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- PDB-7rzp: Crystal structure of putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rzp
タイトルCrystal structure of putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase from Haemophilus influenzae R2866
要素Dihydropteridine reductase, NAD(P)H-dependent, oxygen-insensitive
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase NfsB-like / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / 酸化還元酵素 / oxidoreductase activity / ACETIC ACID / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Dihydropteridine reductase, NAD(P)H-dependent, oxygen-insensitive
機能・相同性情報
生物種Haemophilus influenzae R2866 (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Maltseva, N. / Kim, Y. / Endres, M. / Crofts, T. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI) 米国
引用ジャーナル: Microbiol Spectr / 年: 2022
タイトル: Functional and Structural Characterization of Diverse NfsB Chloramphenicol Reductase Enzymes from Human Pathogens.
著者: Mullowney, M.W. / Maltseva, N.I. / Endres, M. / Kim, Y. / Joachimiak, A. / Crofts, T.S.
履歴
登録2021年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydropteridine reductase, NAD(P)H-dependent, oxygen-insensitive
B: Dihydropteridine reductase, NAD(P)H-dependent, oxygen-insensitive
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9249
ポリマ－51,6712
非ポリマー1,2537
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11210 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area17210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.170, 56.170, 122.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
Space group name HallP31
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dihydropteridine reductase, NAD(P)H-dependent, oxygen-insensitive / NAD(P)H-dependent oxidoreductase


分子量: 25835.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae R2866 (インフルエンザ菌)
遺伝子: CH609_03695, NCTC11873_01313 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: A0A3E1R3Y4, FMN reductase (NADPH)

-
非ポリマー , 5種, 178分子

#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.76 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium acetate; 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月15日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 31406 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 29.71 Å2 / CC1/2: 0.978 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / Num. unique obs: 1548 / CC1/2: 0.361

