PDB-7s58: Crystal Structure of the tick evasin EVA-P974 complexed to human ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7s58

タイトル

Crystal Structure of the tick evasin EVA-P974 complexed to human chemokine CCL7

要素

C-C motif chemokine 7
Evasin P974

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Inflammation / Chemokine / Evasin / Evasin-chemokine complex

機能・相同性

機能・相同性情報

CCR2 chemokine receptor binding / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / CCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / C-C chemokine binding / eosinophil chemotaxis / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / monocyte chemotaxis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Amblyomma cajennense (ダニ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Bhusal, R.P. / Devkota, S.R. / Aryal, P. / Wilce, M.C.J. / Stone, M.J.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Structure-guided engineering of tick evasins for targeting chemokines in inflammatory diseases.
著者: Bhusal, R.P. / Aryal, P. / Devkota, S.R. / Pokhrel, R. / Gunzburg, M.J. / Foster, S.R. / Lim, H.D. / Payne, R.J. / Wilce, M.C.J. / Stone, M.J.

履歴

登録	2021年9月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7s58.cif.gz	302.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7s58.ent.gz	204.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7s58.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7s58_validation.pdf.gz	469.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7s58_full_validation.pdf.gz	472.8 KB	表示
XML形式データ	7s58_validation.xml.gz	23.7 KB	表示
CIF形式データ	7s58_validation.cif.gz	34.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/7s58 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/7s58	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7s4nSC 7s59C 7s5aC 7so0C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vil-6 2yqd-d 3o99-d 4mjs-1 4dxf-1 7s59-2 7s58-3 4tse-2 4pwq-1 6vil-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Evasin P974

B: Evasin P974

C: Evasin P974

D: Evasin P974

E: C-C motif chemokine 7

F: C-C motif chemokine 7

J: C-C motif chemokine 7

H: C-C motif chemokine 7

74.7 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Evasin P974

H: C-C motif chemokine 7

登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
18.7 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Evasin P974

E: C-C motif chemokine 7

登録者が定義した集合体
18.7 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Evasin P974

J: C-C motif chemokine 7

登録者が定義した集合体
18.7 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Evasin P974

F: C-C motif chemokine 7

登録者が定義した集合体
18.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	58.025, 64.415, 181.432
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and ((resid 2 through 3 and (name N...
d_2	ens_1	(chain "B" and ((resid 2 through 3 and (name N...
d_3	ens_1	(chain "C" and ((resid 2 through 3 and (name N...
d_4	ens_1	(chain "D" and ((resid 2 through 3 and (name N...
d_1	ens_2	(chain "E" and (resid 8 through 15 or (resid 16...
d_2	ens_2	(chain "F" and (resid 8 through 16 or (resid 17...
d_3	ens_2	(chain "H" and ((resid 8 and (name N or name...
d_4	ens_2	(chain "J" and (resid 8 through 15 or (resid 16...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	TYR	GLY	A	1 - 83
d_2	1	ens_1	TYR	GLY	B	1 - 83
d_3	1	ens_1	TYR	GLY	C	2 - 84
d_4	1	ens_1	TYR	GLY	D	2 - 84
d_1	1	ens_2	SER	THR	E	2 - 25
d_1	2	ens_2	HIS	LYS	E	29 - 69
d_2	1	ens_2	SER	LYS	F	1 - 65
d_3	1	ens_2	SER	THR	H	2 - 25
d_3	2	ens_2	HIS	LYS	H	27 - 67
d_4	1	ens_2	SER	THR	G	1 - 24
d_4	2	ens_2	HIS	LYS	G	28 - 68

