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万見
- PDB-2x4d: Crystal structure of human phospholysine phosphohistidine inorgan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x4d
タイトルCrystal structure of human phospholysine phosphohistidine inorganic pyrophosphate phosphatase LHPP
要素PHOSPHOLYSINE PHOSPHOHISTIDINE INORGANIC PYROPHOSPHATE PHOSPHATASE
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyrophosphate hydrolysis / inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / phosphate-containing compound metabolic process / phosphatase activity / nuclear speck / protein homodimerization activity / metal ion binding / nucleus ...Pyrophosphate hydrolysis / inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / phosphate-containing compound metabolic process / phosphatase activity / nuclear speck / protein homodimerization activity / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HAD hydrolase, LHPP/HDHD2 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIA / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD-hyrolase-like / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYROPHOSPHATE 2- / Phospholysine phosphohistidine inorganic pyrophosphate phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Vollmar, M. / Gileadi, C. / Guo, K. / Savitsky, P. / Muniz, J.R.C. / Yue, W. / Allerston, C. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. ...Vollmar, M. / Gileadi, C. / Guo, K. / Savitsky, P. / Muniz, J.R.C. / Yue, W. / Allerston, C. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Kavanagh, K.L. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Phospholysine Phosphohistidine Inorganic Pyrophosphate Phosphatase Lhpp
著者: Vollmar, M. / Gileadi, C. / Guo, K. / Savitsky, P. / Muniz, J.R.C. / Yue, W. / Allerston, C. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Kavanagh, K.L. / Oppermann, U.
履歴
登録2010年1月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Advisory / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOLYSINE PHOSPHOHISTIDINE INORGANIC PYROPHOSPHATE PHOSPHATASE
B: PHOSPHOLYSINE PHOSPHOHISTIDINE INORGANIC PYROPHOSPHATE PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1409
ポリマ－58,1702
非ポリマー9697
水3,819212
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-28.8 kcal/mol
Surface area19640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.210, 39.410, 112.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1 - 45
2111B1 - 45
1211A47 - 89
2211B47 - 89
1311A91 - 103
2311B91 - 103
1411A105 - 133
2411B105 - 133
1511A135 - 144
2511B135 - 144
1611A146 - 196
2611B146 - 196
1711A198 - 239
2711B198 - 239
1811A241 - 247
2811B241 - 247
1911A249 - 271
2911B249 - 271

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 PHOSPHOLYSINE PHOSPHOHISTIDINE INORGANIC PYROPHOSPHATE PHOSPHATASE / HLHPP


分子量: 29085.182 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: AS A RESULT OF EXPRESSION SYSTEM SEQUENCE STARTS WITH SER0
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2
参照: UniProt: Q9H008, inorganic diphosphatase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 5種, 219分子

#2: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 160 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 161 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 160 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 161 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LYS 160 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 161 TO ALA
配列の詳細RESIDUES 160 AND 161 ARE MUTATED TO ALA. THE GLN ARG DISCREPANCY IS A KNOW VARIANT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.76 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.3M NA FORMATE, 25W/V PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→31.62 Å / Num. obs: 37847 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.92→2.03 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 68.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0089精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3HLT

3hlt


解像度: 1.92→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 9.871 / SU ML: 0.134 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1902 5 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.229 35942 94.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 7.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.97 Å20 Å20.83 Å2
2--1.72 Å20 Å2
3----0.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3455 0 28 212 3695
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0223539
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022291
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5581.9794796
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.72735603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0715476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.60524.104134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.5915528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2611520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2546
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214037
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02690
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6131.52381
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2721.5993
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.98423739
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.96331158
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7614.51057
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2330 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.060.05
2Btight positional0.060.05
1Atight thermal0.180.5
2Btight thermal0.180.5
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 92 -
Rwork0.318 1718 -
obs--60.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6251-0.49880.34712.4976-1.17972.27290.0116-0.0528-0.2408-0.0498-0.138-0.28650.19020.13910.12640.03310.01090.07350.030.01490.367246.044922.510161.3882
23.36420.5222-0.49751.0118-0.36872.84390.1577-0.7652-0.05130.1777-0.2431-0.04990.03140.12410.08550.0511-0.05560.0550.19110.02450.269839.73726.293376.01
32.5888-0.1332-1.20761.04871.45377.35220.0261-0.9844-0.34550.3993-0.49720.18990.935-1.70570.47110.2661-0.3750.17531.094-0.02910.350613.064518.342592.718
46.7255-0.42051.50832.70950.04155.1056-0.024-1.0011.02890.4045-0.3646-0.1839-0.3788-1.30870.38860.294-0.04230.06851.3765-0.27060.364113.585231.7252107.155
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 79
2X-RAY DIFFRACTION2A80 - 269
3X-RAY DIFFRACTION3B15 - 198
4X-RAY DIFFRACTION4B199 - 260

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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