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万見
- PDB-7rkm: Structure of CX3CL1-US28-Gi-scFv16 in C-state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rkm
タイトルStructure of CX3CL1-US28-Gi-scFv16 in C-state
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3
  • Antibody fragment scFv16
  • Fractalkine
  • G-protein coupled receptor homolog US28
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Viral GPCR / HCMV / cytomegalovirus / G protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CXCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / negative regulation of interleukin-1 alpha production / leukocyte adhesive activation / CX3C chemokine receptor binding / negative regulation of glutamate receptor signaling pathway / autocrine signaling / lymphocyte chemotaxis / synapse pruning / positive regulation of microglial cell migration ...CXCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / negative regulation of interleukin-1 alpha production / leukocyte adhesive activation / CX3C chemokine receptor binding / negative regulation of glutamate receptor signaling pathway / autocrine signaling / lymphocyte chemotaxis / synapse pruning / positive regulation of microglial cell migration / regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of microglial cell activation / negative regulation of neuron migration / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / CCR chemokine receptor binding / microglial cell proliferation / positive regulation of actin filament bundle assembly / leukocyte migration involved in inflammatory response / integrin activation / C-C chemokine receptor activity / chemokine-mediated signaling pathway / C-C chemokine binding / eosinophil chemotaxis / leukocyte chemotaxis / angiogenesis involved in wound healing / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / negative regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of cell-matrix adhesion / neuron remodeling / positive regulation of neuroblast proliferation / symbiont-mediated transformation of host cell / positive chemotaxis / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of cell-substrate adhesion / regulation of neurogenesis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / adenylate cyclase inhibitor activity / positive regulation of protein localization to cell cortex / T cell migration / Adenylate cyclase inhibitory pathway / D2 dopamine receptor binding / response to prostaglandin E / adenylate cyclase regulator activity / G protein-coupled serotonin receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / neutrophil chemotaxis / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cellular response to forskolin / regulation of mitotic spindle organization / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / negative regulation of cell migration / response to ischemia / cell chemotaxis / cell projection / Regulation of insulin secretion / microglial cell activation / calcium-mediated signaling / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / negative regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / defense response / cell-cell adhesion / response to peptide hormone / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of neuron projection development / neuron cellular homeostasis / regulation of synaptic plasticity / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / centriolar satellite / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / integrin binding / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / positive regulation of inflammatory response / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of angiogenesis / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / chemotaxis / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / photoreceptor disc membrane / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide
類似検索 - 分子機能
CX3C chemokine domain / Chemokine receptor family / : / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / G-protein alpha subunit, group I / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase ...CX3C chemokine domain / Chemokine receptor family / : / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / G-protein alpha subunit, group I / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / G-protein coupled receptor homolog US28 / Fractalkine
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Tsutsumi, N. / Qu, Q. / Jude, K.M. / Skiniotis, G. / Garcia, K.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI125320 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Atypical structural snapshots of human cytomegalovirus GPCR interactions with host G proteins
著者: Tsutsumi, N. / Maeda, S. / Qu, Q. / Voegele, M. / Jude, K.M. / Suomivuori, C.M. / Panova, O. / Waghray, D. / Kato, H.E. / Velasco, A. / Dror, R.O. / Skiniotis, G. / Kobilka, B.K. / Garcia, K.C.
履歴
登録2021年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-24500
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
C: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
D: Antibody fragment scFv16
L: Fractalkine
R: G-protein coupled receptor homolog US28
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,2267
ポリマ－164,8406
非ポリマー3871
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Adenylate cyclase-inhibiting G alpha protein


分子量: 40283.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAI1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P63096
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 37728.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P62873
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7432.554 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P59768

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タンパク質 , 2種, 2分子 LR

#5: タンパク質 Fractalkine / C-X3-C motif chemokine 1 / CX3C membrane-anchored chemokine / Neurotactin / Small-inducible cytokine D1


分子量: 10013.487 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 25-101 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CX3CL1, FKN, NTT, SCYD1, A-152E5.2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P78423
#6: タンパク質 G-protein coupled receptor homolog US28 / HHRF3


分子量: 42041.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: US28 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69332

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抗体 / 非ポリマー , 2種, 2分子 D

#4: 抗体 Antibody fragment scFv16


分子量: 27340.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#7: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1CX3CL1-US28-Gi-scFv16 complexCOMPLEX#1-#60MULTIPLE SOURCES
2Gi heterotrimerCOMPLEX#1-#31RECOMBINANT
3scFv16COMPLEX#41RECOMBINANT
4CX3CL1-US28COMPLEX#5-#61RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
120.09 MDaNO
230.03 MDaNO
340.05 MDa
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞内の位置
12Homo sapiens (ヒト)9606Membrane
23Mus musculus (ハツカネズミ)10090
34Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)9606
23Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
34Homo sapiens (ヒト)9606
緩衝液pH: 7.2
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
110 mMHepes-sodium salt1
2150 mMsodium chloride1
30.001 % w/vLauryl Maltose Neopentyl Glycol1
40.001 % w/vGlyco-diosgenin1
50.05 % w/vOctyl beta-D-glucopyranoside1
試料濃度: 30 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K / 詳細: 1 s blotting before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 倍率（補正後）: 60976 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 83 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4546
詳細: The same specimen/movie data as the OC-state CX3CL1-US28-Gi-scFv16 (7RKM).
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4Gctf1.06CTF補正
5RELION3.1CTF補正
10PHENIXモデル精密化
12RELION3.1最終オイラー角割当
13RELION3.1分類
14RELION3.1３次元再構成
CTF補正詳細: Final per-particle CTF values were determined by Relion 3.1 CTF correction.
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1348802
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 143691 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0059697
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.96113144
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.0381316
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0581493
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051654

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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