PDB-7s5a: Crystal structure of human chemokine CCL8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7s5a

タイトル

Crystal structure of human chemokine CCL8

要素

C-C motif chemokine 8

キーワード

CYTOKINE / CC Chemokine

機能・相同性

機能・相同性情報

CCR2 chemokine receptor binding / negative regulation of leukocyte proliferation / negative regulation by host of viral genome replication / CCR chemokine receptor binding / lymphocyte chemotaxis / eosinophil chemotaxis / chemokine-mediated signaling pathway / chemokine activity / positive regulation of leukocyte migration / phospholipase activator activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.37 Å

データ登録者

Bhusal, R.P. / Devkota, S.R. / Aryal, P. / Wilce, M.C.J. / Stone, M.J.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Structure-guided engineering of tick evasins for targeting chemokines in inflammatory diseases.
著者: Bhusal, R.P. / Aryal, P. / Devkota, S.R. / Pokhrel, R. / Gunzburg, M.J. / Foster, S.R. / Lim, H.D. / Payne, R.J. / Wilce, M.C.J. / Stone, M.J.

履歴

登録	2021年9月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年9月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7s5a.cif.gz	96.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7s5a.ent.gz	60.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7s5a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7s5a_validation.pdf.gz	407.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7s5a_full_validation.pdf.gz	407.8 KB	表示
XML形式データ	7s5a_validation.xml.gz	10 KB	表示
CIF形式データ	7s5a_validation.cif.gz	14.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/7s5a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/7s5a	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7s4nC 7s58C 7s59C 7so0C 1esrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ds3-d 3le1-d 4go5-d 7eu4-7 7eu4-6 3ds4-d 2k0e-d 2a7l-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (7)

登録構造単位

A: C-C motif chemokine 8

B: C-C motif chemokine 8

17.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.807, 64.718, 81.125
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-204- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 1 through 5 or resid 7...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 1 through 5 or resid 7...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	GLN	VAL	A	1 - 5
d_1	2	ens_1	ILE	PHE	A	9 - 15
d_1	3	ens_1	VAL	PRO	A	19 - 25
d_1	4	ens_1	GLN	TYR	A	29 - 34
d_1	5	ens_1	ILE	GLY	A	39 - 56
d_1	6	ens_1	GLU	GLU	A	58 - 65
d_1	7	ens_1	TRP	ASN	A	67 - 81
d_2	1	ens_1	GLN	VAL	B	1 - 5
d_2	2	ens_1	ILE	PHE	B	7 - 13
d_2	3	ens_1	VAL	PRO	B	15 - 21
d_2	4	ens_1	GLN	TYR	B	23 - 28
d_2	5	ens_1	ILE	GLY	B	33 - 50
d_2	6	ens_1	GLU	GLU	B	54 - 61
d_2	7	ens_1	TRP	ASN	B	65 - 79

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.127216106139, -0.970881822492, -0.20298903688), (-0.985454739526, -0.146964981691, 0.0853243839854), (-0.112672173515, 0.189181872576, -0.975456406204)ベクター: ...

#1: タンパク質	C-C motif chemokine 8 / HC14 / Monocyte chemoattractant protein 2 / Monocyte chemotactic protein 2 / MCP-2 / Small- ...HC14 / Monocyte chemoattractant protein 2 / Monocyte chemotactic protein 2 / MCP-2 / Small-inducible cytokine A8 分子量: 8928.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL8, MCP2, SCYA10, SCYA8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80075
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

C-C motif chemokine 8 / HC14 / Monocyte chemoattractant protein 2 / Monocyte chemotactic protein 2 / MCP-2 / Small- ...

分子量: 8928.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL8, MCP2, SCYA10, SCYA8 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80075

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.85 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium phosphate dibasic 20% w/v Polyethylene glycol 3,350 pH 8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.37→40.56 Å / Num. obs: 34554 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 20.6
反射シェル	解像度: 1.37→1.39 Å / Num. unique obs: 1631 / CC_1/2: 0.85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ESR

1esr

解像度: 1.37→40.56 Å / SU ML: 0.1165 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.1387
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1893	1691	4.89 %
R_work	0.1694	32861	-
obs	0.1704	34552	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.37→40.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1175	0	0	215	1390

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0153	1237
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3913	1690
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1117	197
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0098	220
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.1061	174

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 3.11757308122 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.37-1.41	0.2961	111	0.2305	2695	X-RAY DIFFRACTION	98.32
1.41-1.45	0.2016	141	0.2071	2702	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.45-1.51	0.2165	138	0.1968	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.57	0.239	117	0.1895	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.64	0.2218	146	0.1773	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.72	0.1958	123	0.1644	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.83	0.1648	162	0.1672	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.97	0.1924	156	0.1662	2727	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.97-2.17	0.1715	137	0.1545	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.49	0.211	149	0.1701	2771	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.49-3.13	0.1964	151	0.1799	2750	X-RAY DIFFRACTION	99.69
3.13-40.56	0.1703	160	0.1576	2849	X-RAY DIFFRACTION	98.49

