PDB-7rzm: Crystal Structure of dnaN DNA polymerase III beta subunit from St...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rzm

タイトル

Crystal Structure of dnaN DNA polymerase III beta subunit from Stenotrophomonas maltophilia K279a

要素

DNA polymerase III subunit beta

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / dnaA / Stenotrophomonas maltophilia / DNA polymerase III beta subunit / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA polymerase III complex / 3'-5' exonuclease activity / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of dnaN DNA polymerase III beta subunit from Stenotrophomonas maltophilia K279a
著者: Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2021年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rzm.cif.gz	167.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rzm.ent.gz	128.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rzm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7rzm_validation.pdf.gz	421.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rzm_full_validation.pdf.gz	424.1 KB	表示
XML形式データ	7rzm_validation.xml.gz	18 KB	表示
CIF形式データ	7rzm_validation.cif.gz	27.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/7rzm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/7rzm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4tszS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6d46-d 6djk-d 2x4d-d 5xev-d 3i8d-2 1s1a-d 5ve4-3 6k1b-d 5a5c-1 2phr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (8)

登録構造単位

A: DNA polymerase III subunit beta

41.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	160.960, 160.960, 36.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂

#1: タンパク質	DNA polymerase III subunit beta / Beta sliding clamp 分子量: 41839.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) (バクテリア) 株: K279a / 遺伝子: dnaN, Smlt0002 / プラスミド: StmaA.17987.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B2FT80
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: MORPHEUS F5 (321505f5): 100 mM MOPS/HEPES-Na pH 7.5, 20 mM D-glucose, 20 mM D-mannose, 20 mM D-galactose, 20 mM L-fucose, 20mM D-xylose, 20 mM N-acetyl-D-glucosamine, 10% (w/v) PEG 20000, 20% ...詳細: MORPHEUS F5 (321505f5): 100 mM MOPS/HEPES-Na pH 7.5, 20 mM D-glucose, 20 mM D-mannose, 20 mM D-galactose, 20 mM L-fucose, 20mM D-xylose, 20 mM N-acetyl-D-glucosamine, 10% (w/v) PEG 20000, 20% (v/v) PEG MME 550, 16.74 mg/mL StmaA.17987.a.B1.PS38645, direct cryo

結晶

マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62 %

結晶化

温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: MORPHEUS F5 (321505f5): 100 mM MOPS/HEPES-Na pH 7.5, 20 mM D-glucose, 20 mM D-mannose, 20 mM D-galactose, 20 mM L-fucose, 20mM D-xylose, 20 mM N-acetyl-D-glucosamine, 10% (w/v) PEG 20000, 20% ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月15日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→46.47 Å / Num. obs: 29740 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.009 % / B_iso Wilson estimate: 35.981 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_rim(I) all: 0.087 / Χ²: 0.92 / Net I/σ(I): 16.99 / Num. measured all: 148980

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.15-2.21	5.021	0.586	2.94	10956	2181	2182	0.841	0.655	100
2.21-2.27	5.096	0.496	3.53	10870	2133	2133	0.891	0.554	100
2.27-2.33	5.013	0.432	4.08	10076	2011	2010	0.914	0.483	100
2.33-2.4	5.057	0.349	4.92	10347	2047	2046	0.939	0.39	100
2.4-2.48	5.06	0.287	6.05	9726	1922	1922	0.958	0.32	100
2.48-2.57	5.047	0.237	7.08	9604	1904	1903	0.974	0.265	99.9
2.57-2.67	5.064	0.204	8.26	9040	1785	1785	0.976	0.228	100
2.67-2.78	5.022	0.163	10.18	8970	1787	1786	0.986	0.182	99.9
2.78-2.9	5.065	0.128	12.91	8393	1658	1657	0.99	0.143	99.9
2.9-3.04	5.001	0.101	15.84	8157	1631	1631	0.994	0.113	100
3.04-3.21	5.05	0.077	20.3	7625	1511	1510	0.996	0.086	99.9
3.21-3.4	4.996	0.057	25.94	7329	1467	1467	0.998	0.064	100
3.4-3.63	4.992	0.047	30.75	6864	1375	1375	0.998	0.053	100
3.63-3.93	4.987	0.04	34.52	6413	1287	1286	0.998	0.045	99.9
3.93-4.3	4.991	0.034	38.2	5850	1173	1172	0.999	0.038	99.9
4.3-4.81	4.953	0.028	44.48	5320	1074	1074	0.999	0.031	100
4.81-5.55	4.896	0.03	42.34	4730	966	966	0.999	0.034	100
5.55-6.8	4.908	0.031	38.55	4020	822	819	0.999	0.035	99.6
6.8-9.62	4.773	0.025	44.91	3074	644	644	1	0.028	100
9.62-46.47	4.344	0.021	49.34	1616	382	372	0.999	0.024	97.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.17.1-3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4tsz

