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- PDB-7s8t: M. xanthus ferritin-like protein EncC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s8t
タイトルM. xanthus ferritin-like protein EncC
要素EncC
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN (細胞質基質) / encapsulin / cargo protein (貨物) / encapsulated ferritin / ferroxidase
機能・相同性Ubiquinone biosynthesis protein Coq7 / Ubiquinone biosynthesis protein COQ7 / ubiquinone biosynthetic process / Ferritin-like superfamily / monooxygenase activity / metal ion binding / 細胞膜 / : / フェリチン
機能・相同性情報
生物種Myxococcus xanthus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Eren, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS) 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structural characterization of the Myxococcus xanthus encapsulin and ferritin-like cargo system gives insight into its iron storage mechanism.
著者: Elif Eren / Bing Wang / Dennis C Winkler / Norman R Watts / Alasdair C Steven / Paul T Wingfield /
要旨: Encapsulins are bacterial organelle-like cages involved in various aspects of metabolism, especially protection from oxidative stress. They can serve as vehicles for a wide range of medical ...Encapsulins are bacterial organelle-like cages involved in various aspects of metabolism, especially protection from oxidative stress. They can serve as vehicles for a wide range of medical applications. Encapsulin shell proteins are structurally similar to HK97 bacteriophage capsid protein and their function depends on the encapsulated cargos. The Myxococcus xanthus encapsulin system comprises EncA and three cargos: EncB, EncC, and EncD. EncB and EncC are similar to bacterial ferritins that can oxidize Fe to less toxic Fe. We analyzed EncA, EncB, and EncC by cryo-EM and X-ray crystallography. Cryo-EM shows that EncA cages can have T = 3 and T = 1 symmetry and that EncA T = 1 has a unique protomer arrangement. Also, we define EncB and EncC binding sites on EncA. X-ray crystallography of EncB and EncC reveals conformational changes at the ferroxidase center and additional metal binding sites, suggesting a mechanism for Fe oxidation and storage within the encapsulin shell.
履歴
登録2021年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EncC
B: EncC
C: EncC
D: EncC
E: EncC
F: EncC
G: EncC
H: EncC
I: EncC
J: EncC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,09317
ポリマ－153,70210
非ポリマー3917
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29970 Å2
ΔGint-267 kcal/mol
Surface area36030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.703, 47.797, 135.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.130, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 23 through 25 or (resid 26...
21(chain B and (resid 23 through 28 or (resid 29...
31(chain C and (resid 23 through 25 or (resid 26...
41(chain D and (resid 23 through 25 or (resid 26...
51(chain E and (resid 23 through 25 or (resid 26...
61(chain F and (resid 23 through 25 or (resid 26...
71(chain G and (resid 23 through 25 or (resid 26...
81(chain H and (resid 23 through 25 or (resid 26...
91(chain I and (resid 23 through 25 or (resid 26...
101(chain J and (resid 23 through 25 or (resid 26...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRTHRTHR(chain A and (resid 23 through 25 or (resid 26...AA23 - 2523 - 25
12GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 23 through 25 or (resid 26...AA2626
13PROPROILEILE(chain A and (resid 23 through 25 or (resid 26...AA19 - 10019 - 100
14PROPROILEILE(chain A and (resid 23 through 25 or (resid 26...AA19 - 10019 - 100
15PROPROILEILE(chain A and (resid 23 through 25 or (resid 26...AA19 - 10019 - 100
16PROPROILEILE(chain A and (resid 23 through 25 or (resid 26...AA19 - 10019 - 100
21THRTHRALAALA(chain B and (resid 23 through 28 or (resid 29...BB23 - 2823 - 28
22ARGARGARGARG(chain B and (resid 23 through 28 or (resid 29...BB2929
23LYSLYSILEILE(chain B and (resid 23 through 28 or (resid 29...BB21 - 10021 - 100
24LYSLYSILEILE(chain B and (resid 23 through 28 or (resid 29...BB21 - 10021 - 100
