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- PDB-7ryu: Anti-HIV neutralizing antibody Ab1303 Fab isolated from sequentia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ryu
タイトルAnti-HIV neutralizing antibody Ab1303 Fab isolated from sequentially immunized mcaques
要素
  • Ab1303 Fab heavy chain
  • Ab1303 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / anti-HIV neutralizing antibody / antibody Fab
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Yang, Z. / Bjorkman, P.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HIVRAD P01 AI100148 米国
Bill & Melinda Gates FoundationCAVD INV-002143 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Neutralizing antibodies induced in immunized macaques recognize the CD4-binding site on an occluded-open HIV-1 envelope trimer.
著者: Zhi Yang / Kim-Marie A Dam / Michael D Bridges / Magnus A G Hoffmann / Andrew T DeLaitsch / Harry B Gristick / Amelia Escolano / Rajeev Gautam / Malcolm A Martin / Michel C Nussenzweig / ...著者: Zhi Yang / Kim-Marie A Dam / Michael D Bridges / Magnus A G Hoffmann / Andrew T DeLaitsch / Harry B Gristick / Amelia Escolano / Rajeev Gautam / Malcolm A Martin / Michel C Nussenzweig / Wayne L Hubbell / Pamela J Bjorkman /
要旨: Broadly-neutralizing antibodies (bNAbs) against HIV-1 Env can protect from infection. We characterize Ab1303 and Ab1573, heterologously-neutralizing CD4-binding site (CD4bs) antibodies, isolated from ...Broadly-neutralizing antibodies (bNAbs) against HIV-1 Env can protect from infection. We characterize Ab1303 and Ab1573, heterologously-neutralizing CD4-binding site (CD4bs) antibodies, isolated from sequentially-immunized macaques. Ab1303/Ab1573 binding is observed only when Env trimers are not constrained in the closed, prefusion conformation. Fab-Env cryo-EM structures show that both antibodies recognize the CD4bs on Env trimer with an 'occluded-open' conformation between closed, as targeted by bNAbs, and fully-open, as recognized by CD4. The occluded-open Env trimer conformation includes outwardly-rotated gp120 subunits, but unlike CD4-bound Envs, does not exhibit V1V2 displacement, 4-stranded gp120 bridging sheet, or co-receptor binding site exposure. Inter-protomer distances within trimers measured by double electron-electron resonance spectroscopy suggest an equilibrium between occluded-open and closed Env conformations, consistent with Ab1303/Ab1573 binding stabilizing an existing conformation. Studies of Ab1303/Ab1573 demonstrate that CD4bs neutralizing antibodies that bind open Env trimers can be raised by immunization, thereby informing immunogen design and antibody therapeutic efforts.
履歴
登録2021年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Ab1303 Fab heavy chain
L: Ab1303 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7582
ポリマ－48,7582
非ポリマー00
水12,250680
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.853, 66.973, 136.586
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Ab1303 Fab heavy chain


分子量: 25338.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Ab1303 Fab light chain


分子量: 23419.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 680 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.93 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 10% (v/v) PEG 200, 0.1M Bis-Tris propane (pH 9.0), and 18% w/v PEG 8,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→38.3 Å / Num. obs: 177690 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 20.66 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.51→1.53 Å / 冗長度: 11.4 % / Num. unique obs: 9145 / CC1/2: 0.8 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
TRUNCATEデータ削減
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YK4

4yk4


解像度: 1.51→38.27 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2003 3865 2.18 %
Rwork0.1803 173825 -
obs0.1807 177690 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 88.6 Å2 / Biso mean: 27.0334 Å2 / Biso min: 12.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.51→38.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3330 0 0 680 4010
Biso mean---39.24 -
残基数----440
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.51-1.530.31391410.2866086622797
1.53-1.550.28331330.262161526285100
1.55-1.570.27091460.255362796425100
1.57-1.590.28731310.250262056336100
1.59-1.610.25131420.246661656307100
1.61-1.640.25391280.245662626390100
1.64-1.660.31071310.258661436274100
1.66-1.690.27041710.247662296400100
1.69-1.720.28741150.234262786393100
1.72-1.750.25421570.227961586315100
1.75-1.780.25291270.21762276354100
1.78-1.820.2411360.213662266362100
1.82-1.860.20871430.208761836326100
1.86-1.90.2541250.203562326357100
1.9-1.950.19451700.210562026372100
1.95-20.25361290.20262006329100
2-2.060.18691340.200262656399100
2.06-2.130.21391480.184261606308100
2.13-2.20.21371190.186162766395100
2.2-2.290.23941460.180561756321100
2.29-2.40.20461410.187562316372100
2.4-2.520.18151180.180661876305100
2.52-2.680.21311420.189462376379100
2.68-2.890.19111390.177962336372100
2.89-3.180.21380.169362266364100
3.18-3.640.16021320.156461636295100
3.64-4.580.15341440.139162536397100
4.58-38.270.1641390.148361926331100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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