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.234394217857, 0.227674206836, 0.9451051826), (0.219989313265, -0.959391724254, 0.176556567371), (0.946923467174, 0.166529201567, -0.274961765234)	32.7190746737, 10.8363914317, -43.8173741102
2	given	(-0.233552461725, -0.205465436191, -0.950387921931), (-0.109583437012, -0.965630160954, 0.235690183481), (-0.966149428378, 0.159192797536, 0.203009692522)	-3.70948136896, 17.1867259689, -4.58976688846
3	given	(-0.999136663447, -0.00778136609618, 0.0408090443148), (-0.0165941708214, 0.975288021804, -0.22031320437), (-0.0380862344025, -0.22080019218, -0.974575145324)	31.0927156234, -5.04842864839, -42.1804496035
4	given	(-0.228039641342, -0.2365468617, -0.944480547283), (-0.0607261894982, -0.964695363161, 0.256271703871), (-0.971756271853, 0.115794812129, 0.205624195071)	-0.75811138682, 16.0822956698, -2.98452060056
5	given	(0.243112142659, 0.194454003719, 0.950307385286), (0.191646188139, -0.970017353902, 0.149459264351), (0.950877607615, 0.145787425954, -0.273089365905)	31.9151683091, 10.027131568, -44.2877042394
6	given	(-0.999715448893, -0.0234234831921, 0.00451239175435), (-0.0234755183454, 0.932512443894, -0.360374030726), (0.00423335358893, -0.360377416633, -0.932796974855)	29.4248352253, -7.32649653824, -41.473607414

#1: タンパク質	Evasin P974 分子量: 9702.080 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amblyomma cajennense (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A023FDY8
#2: タンパク質	C-C motif chemokine 7 / Monocyte chemoattractant protein 3 / Monocyte chemotactic protein 3 / MCP-3 / NC28 / Small- ...Monocyte chemoattractant protein 3 / Monocyte chemotactic protein 3 / MCP-3 / NC28 / Small-inducible cytokine A7 分子量: 8974.482 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL7, MCP3, SCYA6, SCYA7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80098
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M BIS-TRIS 6.5 pH (Buffer) 25 %w/v PEG 3350 (Precipitant)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.82→48.88 Å / Num. obs: 61992 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13.4 % / B_iso Wilson estimate: 40.65 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.5
反射シェル	解像度: 1.82→1.85 Å / Num. unique obs: 3397 / CC_1/2: 0.678

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7S4N

7s4n

解像度: 1.82→30.77 Å / SU ML: 0.2626 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.3065
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.244	3048	4.93 %
R_work	0.2236	58716	-
obs	0.2246	61764	99.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.82→30.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4499	0	0	217	4716

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4600
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0045	6234
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0756	678
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0062	809
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.3625	651

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.52201649749
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.440630027833
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.790296131393
ens_2	d_2	E	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.04176568618
ens_2	d_3	E	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.699051727234
ens_2	d_4	E	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.575997870306

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.82-1.84	0.4003	121	0.3446	2443	X-RAY DIFFRACTION	91.25
1.84-1.87	0.3286	119	0.3164	2608	X-RAY DIFFRACTION	98.52
1.87-1.91	0.3401	131	0.3225	2627	X-RAY DIFFRACTION	99.32
1.91-1.94	0.4143	145	0.3521	2550	X-RAY DIFFRACTION	96.08
1.94-1.98	0.3649	143	0.2976	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.98-2.02	0.3575	138	0.2899	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.26
2.02-2.06	0.3078	134	0.2765	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.06-2.11	0.3175	150	0.2625	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.11-2.16	0.3358	148	0.2686	2655	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.16-2.22	0.2955	120	0.255	2695	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.22-2.29	0.2837	123	0.2699	2624	X-RAY DIFFRACTION	98.99
2.29-2.36	0.3079	139	0.2509	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.36-2.45	0.2858	154	0.2584	2669	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.45-2.54	0.3179	148	0.2662	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.54-2.66	0.3083	146	0.2653	2671	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.66-2.8	0.2756	118	0.2529	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.97	0.2913	143	0.2542	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.2	0.2363	127	0.2324	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.53	0.247	146	0.214	2703	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.53-4.04	0.2019	148	0.1893	2745	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.04-5.08	0.1683	153	0.163	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
5.08-30.77	0.2216	154	0.2179	2872	X-RAY DIFFRACTION	98.5