25LYSLYSILEILE(chain B and (resid 23 through 28 or (resid 29...BB21 - 10021 - 100
26LYSLYSILEILE(chain B and (resid 23 through 28 or (resid 29...BB21 - 10021 - 100
31THRTHRTHRTHR(chain C and (resid 23 through 25 or (resid 26...CC23 - 2523 - 25
32GLUGLUGLUGLU(chain C and (resid 23 through 25 or (resid 26...CC2626
33LYSLYSILEILE(chain C and (resid 23 through 25 or (resid 26...CC21 - 10021 - 100
34LYSLYSILEILE(chain C and (resid 23 through 25 or (resid 26...CC21 - 10021 - 100
35LYSLYSILEILE(chain C and (resid 23 through 25 or (resid 26...CC21 - 10021 - 100
36LYSLYSILEILE(chain C and (resid 23 through 25 or (resid 26...CC21 - 10021 - 100
41THRTHRTHRTHR(chain D and (resid 23 through 25 or (resid 26...DD23 - 2523 - 25
42GLUGLUGLUGLU(chain D and (resid 23 through 25 or (resid 26...DD2626
43LYSLYSILEILE(chain D and (resid 23 through 25 or (resid 26...DD21 - 10021 - 100
44LYSLYSILEILE(chain D and (resid 23 through 25 or (resid 26...DD21 - 10021 - 100
45LYSLYSILEILE(chain D and (resid 23 through 25 or (resid 26...DD21 - 10021 - 100
46LYSLYSILEILE(chain D and (resid 23 through 25 or (resid 26...DD21 - 10021 - 100
51THRTHRTHRTHR(chain E and (resid 23 through 25 or (resid 26...EE23 - 2523 - 25
52GLUGLUGLUGLU(chain E and (resid 23 through 25 or (resid 26...EE2626
53THRTHRILEILE(chain E and (resid 23 through 25 or (resid 26...EE23 - 10023 - 100
54THRTHRILEILE(chain E and (resid 23 through 25 or (resid 26...EE23 - 10023 - 100
55THRTHRILEILE(chain E and (resid 23 through 25 or (resid 26...EE23 - 10023 - 100
56THRTHRILEILE(chain E and (resid 23 through 25 or (resid 26...EE23 - 10023 - 100
61THRTHRTHRTHR(chain F and (resid 23 through 25 or (resid 26...FF23 - 2523 - 25
62GLUGLUGLUGLU(chain F and (resid 23 through 25 or (resid 26...FF2626
63LYSLYSILEILE(chain F and (resid 23 through 25 or (resid 26...FF21 - 10021 - 100
64LYSLYSILEILE(chain F and (resid 23 through 25 or (resid 26...FF21 - 10021 - 100
65LYSLYSILEILE(chain F and (resid 23 through 25 or (resid 26...FF21 - 10021 - 100
66LYSLYSILEILE(chain F and (resid 23 through 25 or (resid 26...FF21 - 10021 - 100
71THRTHRTHRTHR(chain G and (resid 23 through 25 or (resid 26...GG23 - 2523 - 25
72GLUGLUGLUGLU(chain G and (resid 23 through 25 or (resid 26...GG2626
73LYSLYSILEILE(chain G and (resid 23 through 25 or (resid 26...GG21 - 10021 - 100
74LYSLYSILEILE(chain G and (resid 23 through 25 or (resid 26...GG21 - 10021 - 100
75LYSLYSILEILE(chain G and (resid 23 through 25 or (resid 26...GG21 - 10021 - 100
76LYSLYSILEILE(chain G and (resid 23 through 25 or (resid 26...GG21 - 10021 - 100
81THRTHRTHRTHR(chain H and (resid 23 through 25 or (resid 26...HH23 - 2523 - 25
82GLUGLUGLUGLU(chain H and (resid 23 through 25 or (resid 26...HH2626
83THRTHRILEILE(chain H and (resid 23 through 25 or (resid 26...HH23 - 10023 - 100
84THRTHRILEILE(chain H and (resid 23 through 25 or (resid 26...HH23 - 10023 - 100
85THRTHRILEILE(chain H and (resid 23 through 25 or (resid 26...HH23 - 10023 - 100
86THRTHRILEILE(chain H and (resid 23 through 25 or (resid 26...HH23 - 10023 - 100
91THRTHRTHRTHR(chain I and (resid 23 through 25 or (resid 26...II23 - 2523 - 25
92GLUGLUGLUGLU(chain I and (resid 23 through 25 or (resid 26...II2626
93METMETILEILE(chain I and (resid 23 through 25 or (resid 26...II22 - 10022 - 100
94METMETILEILE(chain I and (resid 23 through 25 or (resid 26...II22 - 10022 - 100
95METMETILEILE(chain I and (resid 23 through 25 or (resid 26...II22 - 10022 - 100
96METMETILEILE(chain I and (resid 23 through 25 or (resid 26...II22 - 10022 - 100
101THRTHRTHRTHR(chain J and (resid 23 through 25 or (resid 26...JJ23 - 2523 - 25
102GLUGLUGLUGLU(chain J and (resid 23 through 25 or (resid 26...JJ2626
103VALVALILEILE(chain J and (resid 23 through 25 or (resid 26...JJ18 - 10018 - 100
104VALVALILEILE(chain J and (resid 23 through 25 or (resid 26...JJ18 - 10018 - 100
105VALVALILEILE(chain J and (resid 23 through 25 or (resid 26...JJ18 - 10018 - 100
106VALVALILEILE(chain J and (resid 23 through 25 or (resid 26...JJ18 - 10018 - 100

