh, J. / Koth, C.M.
履歴
登録2021年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent lipid A-core flippase
B: ATP-dependent lipid A-core flippase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,1245
ポリマ－133,0472
非ポリマー3,0773
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11980 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area52130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.446, 91.990, 110.655
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent lipid A-core flippase / Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA


分子量: 66523.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: msbA, ECBD_2681 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A140NBS6, ABC-type lipid A-core oligosaccharide transporter
#2: 化合物 ChemComp-95X / (2E)-3-{7-[(1S)-1-(2,6-dichloro-3-fluorophenyl)ethoxy]-1-methylnaphthalen-2-yl}prop-2-enoic acid


分子量: 419.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H17Cl2FO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-KDL / (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-carboxy-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(3~{R})-3-dodecanoyloxytetradecanoyl]amino]-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-3-oxidanyl-5-[[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]amino]-4-[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-3-phosphonooxy-4-[(3~{R})-3-tetradecanoyloxytetradecanoyl]oxy-oxan-2-yl]methoxy]-5-oxidanyl-oxan-4-yl]oxy-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid


分子量: 2238.718 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C110H202N2O39P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.03 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 200 MM NACL, 19% PEG 550 MME, 4% PEG400, 100 MM HEPES, PH7.0, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.978→31.989 Å / Num. obs: 25433 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.98→3.08 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1092 / CC1/2: 0.7 / Rpim(I) all: 0.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2747: ???)精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.978→31.989 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2898 1260 4.95 %
Rwork0.2564 --
obs0.2581 25433 82.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.978→31.989 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8823 0 144 0 8967
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0049101
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77312316
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9975493
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641471
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041542
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.978-3.09710.3861720.33021020X-RAY DIFFRACTION32
3.0971-3.23790.3651900.33031547X-RAY DIFFRACTION48
3.2379-3.40840.31841040.30782298X-RAY DIFFRACTION71
3.4084-3.62170.31551740.29183035X-RAY DIFFRACTION95
3.6217-3.90090.33571400.27193259X-RAY DIFFRACTION100
3.9009-4.29260.291610.24193237X-RAY DIFFRACTION100
4.2926-4.91180.25691940.22783218X-RAY DIFFRACTION100
4.9118-6.1810.2661410.26853284X-RAY DIFFRACTION99
6.181-31.9890.27971840.23473275X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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