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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7s4j | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of Methylococcus capsulatus (Bath) pMMO in a native lipid nanodisc at 2.16 Angstrom resolution | ||||||
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![]() | OXIDOREDUCTASE / Complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() methane monooxygenase (particulate) / methane monooxygenase (soluble) / : / : / monooxygenase activity / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.16 Å | ||||||
![]() | Koo, C.W. / Rosenzweig, A.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Recovery of particulate methane monooxygenase structure and activity in a lipid bilayer. 著者: Christopher W Koo / Frank J Tucci / Yuan He / Amy C Rosenzweig / ![]() 要旨: Bacterial methane oxidation using the enzyme particulate methane monooxygenase (pMMO) contributes to the removal of environmental methane, a potent greenhouse gas. Crystal structures determined using ...Bacterial methane oxidation using the enzyme particulate methane monooxygenase (pMMO) contributes to the removal of environmental methane, a potent greenhouse gas. Crystal structures determined using inactive, detergent-solubilized pMMO lack several conserved regions neighboring the proposed active site. We show that reconstituting pMMO in nanodiscs with lipids extracted from the native organism restores methane oxidation activity. Multiple nanodisc-embedded pMMO structures determined by cryo-electron microscopy to 2.14- to 2.46-angstrom resolution reveal the structure of pMMO in a lipid environment. The resulting model includes stabilizing lipids, regions of the PmoA and PmoC subunits not observed in prior structures, and a previously undetected copper-binding site in the PmoC subunit with an adjacent hydrophobic cavity. These structures provide a revised framework for understanding and engineering pMMO function. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 703 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 568.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 100.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 134.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 24828MC ![]() 7s4hC ![]() 7s4iC ![]() 7s4kC ![]() 7s4lC ![]() 7s4mC ![]() 7t4oC ![]() 7t4pC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Particulate methane monooxygenase ... , 2種, 6分子 AEIBFJ
#1: タンパク質 | 分子量: 46129.746 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 33009 / NCIMB 11132 / Bath 参照: UniProt: G1UBD1, methane monooxygenase (particulate) #3: タンパク質 | 分子量: 28445.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 33009 / NCIMB 11132 / Bath 参照: UniProt: Q607G3, methane monooxygenase (particulate) |
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-タンパク質 , 1種, 3分子 CGK
#2: タンパク質 | 分子量: 29839.309 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 33009 / NCIMB 11132 / Bath / 参照: UniProt: Q603F1, methane monooxygenase (soluble) |
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-非ポリマー , 6種, 367分子 ![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/D10.gif)
![](data/chem/img/PLC.gif)
![](data/chem/img/HXG.gif)
![](data/chem/img/P1O.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/D10.gif)
![](data/chem/img/PLC.gif)
![](data/chem/img/HXG.gif)
![](data/chem/img/P1O.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-CU / #5: 化合物 | ChemComp-D10 / #6: 化合物 | ChemComp-PLC / #7: 化合物 | ChemComp-HXG / #8: 化合物 | ChemComp-P1O / #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: pMMO complex in a native lipid nanodisc / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.3 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 52 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 881128 / 対称性のタイプ: POINT |