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万見
- PDB-7rs1: Crystal Structure of the ER-alpha Ligand-binding Domain (L372S, L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rs1
タイトルCrystal Structure of the ER-alpha Ligand-binding Domain (L372S, L536S) in complex with DMERI-21
要素Estrogen receptorエストロゲン受容体
キーワードTRANSCRIPTION/TRANSCRIPTION INHIBITOR / ER-alpha (エストロゲン受容体α) / ligand complex (リガンド) / DMERI / TRANSCRIPTION-TRANSCRIPTION INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / epithelial cell development / prostate epithelial cord elongation / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / steroid hormone mediated signaling pathway / mammary gland alveolus development / intracellular estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / : / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / protein localization to chromatin / 14-3-3 protein binding / TBP-class protein binding / steroid binding / nitric-oxide synthase regulator activity / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / ESR-mediated signaling / transcription corepressor binding / negative regulation of miRNA transcription / cellular response to estradiol stimulus / transcription coregulator binding / 細胞分化 / nuclear estrogen receptor binding / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / SUMOylation of intracellular receptors / ユークロマチン / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / beta-catenin binding / transcription coactivator binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / Regulation of RUNX2 expression and activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / nuclear receptor activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / male gonad development / positive regulation of fibroblast proliferation / sequence-specific double-stranded DNA binding / Ovarian tumor domain proteases / PIP3 activates AKT signaling / response to estradiol / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / ATPase binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / regulation of inflammatory response / fibroblast proliferation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / Extra-nuclear estrogen signaling / calmodulin binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / クロマチンリモデリング / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / chromatin binding / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / ゴルジ体 / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
エストロゲン受容体 / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / エストロゲン受容体 / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) ...エストロゲン受容体 / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / エストロゲン受容体 / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7Q5 / エストロゲン受容体
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Min, J. / Nwachukwu, J.C. / Min, C.K. / Njeri, J.W. / Srinivasan, S. / Rangarajan, E.S. / Nettles, C.C. / Yan, S. / Houtman, R. / Griffin, P.R. ...Min, J. / Nwachukwu, J.C. / Min, C.K. / Njeri, J.W. / Srinivasan, S. / Rangarajan, E.S. / Nettles, C.C. / Yan, S. / Houtman, R. / Griffin, P.R. / Izard, T. / Katzenellenbogen, B.S. / Katzenellenbogen, J.A. / Nettles, K.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Dual-mechanism estrogen receptor inhibitors.
著者: Min, J. / Nwachukwu, J.C. / Min, C.K. / Njeri, J.W. / Srinivasan, S. / Rangarajan, E.S. / Nettles, C.C. / Sanabria Guillen, V. / Ziegler, Y. / Yan, S. / Carlson, K.E. / Hou, Y. / Kim, S.H. / ...著者: Min, J. / Nwachukwu, J.C. / Min, C.K. / Njeri, J.W. / Srinivasan, S. / Rangarajan, E.S. / Nettles, C.C. / Sanabria Guillen, V. / Ziegler, Y. / Yan, S. / Carlson, K.E. / Hou, Y. / Kim, S.H. / Novick, S. / Pascal, B.D. / Houtman, R. / Griffin, P.R. / Izard, T. / Katzenellenbogen, B.S. / Katzenellenbogen, J.A. / Nettles, K.W.
履歴
登録2021年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
C: Estrogen receptor
D: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,9288
ポリマ－117,5224
非ポリマー2,4064
水8,683482
1
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9644
ポリマ－58,7612
非ポリマー1,2032
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area18820 Å2
手法PISA
2
C: Estrogen receptor
D: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9644
ポリマ－58,7612
非ポリマー1,2032
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area19110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.580, 58.768, 93.153
Angle α, β, γ (deg.)86.710, 75.090, 62.870
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Estrogen receptor / エストロゲン受容体 / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 29380.520 Da / 分子数: 4 / 断片: Ligand binding domain / 変異: L372S, L536S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03372
#2: 化合物
ChemComp-7Q5 / methyl 3-(4-{[(1S,2R,4S)-5,6-bis(4-hydroxyphenyl)-7-oxabicyclo[2.2.1]hept-5-ene-2-sulfonyl](2,2,2-trifluoroethyl)amino}phenyl)prop-2-enoate


分子量: 601.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H26F3NO7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 20-25% PEG 3350, 200 mM MgCl2, 0.1 M Bis-Tris/Hepes/Tris-HCl
PH範囲: 6.5 - 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→89.9 Å / Num. obs: 93507 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 7.9 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 1.59→1.73 Å / Num. unique obs: 4676 / CC1/2: 0.486

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
AutoProcessデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 2QXS

2qxs


解像度: 1.59→89.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 5.802 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2191 4613 4.9 %RANDOM
Rwork0.1859 ---
obs0.1876 88898 71.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 128.08 Å2 / Biso mean: 34.887 Å2 / Biso min: 12.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.13 Å2-0.57 Å2-0.21 Å2
2--0.44 Å2-0.11 Å2
3----2.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.59→89.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7265 0 160 482 7907
Biso mean--46.07 39.23 -
残基数----912
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0187584
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027241
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4891.93910266
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1972.93416770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8245901
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.27124.387310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.175151407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8831538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.21196
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028065
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021435
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.59→1.629 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 5 -
Rwork0.399 203 -
obs--2.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4632-0.63520.3092.9943-0.70841.3298-0.0210.06320.0699-0.0921-0.00320.0501-0.06960.00280.02410.0197-0.00380.02920.0234-0.03260.17836.092.10924.006
21.93410.34250.19451.7679-0.00231.2883-0.01550.06270.0656-0.02710.0540.16550.0881-0.1726-0.03860.0394-0.00180.05850.03790.01820.1952-6.085-19.64625.733
31.52030.5148-0.29833.7319-1.30981.9210.0319-0.0121-0.0789-0.0537-0.0448-0.02870.22580.14870.0130.07420.06140.03730.1001-0.03890.175430.143-9.65669.447
41.5103-0.21640.322.16780.05882.5102-0.0657-0.13360.01530.12020.08560.0954-0.1868-0.2077-0.01990.04580.0430.05380.05660.01470.169317.67511.76767.701
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A305 - 546
2X-RAY DIFFRACTION2B303 - 546
3X-RAY DIFFRACTION3C305 - 546
4X-RAY DIFFRACTION4D305 - 546

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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