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
PHENIX1.19_4092精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→48.64 Å / SU ML: 0.245 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 27.0937
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2163 1620 5.19 %
Rwork0.1708 29597 -
obs0.1733 31217 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→48.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3535 0 83 171 3789
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01063724
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19685030
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0617535
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0125638
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.8266511
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.010.33741230.26422401X-RAY DIFFRACTION96.01
2.01-2.070.30561400.23262447X-RAY DIFFRACTION98.67
2.07-2.150.27031160.2142437X-RAY DIFFRACTION99.3
2.15-2.230.24571180.1752507X-RAY DIFFRACTION99.85
2.24-2.340.24211540.2182480X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.460.25341080.21632471X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.610.2711060.20442517X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.820.22851560.18212503X-RAY DIFFRACTION100
2.82-3.10.23111580.1892445X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.550.20561200.16122482X-RAY DIFFRACTION100
3.55-4.470.1791500.12962468X-RAY DIFFRACTION100
4.47-48.640.18421710.13712439X-RAY DIFFRACTION99.89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.614239971851.741264635111.168984576486.10601570612-0.1198794358836.218257391860.0760734772450.8665464460190.143712664319-0.492546520266-0.0003538959724930.193718984298-0.511549020342-0.4881801319270.007419872897460.2411878800870.03072792429-0.04605884669350.5291224775840.0482045997070.24812586622811.543230231235.1535384297-5.72919356722
27.30806371875-1.46114145925-0.5187623418882.62840624112-0.5306091627181.03645404771-0.108613101677-0.00627674016039-0.175156412936-0.1887150324450.2459511392150.5018113783910.0191699772087-0.499475305705-0.1140641510790.23056869950.0302965416852-0.03835220345940.340936850790.05603185979280.2216637211138.3536122411626.451367518310.317911595
32.424526457231.02967527354-0.7196506321233.01003069854-0.2808683921532.87040849647-0.00379175600099-0.3733029621490.1595023734860.4001618442780.1613501227070.549993420627-0.116928143594-0.446602726659-0.1468280577120.2495556502490.06613100973050.06429081450920.3534608307540.06522504511150.2797077385044.6695951380528.294861374524.3082823086
43.340419116390.140319454706-0.08653237051791.63567100282-0.6069631982952.02261051808-0.137975080554-0.121453013013-0.1716594331440.09028062778190.0273928163804-0.1501353565750.02417007461590.1036446054710.09541604703740.1975812881440.05160301604760.01196638320320.1474297629460.01522008157950.17382561394725.966127559127.532802250917.8851626441
53.975119518030.28134736144-0.2499976193932.18373067427-0.6844411725482.24578463605-0.0851150037212-0.2572613848860.01204481215350.30232187080.1186975417770.249843172517-0.0855328855134-0.18911522855-0.05081030232960.2598452828730.07327099735950.05180592760350.2437471856830.01892601299980.22745101562911.239251865629.182637171324.2146490664
61.520743120432.038166575760.01069777972363.69007347145-1.225960454971.728474662510.06167864285590.2231400351190.754357754323-0.1346579484130.2448112124390.769616565509-0.481117038893-0.42395919548-0.2385165829310.3767236807830.0821269258110.04456427301350.3671063142930.1459191312740.51763725053911.810730067146.39435440583.75557395481
76.957707359140.7421007912562.315212801573.31883648171-0.0544900424125.631492997880.3950611387680.39965655691-0.0749676091197-0.4246958566160.05881348866940.06561457558060.573481883679-0.238771445646-0.4054035452610.433773066473-0.0652020664839-0.0438479142930.410082660414-0.01339010675320.25718713756110.333896933125.1532372375-2.16140892195
83.71632484345-1.73302576095-3.238108808961.332181727651.036367219295.362175081790.2199000490870.3420800469920.293551090369-0.09397147404930.0197635286166-0.0808827873155-0.206443364263-0.32467531775-0.2282086895660.2351286211490.000656550991109-0.009669054281930.2178897874940.03215192544250.21488472454922.874608555438.9014317613-1.26105564764
94.962164594750.781466592628-0.5755250518753.38066995343-0.6005198681324.866923908680.003513920820010.4499727648690.0597030568344-0.2488169613690.00529407946369-0.595135258394-0.196271576420.779160803994-0.03537148030730.240145985504-0.04337051056810.04721280630920.3217946428540.03309855494510.28972872041636.450770337441.44585403241.66265153644
101.93703801935-0.201885548302-0.8538996141241.94850747053-0.008015885835411.805302507780.1001606576-0.06729213616110.4246087220840.2931200590560.06718055426940.142413163119-0.37599753948-0.137953754399-0.08070062930220.2843158669220.06107399078020.03137197394410.1613716026040.0232583919950.28728023752218.767508325245.032542877116.241533862
115.221543222870.9094579763440.8755670327155.338182318760.1054252229845.120126204940.111191928151-0.1503628664350.9735783019290.3195160209140.230425172488-0.800552577375-0.8579000288420.569220590897-0.2167570159420.42388113462-0.1400184755140.02003367009640.2507952070070.02882660283840.56125789445335.609953466250.91178719511.6379685352
122.816034934880.857860637735-2.076065301221.14451400138-1.090283630892.90437628455-0.2669314138670.319594405046-0.411204683878-0.1845949164850.00664418321121-0.2068109310810.365987251734-0.1896189112370.2801240491770.2375926597870.0424855680989-0.02889598211160.243331378180.003714799360060.22462819807323.039152624525.69577369436.87455194017
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 15 )AA1 - 151 - 15
22chain 'A' and (resid 16 through 51 )AA16 - 5116 - 51
33chain 'A' and (resid 52 through 74 )AA52 - 7452 - 74
44chain 'A' and (resid 75 through 158 )AA75 - 15875 - 158
55chain 'A' and (resid 159 through 198 )AA159 - 198159 - 198
66chain 'A' and (resid 199 through 220 )AA199 - 220199 - 220
77chain 'B' and (resid 1 through 15 )BF1 - 151 - 15
88chain 'B' and (resid 16 through 51 )BF16 - 5116 - 51
99chain 'B' and (resid 52 through 81 )BF52 - 8152 - 81
1010chain 'B' and (resid 82 through 171 )BF82 - 17182 - 171
1111chain 'B' and (resid 172 through 188 )BF172 - 188172 - 188
1212chain 'B' and (resid 189 through 220 )BF189 - 220189 - 220

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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