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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rvc | |||||||||
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タイトル | Segment from the human prion protein 168-176 EYSNQNNFV | |||||||||
要素 | Major prion protein | |||||||||
キーワード | PROTEIN FIBRIL / amyloid / prion / fibril | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of glutamate receptor signaling pathway / negative regulation of amyloid precursor protein catabolic process / lamin binding / regulation of glutamate receptor signaling pathway / regulation of calcium ion import across plasma membrane / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / glycosaminoglycan binding / ATP-dependent protein binding / regulation of potassium ion transmembrane transport / negative regulation of interleukin-17 production ...positive regulation of glutamate receptor signaling pathway / negative regulation of amyloid precursor protein catabolic process / lamin binding / regulation of glutamate receptor signaling pathway / regulation of calcium ion import across plasma membrane / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / glycosaminoglycan binding / ATP-dependent protein binding / regulation of potassium ion transmembrane transport / negative regulation of interleukin-17 production / NCAM1 interactions / negative regulation of dendritic spine maintenance / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / cupric ion binding / negative regulation of protein processing / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / dendritic spine maintenance / negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / extrinsic component of membrane / cuprous ion binding / negative regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of activated T cell proliferation / response to amyloid-beta / : / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of long-term synaptic potentiation / intracellular copper ion homeostasis / positive regulation of protein targeting to membrane / long-term memory / response to cadmium ion / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / inclusion body / cellular response to copper ion / neuron projection maintenance / tubulin binding / negative regulation of protein phosphorylation / molecular condensate scaffold activity / molecular function activator activity / positive regulation of protein localization to plasma membrane / protein destabilization / protein homooligomerization / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / terminal bouton / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to xenobiotic stimulus / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / protein-folding chaperone binding / postsynapse / microtubule binding / nuclear membrane / protease binding / response to oxidative stress / transmembrane transporter binding / molecular adaptor activity / postsynaptic density / learning or memory / regulation of cell cycle / membrane raft / cell cycle / copper ion binding / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / dendrite / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子線結晶学 / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.002 Å | |||||||||
データ登録者 | Glynn, C. / Rodriguez, J.A. / Hernandez, E. | |||||||||
資金援助 | 2件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Structural and Biophysical Consequences of Sequence Variation in the B2a2 Loop of Mammalian Prions 著者: Glynn, C. / Hernandez, E. / Gallagher-Jones, M. / Miao, J. / Rodriguez, J.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rvc.cif.gz | 16.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7rvc.ent.gz | 7.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rvc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7rvc_validation.pdf.gz | 387.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7rvc_full_validation.pdf.gz | 387.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7rvc_validation.xml.gz | 2.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7rvc_validation.cif.gz | 2.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/7rvc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/7rvc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1114.122 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 168-176 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04156 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子線結晶学 / 使用した結晶の数: 1 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 3D ARRAY / 3次元再構成法: 電子線結晶学 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Major prion protein / タイプ: COMPLEX / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
試料 | 濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: NO |
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 20% ethanol, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, 0.1 M lithium sulfate |
-データ収集
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
電子レンズ | モード: DIFFRACTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EM回折 | カメラ長: 1 mm | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射光源 | 由来: ELECTRON MICROSCOPE / タイプ: OTHER / 波長: 0.0251 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: TVIPS TEMCAM-F416 / 検出器: CMOS / 日付: 2016年11月13日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: electron | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.0251 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1→10.437 Å / Num. obs: 3031 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 5.203 % / Biso Wilson estimate: 4.42 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.187 / Rrim(I) all: 0.207 / Χ2: 0.855 / Net I/σ(I): 5.56 / Num. measured all: 15771 / Scaling rejects: 25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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EM 3D crystal entity | ∠α: 90.99 ° / ∠β: 91.42 ° / ∠γ: 102.18 ° / A: 10.02 Å / B: 4.89 Å / C: 31.33 Å / 空間群名: P1 / 空間群番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 1.002 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.002→10.437 Å / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.08 / 位相誤差: 18.49 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 45.55 Å2 / Biso mean: 9.1631 Å2 / Biso min: 1.04 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.002→10.437 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY / Rfactor Rfree error: 0
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