[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7rvi: Segment from naked mole rat (elk T174S) prion protein 168-176 QYN... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7rvi | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Segment from naked mole rat (elk T174S) prion protein 168-176 QYNNQNSFV | |||||||||
Components | Major prion protein | |||||||||
Keywords | PROTEIN FIBRIL / amyloid / prion / fibril / naked mole rat | |||||||||
Function / homology | Function and homology information : / : / regulation of glutamate receptor signaling pathway / regulation of calcium ion import across plasma membrane / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / glycosaminoglycan binding / negative regulation of interleukin-17 production / regulation of potassium ion transmembrane transport / negative regulation of dendritic spine maintenance / type 5 metabotropic glutamate receptor binding ...: / : / regulation of glutamate receptor signaling pathway / regulation of calcium ion import across plasma membrane / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / glycosaminoglycan binding / negative regulation of interleukin-17 production / regulation of potassium ion transmembrane transport / negative regulation of dendritic spine maintenance / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / cupric ion binding / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / cuprous ion binding / activation of protein kinase activity / negative regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of activated T cell proliferation / : / negative regulation of type II interferon production / positive regulation of protein targeting to membrane / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / inclusion body / cellular response to copper ion / neuron projection maintenance / negative regulation of protein phosphorylation / positive regulation of protein localization to plasma membrane / protein destabilization / protein homooligomerization / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / terminal bouton / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to xenobiotic stimulus / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / microtubule binding / nuclear membrane / response to oxidative stress / protease binding / membrane => GO:0016020 / learning or memory / membrane raft / dendrite / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / identical protein binding / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Heterocephalus glaber (naked mole-rat) | |||||||||
Method | ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY / electron crystallography / AB INITIO PHASING / Resolution: 1.05 Å | |||||||||
Authors | Glynn, C. / Rodriguez, J.A. / Hernandez, E. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: To be published Title: Structural and Biophysical Consequences of Sequence Variation in the B2a2 Loop of Mammalian Prions Authors: Glynn, C. / Hernandez, E. / Gallagher-Jones, M. / Miao, J. / Rodriguez, J.A. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7rvi.cif.gz | 13.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7rvi.ent.gz | 5.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7rvi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/7rvi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/7rvi | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 7rvcC 7rvdC 7rveC 7rvfC 7rvgC 7rvhC 7rvjC 7rvkC 7rvlC C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein/peptide | Mass: 1113.137 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 158-166 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Heterocephalus glaber (naked mole-rat) / References: UniProt: G5B4V6 |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-CAC / |
#3: Chemical | ChemComp-NA / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY / Number of used crystals: 1 |
---|---|
EM experiment | Aggregation state: 3D ARRAY / 3D reconstruction method: electron crystallography |
-Sample preparation
Component | Name: Major prion protein / Type: COMPLEX / Entity ID: #1 / Source: NATURAL |
---|---|
Source (natural) | Organism: Heterocephalus glaber (naked mole-rat) |
Specimen | Embedding applied: NO / Shadowing applied: NO / Staining applied: NO / Vitrification applied: NO |
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 5% isopropanol, 0.1 M zinc acetate |
-Data collection
Experimental equipment | Model: Tecnai F30 / Image courtesy: FEI Company | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Microscopy | Model: FEI TECNAI F30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Electron gun | Electron source: FIELD EMISSION GUN / Accelerating voltage: 300 kV / Illumination mode: FLOOD BEAM | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Electron lens | Mode: DIFFRACTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Specimen holder | Cryogen: NITROGEN | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Image recording | Film or detector model: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) / Num. of grids imaged: 1 / Num. of real images: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EM diffraction | Camera length: 1 mm | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction source | Source: ELECTRON MICROSCOPE / Type: OTHER / Wavelength: 0.0251 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: TVIPS TEMCAM-F416 / Detector: CMOS / Date: Jun 28, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: electron | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.0251 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.05→10.76 Å / Num. obs: 2612 / % possible obs: 79.9 % / Redundancy: 8.391 % / Biso Wilson estimate: 2.75 Å2 / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.287 / Rrim(I) all: 0.305 / Χ2: 0.748 / Net I/σ(I): 5 / Num. measured all: 21917 / Scaling rejects: 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EM 3D crystal entity | ∠α: 90 ° / ∠β: 109.14 ° / ∠γ: 90 ° / A: 62.76 Å / B: 4.85 Å / C: 21.52 Å / Space group name: P1 / Space group num: 1 | ||||||||||||||||||||||||
3D reconstruction | Resolution: 1.05 Å / Resolution method: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / Symmetry type: 3D CRYSTAL | ||||||||||||||||||||||||
Refinement | Method to determine structure: AB INITIO PHASING / Resolution: 1.05→10.76 Å / SU ML: 0.13 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 26.67 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 12.92 Å2 / Biso mean: 3.9399 Å2 / Biso min: 0.75 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.05→10.76 Å
| ||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 2
|