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.93376328424	0.550428083899	-3.09683895262	0.771179119599	-0.0707023168366	7.92730643269	-0.395021683228	-0.648421306757	0.270031421632	0.288581907007	0.684691419534	-0.328761465866	0.799241200719	0.501629491568	-0.2909050979	0.265136965628	-0.0264000937907	-0.0411840695948	0.26531446151	0.0152816347227	0.37386235458	4.24328445746	-11.8552893023	-24.1417626725
2	8.60904797515	-1.05253925866	-7.1860611366	1.05442349078	0.841672958995	6.00569071671	-2.06096107174	-1.21601511347	-1.74250794892	0.260087268784	0.655493186942	0.00201720208367	3.33581151679	1.49425092217	0.761572397298	0.765678954116	0.139023192264	0.231215680115	0.461784325471	0.0716873767007	0.569168527326	2.15034271521	-19.4446844157	-21.1150446044
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25	7.35221685444	0.35176144588	-2.56594818799	7.753648935	-3.39182559688	9.28211938253	0.503936076301	-0.750111790442	0.934923618688	-0.123281473507	0.603193803824	0.500261350251	-0.0912459422376	0.451773358018	-0.960405950891	0.331447166736	-0.0719454225664	0.0189766983592	0.685858177489	-0.000529486790066	0.555267587312	17.6258359228	-8.73763729211	-0.606824222153
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29	7.53541333123	-1.82515523654	-4.27568098023	5.85177262685	3.18954854814	7.96791628054	-0.516672148163	-1.89691053255	0.162383574449	0.808088473545	1.88934787399	0.417437521614	0.345032139952	1.03764249308	-0.853350884367	0.503219301595	0.14917940917	0.0317311477824	0.950287610518	0.152249321879	0.52665463194	33.5594551334	19.1976968803	-27.2836899469
30	6.32047764718	-1.12843688523	-1.97889191932	5.80906696053	0.612778121475	5.76768564489	0.133374834137	-0.850878378504	-0.352644843844	0.331111583799	-0.145756574766	0.12861075274	0.426212657549	0.903916774192	-0.0584104721907	0.451263855018	0.0041950614621	-0.0516507399031	0.520169429264	0.0327472072541	0.453625741628	25.5418216358	19.3981628472	-23.7909075239
31	7.96868618485	-5.14365654463	-1.27964013038	9.8953360733	-0.189772675427	3.20503356149	0.134156557675	0.555505037646	0.0719120484403	-0.167943758878	-0.677884416169	-0.849468415103	0.632271699908	0.918211969495	0.451219631345	0.573332148184	0.125433908181	0.0218944132856	0.570477788075	0.0559736538901	0.463167925045	31.3544615928	16.8602559867	-34.5040430903
32	3.67831087518	-4.36201653964	-1.00566208805	2.00091082675	-0.819521931263	4.64171877544	-0.0160471243412	1.35533088933	1.93456773837	0.335526086387	-0.535913916299	0.13923373424	-0.950197439251	0.222061282163	0.275115488246	0.467534701558	0.0729711928462	0.0179134219347	0.585557429852	0.449893728917	1.16736785402	42.2864677911	3.1064321074	-26.7563026076
33	7.55964469859	-0.98330087309	-7.39231876842	5.35749493827	2.90026853938	7.8296698063	-0.177871387912	-0.924918814803	0.511263805304	-0.11176139738	0.828111540592	-0.0591650521089	0.708589462415	1.0037823779	-0.574600306888	0.424207983931	0.119247728647	-0.117792821982	0.415730384066	-0.0813976719046	0.350479961281	10.6904365089	-14.6461722393	-28.7112914641
34	7.79365520293	-1.51042259207	-3.18507773924	8.85336640365	2.28466818811	9.79530846745	0.0500814143329	0.880614743964	0.644969061132	0.206741012686	0.264859350946	0.00510361242467	0.429283108639	-0.817126072101	-0.33976990849	0.413874287747	-0.00267367128388	-0.0541765191579	0.451140517635	0.15696806533	0.417314794491	12.7452039544	-13.2415322378	-39.7417036655
35	8.21581458356	-0.977935891008	-4.29450804125	7.13075328829	0.689426679436	7.95557036272	0.264400950319	-0.570819253645	1.01963095927	0.0603224355081	0.461822584223	-0.341808427501	0.291777799166	0.245608604313	-0.623103268871	0.260391497043	0.010392553736	-0.0545129733692	0.355792263991	-0.119193606101	0.454273572778	11.3635663741	-12.1591192548	-31.6898041202
36	3.89956546448	-1.62267266089	1.70873750749	3.72894031599	-2.72386619627	3.20463423025	0.0846901295924	0.255949419819	1.02498593584	-0.806466744347	-0.789316546729	-1.05077894459	-0.126560295196	1.37655129627	0.506340592583	0.576637378776	0.0444057255031	0.000400055375386	0.451336797058	-0.0812584955489	0.544641182705	18.7582527686	-9.12782754837	-42.6716399329

