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- PDB-7rvi: Segment from naked mole rat (elk T174S) prion protein 168-176 QYN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rvi
タイトルSegment from naked mole rat (elk T174S) prion protein 168-176 QYNNQNSFV
要素Major prion protein
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid / prion / fibril / naked mole rat
機能・相同性
機能・相同性情報


side of membrane / protein homooligomerization / Golgi apparatus / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Major prion protein N-terminal domain / Major prion protein bPrPp - N terminal / Prion protein signature 2. / Prion protein / Major prion protein / Prion/Doppel protein, beta-ribbon domain / Prion/Doppel beta-ribbon domain superfamily / Prion/Doppel alpha-helical domain
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / Major prion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Heterocephalus glaber (ハダカデバネズミ)
手法電子線結晶学 / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Glynn, C. / Rodriguez, J.A. / Hernandez, E.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM128867 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1F31AI143368 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structural and Biophysical Consequences of Sequence Variation in the B2a2 Loop of Mammalian Prions
著者: Glynn, C. / Hernandez, E. / Gallagher-Jones, M. / Miao, J. / Rodriguez, J.A.
履歴
登録2021年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major prion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,2733
ポリマ－1,1131
非ポリマー1602
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area1590 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)62.760, 4.850, 21.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.140, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Major prion protein


分子量: 1113.137 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 158-166 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Heterocephalus glaber (ハダカデバネズミ)
参照: UniProt: G5B4V6
#2: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学 / 使用した結晶の数: 1
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: Major prion protein / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Heterocephalus glaber (ハダカデバネズミ)
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: NO
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 5% isopropanol, 0.1 M zinc acetate

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データ収集

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1
EM回折カメラ長: 1 mm
回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: ELECTRON MICROSCOPE / タイプ: OTHER / 波長: 0.0251 Å
検出器タイプ: TVIPS TEMCAM-F416 / 検出器: CMOS / 日付: 2018年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: electron
放射波長波長: 0.0251 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→10.76 Å / Num. obs: 2612 / % possible obs: 79.9 % / 冗長度: 8.391 % / Biso Wilson estimate: 2.75 Å2 / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.287 / Rrim(I) all: 0.305 / Χ2: 0.748 / Net I/σ(I): 5 / Num. measured all: 21917 / Scaling rejects: 15
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.05-1.088.5610.5892.4716012241870.9130.62383.5
1.08-1.118.7620.515316212201850.9050.54484.1
1.11-1.148.7880.4633.4516612271890.9090.48883.3
1.14-1.179.3470.4423.6818322411960.890.46681.3
1.17-1.219.7430.4334.0518222251870.910.45683.1
1.21-1.267.5830.4093.9610921801440.8880.43680
1.26-1.37.550.344.2111401861510.9690.36281.2
1.3-1.367.7340.4024.0211061761430.8790.42781.2
1.36-1.427.9080.3264.6511231791420.9290.34679.3
1.42-1.499.0130.3135.4913881871540.9580.33182.4
1.49-1.579.2850.3365.6713371791440.970.35580.4
1.57-1.6690.2556.8511971671330.9720.26979.6
1.66-1.787.1430.2916.057501331050.910.31178.9
1.78-1.927.2940.2946.267951351090.9410.31380.7
1.92-2.17.2750.2996.817931381090.9240.31879
2.1-2.358.7480.2178.469711351110.9810.2382.2
2.35-2.717.2780.2227.86575107790.950.23873.8
2.71-3.326.5250.2757.8439887610.9390.29570.1
3.32-4.79.2770.19610.360394650.9940.20769.1
4.7-10.766.2220.1527.9911248180.9910.16137.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 109.14 ° / ∠γ: 90 ° / A: 62.76 Å / B: 4.85 Å / C: 21.52 Å / 空間群名: P1 / 空間群番号: 1
3次元再構成解像度: 1.05 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.05→10.76 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2648 262 10.03 %
Rwork0.2222 2350 -
obs0.2271 2612 80.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 12.92 Å2 / Biso mean: 3.9399 Å2 / Biso min: 0.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.05→10.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数79 0 6 3 88
Biso mean--9.46 9.01 -
残基数----9
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.05-1.320.26381290.21191161129082
1.32-10.760.26551330.2281189132278

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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