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- PDB-7s4l: CryoEM structure of Methylotuvimicrobium alcaliphilum 20Z pMMO in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s4l
タイトルCryoEM structure of Methylotuvimicrobium alcaliphilum 20Z pMMO in a POPC nanodisc at 2.46 Angstrom resolution
要素(Particulate methane monooxygenase, ...) x 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


methane monooxygenase (soluble) / : / : / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ammonia monooxygenase/particulate methane monooxygenase, subunit A / Ammonia monooxygenase/particulate methane monooxygenase, subunit C / Ammonia/methane monooxygenase, subunit B, hairpin domain superfamily / Ammonia/methane monooxygenase, subunit B, C-terminal / Ammonia monooxygenase/particulate methane monooxygenase, subunit C domain superfamily / Ammonia/particulate methane monooxygenase, subunit A superfamily / Ammonia monooxygenase / Ammonia monooxygenase/methane monooxygenase, subunit C / Ammonia monooxygenase/particulate methane monooxygenase, subunit B / Ammonia/methane monooxygenase, subunitB, N-terminal / Monooxygenase subunit B protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6ER / COPPER (II) ION / DECANE / 1,2-dihexanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / Particulate methane monooxygenase, C subunit / Particulate methane monooxygenase, A subunit / Particulate methane monooxygenase, B subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Methylomicrobium alcaliphilum (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Koo, C.W. / Rosenzweig, A.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Recovery of particulate methane monooxygenase structure and activity in a lipid bilayer.
著者: Christopher W Koo / Frank J Tucci / Yuan He / Amy C Rosenzweig /
要旨: Bacterial methane oxidation using the enzyme particulate methane monooxygenase (pMMO) contributes to the removal of environmental methane, a potent greenhouse gas. Crystal structures determined using ...Bacterial methane oxidation using the enzyme particulate methane monooxygenase (pMMO) contributes to the removal of environmental methane, a potent greenhouse gas. Crystal structures determined using inactive, detergent-solubilized pMMO lack several conserved regions neighboring the proposed active site. We show that reconstituting pMMO in nanodiscs with lipids extracted from the native organism restores methane oxidation activity. Multiple nanodisc-embedded pMMO structures determined by cryo-electron microscopy to 2.14- to 2.46-angstrom resolution reveal the structure of pMMO in a lipid environment. The resulting model includes stabilizing lipids, regions of the PmoA and PmoC subunits not observed in prior structures, and a previously undetected copper-binding site in the PmoC subunit with an adjacent hydrophobic cavity. These structures provide a revised framework for understanding and engineering pMMO function.
履歴
登録2021年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Particulate methane monooxygenase, B subunit
B: Particulate methane monooxygenase, A subunit
C: Particulate methane monooxygenase, C subunit
H: Particulate methane monooxygenase, C subunit
I: Particulate methane monooxygenase, C subunit
F: Particulate methane monooxygenase, A subunit
G: Particulate methane monooxygenase, A subunit
D: Particulate methane monooxygenase, B subunit
E: Particulate methane monooxygenase, B subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)318,29145
ポリマ－308,2579
非ポリマー10,03436
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Particulate methane monooxygenase, ... , 3種, 9分子 ADEBFGCHI

#1: タンパク質 Particulate methane monooxygenase, B subunit


分子量: 45602.125 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylomicrobium alcaliphilum (strain DSM 19304 / NCIMB 14124 / VKM B-2133 / 20Z) (バクテリア)
株: DSM 19304 / NCIMB 14124 / VKM B-2133 / 20Z / 参照: UniProt: G4SZ64, methane monooxygenase (soluble)
#2: タンパク質 Particulate methane monooxygenase, A subunit


分子量: 28277.934 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylomicrobium alcaliphilum (strain DSM 19304 / NCIMB 14124 / VKM B-2133 / 20Z) (バクテリア)
株: DSM 19304 / NCIMB 14124 / VKM B-2133 / 20Z / 参照: UniProt: G4SZ63, methane monooxygenase (soluble)
#3: タンパク質 Particulate methane monooxygenase, C subunit


分子量: 28872.328 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylomicrobium alcaliphilum (strain DSM 19304 / NCIMB 14124 / VKM B-2133 / 20Z) (バクテリア)
株: DSM 19304 / NCIMB 14124 / VKM B-2133 / 20Z / 参照: UniProt: G4SZ62, methane monooxygenase (soluble)

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非ポリマー , 5種, 39分子

#4: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#5: 化合物
ChemComp-HXG / 1,2-dihexanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / (4R,7R)-7-(hexanoyloxy)-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-10-oxo-3,5,9-trioxa-4-phosphapentadecan-1-aminium 4-oxide / O-(1-O,2-O-ジヘキサノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 454.515 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H41NO8P
#6: 化合物
ChemComp-D10 / DECANE / デカン


分子量: 142.282 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22
#7: 化合物 ChemComp-6ER / (S)-2,3-bis(hexanoyloxy)propyl(2-(trimethylammonio)ethyl)phosphate


分子量: 454.515 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H41NO8P
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: pMMO complex in a POPC nanodisc / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Methylotuvimicrobium alcaliphilum 20Z (バクテリア)
緩衝液pH: 7.3
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 64 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 443800 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00721492
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.70929310
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d22.9892910
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0473144
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0043612

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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