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要素

#1: タンパク質
EncC / Ferritin / Demethoxyubiquinone hydroxylase family protein


分子量: 15370.245 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Myxococcus xanthus (バクテリア) / 遺伝子: BHS06_21005, HK404_00050, I5Q59_22090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4Y6CD88
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.05 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 20% PEG MME, 10% PEG 20000, 100 mM Tris-Bicine pH 8.5, 30 mM calcium chloride, 5 mM iron chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→37.77 Å / Num. obs: 32526 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.49→2.58 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique obs: 3099 / CC1/2: 0.5 / Rrim(I) all: 0.54 / % possible all: 92.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5N5E

5n5e


解像度: 2.49→37.77 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 122.73 / 位相誤差: 38.68 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3395 2042 6.28 %
Rwork0.3248 30532 -
obs0.3341 32526 96.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 84.88 Å2 / Biso mean: 57.3928 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.49→37.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6341 0 7 86 6434
Biso mean--58.7 48.65 -
残基数----800
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2280X-RAY DIFFRACTION10.018TORSIONAL
12B2280X-RAY DIFFRACTION10.018TORSIONAL
13C2280X-RAY DIFFRACTION10.018TORSIONAL
14D2280X-RAY DIFFRACTION10.018TORSIONAL
15E2280X-RAY DIFFRACTION10.018TORSIONAL
16F2280X-RAY DIFFRACTION10.018TORSIONAL
17G2280X-RAY DIFFRACTION10.018TORSIONAL
18H2280X-RAY DIFFRACTION10.018TORSIONAL
19I2280X-RAY DIFFRACTION10.018TORSIONAL
110J2280X-RAY DIFFRACTION10.018TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.49-2.560.37681360.34792050218686
2.56-2.630.36211440.34312135227991
2.63-2.70.38421450.352189233490
2.7-2.790.36961280.36292055218385
2.79-2.890.41521390.36222197233693
2.89-3.010.42641450.36552231237693
3.01-3.140.36361440.36262198234293
3.14-3.310.33691450.38532205235093
3.31-3.510.40271480.35332234238293
3.52-3.790.37111440.33262213235792
3.79-4.170.33011380.30672083222186
4.17-4.770.30841450.2992233237891
4.77-60.34181460.35672277242392
6-37.770.33841470.3032232237989

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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