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.84654633047	-1.40777702554	3.23994987012	2.04188006496	-0.459924757291	2.32821526757	0.0953297038139	0.542543070442	0.691169928417	-0.986832053117	-0.570839554508	-0.121728993274	0.0285416784481	0.257575109895	0.463354896987	0.437667570928	-0.00354126908254	0.0372831863432	0.245752141719	0.0031537824486	0.359760029858	75.324	90.434	15.393
2	4.08477703353	2.18392157074	-2.34245669279	2.38422912648	-0.969788591114	2.73196407193	0.092589406379	-0.273362512406	-0.21213734888	0.0909040482573	-0.147017659496	-0.11958303337	0.000589861207026	0.0150405799459	0.0616578291626	0.113855464273	-0.0133379254723	-0.0131416356882	0.122990790343	0.00764078845107	0.128235572555	69.82	81.929	38.112
3	5.33505332136	0.562514884452	-5.22798574995	3.9030081233	-1.97017698832	7.20739638981	0.225808286653	-0.167060664166	0.287663466538	0.14019587285	0.129225619683	0.137924840521	-0.0550370107441	0.217864791968	-0.336091821119	0.0932981479212	-0.0240504941711	-0.0301358272035	0.148469553805	-0.0114164230868	0.145006600786	58.374	82.191	38.015
4	4.80861708408	-1.19378253291	-6.39105008408	0.443757422218	1.81115340681	8.35443846776	-0.112652175643	0.303166969821	-0.259428027991	-0.0872878535255	-0.139110898032	0.0818699830809	0.165864392302	-0.298079653112	0.227546638175	0.13051636844	-0.0222117095197	0.00301186480353	0.153033753773	-0.031981088902	0.169066318724	68.388	80.758	31.615
5	8.92039875038	0.685034514733	-1.23295478095	6.25627453911	2.82855539356	6.53564870281	0.247162460821	-0.00943931879759	0.167287309738	0.119000454753	-0.21879615986	-0.209341010766	-0.03045311373	-0.0854488574875	-0.106702724913	0.103885928803	-0.0279209422545	0.0017625219335	0.127042170265	-0.000559141795226	0.0763420875588	63.981	81.869	39.85
6	5.6170152769	-3.88135035808	3.27555464745	3.25961091596	-1.82730478016	5.34009944359	0.169317458767	0.197277507757	-0.716163161527	0.00715641311062	-0.0403938018585	0.331546245421	0.31580334141	0.0160339534987	-0.0990368867943	0.132397886812	-0.0515996276775	-0.00917193202155	0.150616291358	-0.00349684375762	0.196427900372	55.435	75.16	37.794
7	5.34012226304	-4.49069171887	2.02594571812	4.99705788888	0.0770463932788	3.37832609806	-0.327758263586	0.0378761470063	0.794092377829	0.308317769948	-0.289190896157	-0.580807707264	-1.41704708465	-0.620205949043	0.405789540483	0.426796665143	0.113933011319	-0.0700753810997	0.335919059759	-0.0496611828864	0.38082614647	49.149	89.205	33.952
8	6.89305882845	0.9010557262	-2.44560050555	2.50031647574	1.67252437541	2.62017528129	0.286077529829	0.458294839796	0.928080466172	-0.584639326052	-0.113545450721	0.0576831023051	-1.56941869592	-0.141779589709	-0.13321664441	0.374470108775	-0.0287542404664	0.0137715507617	0.263325331044	-0.00778977504052	0.268571491448	75.292	89.409	43.331
9	0.791127018589	0.95901857551	-0.511351393428	4.18715223598	-2.96856732831	1.85048353458	-0.0565690646884	0.070304548209	-0.00548483419178	-0.32828272221	-0.0513419575292	-0.134661224838	0.0475827070896	0.0412397377012	0.129595156676	0.153950448085	-0.00204933349515	0.00131324842075	0.144776900152	-0.000856491004664	0.133000935619	76.694	93.201	23.905
10	4.44202798523	-1.8751992706	0.117671469854	6.3111483532	-5.60086789554	7.70969210796	0.0406128342257	0.0503377920344	-0.13236984603	-0.0640751688025	0.242265112701	0.329967827529	0.0562167061005	-0.401590170987	-0.25710720103	0.107741690089	-0.0199965125845	-0.0197263435613	0.13176356057	-0.0099095158431	0.131889246006	74.199	103.712	25.556
11	1.93545664844	-2.60913694957	3.22684499929	7.00010530049	-6.97029576947	7.69072627006	-0.131063360982	-0.0833517063439	0.00021883967403	0.128026141823	-0.046381741776	-0.237877031874	-0.0844370958066	0.00667411137534	0.166837784472	0.109347659203	-0.00763139007973	-0.0097742919298	0.122650929319	-0.00637765930962	0.137598313508	79.31	93.907	29.41
12	7.57134181702	-1.64013453965	2.84099799672	6.66086282118	-0.880553037831	5.48052751408	-0.106509196209	0.438118858536	0.0426204661515	-0.202465737649	0.181866712618	0.376289425784	-0.0235404453349	-0.30846101209	-0.0827641187011	0.125728414027	0.0167747283393	0.00674988694942	0.139097544699	0.0509382241394	0.0935874910038	75.045	99.262	21.658
13	4.00038301886	-2.46232383851	-3.40621928203	5.68476438277	2.32132473712	7.16522835255	0.159719180684	0.162914881323	0.106947685574	-0.090204890419	-0.159595740985	-0.00818541513122	-0.278585478631	-0.253763118666	-0.0702591337181	0.0832170053249	-0.00144365047697	-0.0261733279133	0.0931633481458	0.0107895132002	0.0957945259398	77.462	109.191	26.66

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:6 )	A	1 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 7:21 )	A	7 - 21
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 22:31 )	A	22 - 31
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 32:45 )	A	32 - 45
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 46:57 )	A	46 - 57
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 58:69 )	A	58 - 69
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 70:73 )	A	70 - 73
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 1:5 )	B	1 - 5
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 6:21 )	B	6 - 21
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 22:31 )	B	22 - 31
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 32:45 )	B	32 - 45
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 46:57 )	B	46 - 57
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 58:76 )	B	58 - 76

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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