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- PDB-7s3m: MERS-CoV S stem helix peptide bound to Fab22 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s3m
タイトルMERS-CoV S stem helix peptide bound to Fab22
要素
  • Fab22 Heavy Chain
  • Fab22 Light Chain
  • Spike glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Spike / Fusion / Antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Goldsmith, J.A. / McLellan, J.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI127521 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Stabilized coronavirus spike stem elicits a broadly protective antibody.
著者: Ching-Lin Hsieh / Anne P Werner / Sarah R Leist / Laura J Stevens / Ester Falconer / Jory A Goldsmith / Chia-Wei Chou / Olubukola M Abiona / Ande West / Kathryn Westendorf / Krithika ...著者: Ching-Lin Hsieh / Anne P Werner / Sarah R Leist / Laura J Stevens / Ester Falconer / Jory A Goldsmith / Chia-Wei Chou / Olubukola M Abiona / Ande West / Kathryn Westendorf / Krithika Muthuraman / Ethan J Fritch / Kenneth H Dinnon / Alexandra Schäfer / Mark R Denison / James D Chappell / Ralph S Baric / Barney S Graham / Kizzmekia S Corbett / Jason S McLellan /
要旨: Current coronavirus (CoV) vaccines primarily target immunodominant epitopes in the S1 subunit, which are poorly conserved and susceptible to escape mutations, thus threatening vaccine efficacy. Here, ...Current coronavirus (CoV) vaccines primarily target immunodominant epitopes in the S1 subunit, which are poorly conserved and susceptible to escape mutations, thus threatening vaccine efficacy. Here, we use structure-guided protein engineering to remove the S1 subunit from the Middle East respiratory syndrome (MERS)-CoV spike (S) glycoprotein and develop stabilized stem (SS) antigens. Vaccination with MERS SS elicits cross-reactive β-CoV antibody responses and protects mice against lethal MERS-CoV challenge. High-throughput screening of antibody-secreting cells from MERS SS-immunized mice led to the discovery of a panel of cross-reactive monoclonal antibodies. Among them, antibody IgG22 binds with high affinity to both MERS-CoV and severe acute respiratory syndrome (SARS)-CoV-2 S proteins, and a combination of electron microscopy and crystal structures localizes the epitope to a conserved coiled-coil region in the S2 subunit. Passive transfer of IgG22 protects mice against both MERS-CoV and SARS-CoV-2 challenge. Collectively, these results provide a proof of principle for cross-reactive CoV antibodies and inform the development of pan-CoV vaccines and therapeutic antibodies.
履歴
登録2021年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年11月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike glycoprotein
H: Fab22 Heavy Chain
L: Fab22 Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7843
ポリマ－49,7843
非ポリマー00
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5250 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area20150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.158, 123.158, 97.183
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 1834.909 Da / 分子数: 1 / 断片: stem helix peptide (UNP residues 1230-1244) / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
参照: UniProt: R9UQ53
#2: 抗体 Fab22 Heavy Chain


分子量: 23892.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Fab22 Light Chain


分子量: 24055.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% PEG1000, 10% PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→71.84 Å / Num. obs: 33665 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 53.88 Å2 / CC1/2: 0.988 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 3507 / CC1/2: 0.927

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Cootモデル構築
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 7M55

7m55


解像度: 2.4→53.33 Å / SU ML: 0.426 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.8502
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2522 1609 4.83 %
Rwork0.2093 31719 -
obs0.2113 33328 99.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 75.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→53.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3454 0 0 27 3481
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00793566
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08234855
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0614549
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0086624
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.2686491
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.480.41741590.3942824X-RAY DIFFRACTION99
2.48-2.570.3971430.37892856X-RAY DIFFRACTION98.13
2.57-2.670.37971540.33222812X-RAY DIFFRACTION98.28
2.67-2.790.34781570.31012812X-RAY DIFFRACTION98.15
2.79-2.940.32241430.31562841X-RAY DIFFRACTION98.45
2.94-3.120.29031490.26862826X-RAY DIFFRACTION98.71
3.12-3.360.30781650.24342874X-RAY DIFFRACTION99.31
3.36-3.70.25841470.21892895X-RAY DIFFRACTION99.77
3.7-4.240.21151360.18452941X-RAY DIFFRACTION99.81
4.24-5.340.19031250.14412965X-RAY DIFFRACTION99.94
5.34-53.330.19121310.16013073X-RAY DIFFRACTION99.75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.02304258117-1.92294576254-0.006778612875875.09651165988-0.2118827475893.53702566785-0.138532382639-0.122230136669-0.1506525725270.1595668953130.08744432622890.398534036469-0.223882191437-0.4077285546220.0704540183360.384694072525-0.02899143299570.01433315651180.6851755951110.01733574516420.3618756869485.6827606846955.1416602548-3.24124170542
23.28114494453-0.4074794514930.05954257922424.608777142620.3435144059174.38601405121-0.2591848494040.2504102208080.172212539687-0.3304827699250.173751892383-0.136588649778-0.6758256263920.4509079900240.1239463580150.934773592649-0.170091357056-0.04250821054410.752384040227-0.03170441204150.4091295454716.3362866678585.87581935-26.3397544535
31.36896423728-0.4656403306460.2963346972783.12785149342-1.559350473196.803419843620.04180388007860.38188513731-0.0440486726853-0.293420953263-0.0415025983680.08474918935570.113059540851-0.109649271822-0.002427951877520.3887327031210.0009125539168030.0009528546169940.645772919255-0.04558109149520.35652137967518.506904394647.1519299559-18.4208851929
42.742187813480.161481109970.6358427644926.244202638450.9334916436014.22956486528-0.110980449618-0.1043561409260.2201850363290.3360274055180.427356706537-0.9868685914-0.3048467921681.70536658771-0.3657205076340.773101864133-0.112604763867-0.03189641238731.45282888125-0.05711970039010.56002206092821.152644489578.4164713853-26.8338994432
52.85238618712-0.06033019712610.7510900187234.31606221314-0.4310834314635.701059906650.6785631741920.245523688305-0.3805168248550.237876955239-0.05688707221740.6543893983490.702549761361-0.29473289967-0.5983301080640.906348386347-0.159814285185-0.004260232421790.709839841479-0.04210890583040.73286749697811.664413051432.2350476708-8.16835366064
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain L and resid :114LC3 - 1141 - 111
22chain L and resid 115:LC115 - 220112 - 217
33chain H and resid :124HB3 - 1241 - 122
44chain H and resid 125:HB125 - 225123 - 219
55chain AAA1230 - 12431 - 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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