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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7s4n | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the tick evasin EVA-P974 complexed to human chemokine CCL17 | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / Inflammation / Evasin / Chemokine / Evasion-chemokine complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CCR chemokine receptor binding / C-C chemokine binding / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / cell chemotaxis / chemotaxis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell-cell signaling / positive regulation of cell migration ...CCR chemokine receptor binding / C-C chemokine binding / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / cell chemotaxis / chemotaxis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell-cell signaling / positive regulation of cell migration / inflammatory response / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Amblyomma cajennense (ダニ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Bhusal, R.P. / Devkota, S.R. / Aryal, P. / Wilce, M.C.J. / Stone, M.J. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022 タイトル: Structure-guided engineering of tick evasins for targeting chemokines in inflammatory diseases. 著者: Bhusal, R.P. / Aryal, P. / Devkota, S.R. / Pokhrel, R. / Gunzburg, M.J. / Foster, S.R. / Lim, H.D. / Payne, R.J. / Wilce, M.C.J. / Stone, M.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7s4n.cif.gz | 156.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7s4n.ent.gz | 101.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7s4n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7s4n_validation.pdf.gz | 431.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7s4n_full_validation.pdf.gz | 432.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7s4n_validation.xml.gz | 14.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7s4n_validation.cif.gz | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/7s4n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/7s4n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9702.080 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amblyomma cajennense (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A023FDY8 #2: タンパク質 | 分子量: 8096.292 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL17, SCYA17, TARC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92583 #3: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.39 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: 0.1 M Na3 Cit 3.5 pH (Buffer) 3 M NaCl (Precipitant) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→37.72 Å / Num. obs: 32313 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→37.72 Å / Num. unique obs: 1514 / CC1/2: 0.528 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3FPU 解像度: 1.65→34.03 Å / SU ML: 0.1844 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.577 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.65 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→34.03 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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