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- PDB-7nw3: X-ray crystallographic study of PIYDIN, which contains the trunca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nw3
タイトルX-ray crystallographic study of PIYDIN, which contains the truncation determinants of binding PI and N, bound to RoAb13, a CCR5 antibody
要素
  • Antibody RoAb13 Heavy Chain
  • Antibody RoAb13 Light Chain
  • Region from C-C chemokine receptor type 5 N-terminal domain
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin / anti-CCR5 antibody / epitope binding
機能・相同性
機能・相同性情報


chemokine (C-C motif) ligand 5 binding / negative regulation of macrophage apoptotic process / chemokine receptor activity / signaling / C-C chemokine receptor activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / C-C chemokine binding / response to cholesterol / Chemokine receptors bind chemokines / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum ...chemokine (C-C motif) ligand 5 binding / negative regulation of macrophage apoptotic process / chemokine receptor activity / signaling / C-C chemokine receptor activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / C-C chemokine binding / response to cholesterol / Chemokine receptors bind chemokines / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / dendritic cell chemotaxis / Interleukin-10 signaling / Binding and entry of HIV virion / cellular defense response / coreceptor activity / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / chemotaxis / calcium ion transport / MAPK cascade / cell-cell signaling / actin binding / virus receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / cell surface receptor signaling pathway / endosome / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / external side of plasma membrane / apoptotic process / cell surface / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CC chemokine receptor 5 / Chemokine receptor family / : / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...CC chemokine receptor 5 / Chemokine receptor family / : / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C chemokine receptor type 5
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.20001097294 Å
データ登録者Saridakis, E. / Helliwell, J.R. / Govada, L. / Chayen, N.E.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/K503733/1 英国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2021
タイトル: X-ray crystallographic studies of RoAb13 bound to PIYDIN, a part of the N-terminal domain of C-C chemokine receptor 5.
著者: Govada, L. / Saridakis, E. / Kassen, S.C. / Bin-Ramzi, A. / Morgan, R.M. / Chain, B. / Helliwell, J.R. / Chayen, N.E.
履歴
登録2021年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Antibody RoAb13 Heavy Chain
L: Antibody RoAb13 Light Chain
A: Region from C-C chemokine receptor type 5 N-terminal domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2573
ポリマ－49,2573
非ポリマー00
水724
1
H: Antibody RoAb13 Heavy Chain
L: Antibody RoAb13 Light Chain

A: Region from C-C chemokine receptor type 5 N-terminal domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2573
ポリマ－49,2573
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z+1/41
Buried area4300 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area20550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.607, 76.607, 270.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: 抗体 Antibody RoAb13 Heavy Chain


分子量: 24063.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Antibody RoAb13 Light Chain


分子量: 24459.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド Region from C-C chemokine receptor type 5 N-terminal domain / C-C CKR-5 / CC-CKR-5 / CCR-5 / CCR5 / CHEMR13 / HIV-1 fusion coreceptor / PIYDIN


分子量: 733.810 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51681
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 10 mg/ml protein, 20 mM HEPES pH 7.0, 0.1 M sodium chloride, 660 uM PIYDIN peptide, 1.8 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→270.06 Å / Num. obs: 14151 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 24.8 % / Biso Wilson estimate: 135.11414236 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.183 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 1984 / CC1/2: 0.529 / Rpim(I) all: 1.228

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4S2S

4s2s


解像度: 3.20001097294→67.515 Å / SU ML: 0.661375880758 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34416359481 / 位相誤差: 40.2897604967
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292693257892 728 5.17449712133 %
Rwork0.268273678187 13341 -
obs0.269545672354 14069 99.8864039759 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 173.688789619 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.20001097294→67.515 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3324 0 0 4 3328
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004013744925473407
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79155708134638
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0478509479134524
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047339297548588
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.15448089822380
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.20001097294-3.44710.4840718340111450.4316017223312563X-RAY DIFFRACTION99.8157021747
3.4471-3.79390.3554642001111530.3496627058922594X-RAY DIFFRACTION99.7096188748
3.7939-4.34280.294521246051270.2604457252282650X-RAY DIFFRACTION99.9640028798
4.3428-5.47120.2353069821511370.2300275646332695X-RAY DIFFRACTION100
5.4712-67.5150.2862850579271660.2580257943322839X-RAY DIFFRACTION99.9334885268
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.0172256866 Å / Origin y: 4.46033682254 Å / Origin z: 54.9396930983 Å
111213212223313233
T1.46384605942 Å2-0.26521892302 Å20.219325884159 Å2-1.09996574952 Å20.125407398143 Å2--1.10814943902 Å2
L3.01679991567 °20.357530399108 °2-2.48311301472 °2-0.947692380994 °2-1.03565169204 °2--2.93806333459 °2
S0.337118876336 Å °-1.02104733657 Å °-0.294121081666 Å °-0.207853781322 Å °-0.201499222825 Å °-0.0614286765302 Å °-0.431823455752 Å °0.887958933958 Å °-0.0155974305569 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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