4tsz

解像度: 2.15→46.47 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2205	2078	6.99 %
R_work	0.1683	27657	-
obs	0.1719	29735	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 108.61 Å² / B_iso mean: 35.6982 Å² / B_iso min: 14.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.15→46.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2825	0	0	354	3179
B_iso mean	-	-	-	42.82	-
残基数	-	-	-	-	367

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.15-2.2	0.2634	132	0.2127	1809	1941	100
2.2-2.25	0.2613	148	0.1975	1832	1980	100
2.26-2.32	0.2632	113	0.1975	1813	1926	100
2.32-2.38	0.3136	122	0.1949	1874	1996	100
2.38-2.46	0.2294	128	0.1833	1817	1945	100
2.46-2.55	0.23	126	0.1821	1842	1968	100
2.55-2.65	0.259	140	0.1898	1819	1959	100
2.65-2.77	0.247	160	0.1865	1828	1988	100
2.77-2.92	0.2552	153	0.1931	1797	1950	100
2.92-3.1	0.2615	131	0.1843	1863	1994	100
3.1-3.34	0.2504	141	0.1695	1843	1984	100
3.34-3.68	0.2105	131	0.1586	1862	1993	100
3.68-4.21	0.1928	141	0.1419	1851	1992	100
4.21-5.3	0.1651	171	0.1243	1850	2021	100
5.3-46.47	0.1902	141	0.1776	1957	2098	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.2629	-0.4442	1.2865	2.2995	0.6427	3.844	-0.0663	-0.032	0.0875	0.0274	0.0384	-0.0743	-0.0947	0.0587	0.0708	0.1736	0.0231	0.0334	0.1385	0.019	0.1443	-42.946	-41.7014	-1.0735
2	1.1154	-0.8601	-0.8304	0.9482	0.4036	2.0201	0.0228	-0.7634	0.5936	0.0916	0.062	-0.2974	-0.2968	-0.0226	0.1057	0.3137	-0.0245	0.0029	0.1741	-0.0428	0.3409	-41.023	-39.0211	5.1826
3	2.4159	-1.9073	0.3929	3.8212	-0.3914	0.9431	0.0021	-0.0016	0.2053	0.0642	0.0624	-0.2791	-0.0783	0.0903	-0.0475	0.1855	-0.0235	-0.0151	0.215	-0.0182	0.17	-16.0672	-54.359	0.7995
4	3.0262	1.9799	-0.8556	3.7523	-0.0762	1.7907	0.0234	-0.0151	-0.1568	0.0511	0.0246	-0.1088	-0.0113	-0.018	-0.0549	0.1649	0.0244	-0.0403	0.171	-0.0339	0.1643	-13.4525	-81.2601	-0.4471

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 100 )	A	0 - 100
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 101 through 124 )	A	101 - 124
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 125 through 253 )	A	125 - 253
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 254 through 366 )	A	254 - 366

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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