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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7s0v | ||||||
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タイトル | The role of an Asp-Asp pair in the structure, function and inhibition of CTX-M Class A Beta-lactamase | ||||||
要素 | Beta-lactamase | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / Inhibitor / Complex / Asp-Asp / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Kemp, M.T. / Chen, Y. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2021 タイトル: Mutation of the conserved Asp-Asp pair impairs the structure, function, and inhibition of CTX-M Class A beta-lactamase. 著者: Kemp, M.T. / Nichols, D.A. / Zhang, X. / Defrees, K. / Na, I. / Renslo, A.R. / Chen, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7s0v.cif.gz | 111.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7s0v.ent.gz | 84 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7s0v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7s0v_validation.pdf.gz | 707 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7s0v_full_validation.pdf.gz | 710.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7s0v_validation.xml.gz | 14.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7s0v_validation.cif.gz | 21.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/7s0v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/7s0v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27999.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: blaCTX-M-14, beta-lactamase CTX-M-14, bla, bla CTX-M-14, bla-CTX-M-14a, blaCTX-M, blaCTX-M-14a, blaCTX-M-14b, blaCTX-M-14c, blaCTX-M-27b, blatoho-3, blaUOE-2, CTX-M-14 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q9L5C7, beta-lactamase |
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#2: 化合物 | ChemComp-J1X / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.41 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9 / 詳細: 1M KP1 pH 7.9 / PH範囲: 7.0-8.3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月2日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.95→38.53 Å / Num. obs: 17809 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.6 % / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.058 / Rsym value: 0.054 / Net I/av σ(I): 7.6 / Net I/σ(I): 23.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→38.527 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 24.33 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 114.1 Å2 / Biso mean: 21.1873 Å2 / Biso min: 3.24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→38.527 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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