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万見
- PDB-7rk1: Crystal structure of the human astrovirus serotype 8 capsid spike... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rk1
タイトルCrystal structure of the human astrovirus serotype 8 capsid spike in complex with scFv 3E8, an astrovirus-neutralizing antibody, at 2.05-A resolution
要素
  • Capsid polyprotein VP70
  • scFv 3E8
キーワードVIRAL PROTEIN / capsid protein / icosahedral virus / single chain variable fragment
機能・相同性Turkey astrovirus capsid protein / Turkey astrovirus capsid protein / Capsid, astroviral / Astrovirus capsid protein nucleoplasmin-like domain / T=3 icosahedral viral capsid / Viral coat protein subunit / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / identical protein binding / Capsid polyprotein VP90
機能・相同性情報
生物種Human astrovirus-8 (ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Meyer, L. / DuBois, R.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI144090 米国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2022
タイトル: Structures of Two Human Astrovirus Capsid/Neutralizing Antibody Complexes Reveal Distinct Epitopes and Inhibition of Virus Attachment to Cells.
著者: Ricemeyer, L. / Aguilar-Hernandez, N. / Lopez, T. / Espinosa, R. / Lanning, S. / Mukherjee, S. / Cuellar, C. / Lopez, S. / Arias, C.F. / DuBois, R.M.
履歴
登録2021年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid polyprotein VP70
C: scFv 3E8
B: Capsid polyprotein VP70
D: scFv 3E8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,5294
ポリマ－105,5294
非ポリマー00
水6,035335
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, scFv 3E8 and Spike 8 co-elute in a 2:2 ratio
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.829, 80.429, 117.208
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.670, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Capsid polyprotein VP70


分子量: 25886.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human astrovirus-8 (ウイルス) / 遺伝子: ORF2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9IFX1
#2: 抗体 scFv 3E8


分子量: 26878.584 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M lithium citrate tribasic, 18 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033184 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月5日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→80.43 Å / Num. obs: 55739 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 25.28 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.184 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.202 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 337857 / Scaling rejects: 795
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.05-2.115.31.2682188441590.6020.6141.4152.294.8
8.94-80.436.30.07646017340.9960.0320.08217.199.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIX1.19_4092精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QSQ

3qsq


解像度: 2.05→66.32 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2377 1992 3.58 %
Rwork0.223 53638 -
obs0.2235 55630 97.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 74.06 Å2 / Biso mean: 32.1572 Å2 / Biso min: 13.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→66.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7001 0 0 335 7336
Biso mean---33.32 -
残基数----882
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.05-2.10.32361260.30753630375694
2.1-2.160.29911400.27353848398898
2.16-2.220.31231450.26963887403298
2.22-2.290.28991460.26883824397098
2.29-2.380.26921390.26023825396499
2.38-2.470.29971450.2633871401699
2.47-2.580.26931410.26463822396397
2.58-2.720.30351480.27663688383695
2.72-2.890.27031460.25283881402799
2.89-3.110.25221460.22993860400699
3.11-3.430.25761400.21853890403099
3.43-3.920.20141360.19153777391396
3.92-4.940.17031440.16363926407099
4.94-66.320.19531500.1973909405997

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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