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 26 )	A	A	2 - 26	1 - 25
2	2	chain 'A' and (resid 27 through 41 )	A	A	27 - 41	26 - 40
3	3	chain 'A' and (resid 42 through 85 )	A	A	42 - 85	41 - 84
4	4	chain 'B' and (resid 2 through 12 )	B	B	2 - 12	1 - 11
5	5	chain 'B' and (resid 13 through 47 )	B	B	13 - 47	12 - 46
6	6	chain 'B' and (resid 48 through 53 )	B	B	48 - 53	47 - 52
7	7	chain 'B' and (resid 54 through 70 )	B	B	54 - 70	53 - 69
8	8	chain 'B' and (resid 71 through 85 )	B	B	71 - 85	70 - 84
9	9	chain 'C' and (resid 1 through 12 )	C	C	1 - 12	1 - 12
10	10	chain 'C' and (resid 13 through 26 )	C	C	13 - 26	13 - 26
11	11	chain 'C' and (resid 27 through 41 )	C	C	27 - 41	27 - 41
12	12	chain 'C' and (resid 42 through 59 )	C	C	42 - 59	42 - 59
13	13	chain 'C' and (resid 60 through 84 )	C	C	60 - 84	60 - 84
14	14	chain 'D' and (resid 1 through 12 )	D	D	1 - 12	1 - 12
15	15	chain 'D' and (resid 13 through 26 )	D	D	13 - 26	13 - 26
16	16	chain 'D' and (resid 27 through 36 )	D	D	27 - 36	27 - 36
17	17	chain 'D' and (resid 37 through 47 )	D	D	37 - 47	37 - 47
18	18	chain 'D' and (resid 48 through 53 )	D	D	48 - 53	48 - 53
19	19	chain 'D' and (resid 54 through 85 )	D	D	54 - 85	54 - 85
20	20	chain 'E' and (resid 7 through 21 )	E	E	7 - 21	1 - 15
21	21	chain 'E' and (resid 22 through 30 )	E	E	22 - 30	16 - 24
22	22	chain 'E' and (resid 31 through 57 )	E	E	31 - 57	25 - 51
23	23	chain 'E' and (resid 58 through 76 )	E	E	58 - 76	52 - 70
24	24	chain 'F' and (resid 8 through 21 )	F	F	8 - 21	1 - 14
25	25	chain 'F' and (resid 22 through 30 )	F	F	22 - 30	15 - 23
26	26	chain 'F' and (resid 31 through 57 )	F	F	31 - 57	24 - 47
27	27	chain 'F' and (resid 58 through 75 )	F	F	58 - 75	48 - 65
28	28	chain 'J' and (resid 8 through 21 )	J	G	8 - 21	1 - 14
29	29	chain 'J' and (resid 22 through 30 )	J	G	22 - 30	15 - 23
30	30	chain 'J' and (resid 31 through 57 )	J	G	31 - 57	24 - 50
31	31	chain 'J' and (resid 58 through 70 )	J	G	58 - 70	51 - 63
32	32	chain 'J' and (resid 71 through 76 )	J	G	71 - 76	64 - 69
33	33	chain 'H' and (resid 7 through 21 )	H	H	7 - 21	1 - 15
34	34	chain 'H' and (resid 22 through 30 )	H	H	22 - 30	16 - 24
35	35	chain 'H' and (resid 31 through 57 )	H	H	31 - 57	25 - 49
36	36	chain 'H' and (resid 58 through 75 )	H	H	58 - 75	50 - 67

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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