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万見
- PDB-7ril: Crystal structure of hairpin polyamide Py-Im 1 bound to 5' CCTGACCAGG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ril
タイトルCrystal structure of hairpin polyamide Py-Im 1 bound to 5' CCTGACCAGG
要素
  • non-template DNA
  • template DNA
キーワードDNA / Polyamide / small molecule / DNA binding molecule / anticancer agent
機能・相同性Chem-5N0 / ACETATE ION / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
Model detailsRNA polymerase II, 5-guanidinohydantoin, elongation complex, DNA lesion
データ登録者Oh, J. / Dervan, P.B. / Wang, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM102362 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: RNA polymerase II trapped on a molecular treadmill: Structural basis of persistent transcriptional arrest by a minor groove DNA binder.
著者: Oh, J. / Jia, T. / Xu, J. / Chong, J. / Dervan, P.B. / Wang, D.
履歴
登録2021年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_nat
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: non-template DNA
B: template DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5084
ポリマ－6,0912
非ポリマー1,4172
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area3910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.910, 33.910, 47.461
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: DNA鎖 non-template DNA


分子量: 3029.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 template DNA


分子量: 3061.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-5N0 / 3-({3-[(3-{[4-({4-[(4-{[4-({(2R)-2-amino-4-[(1-methyl-4-{[1-methyl-4-({1-methyl-4-[(1-methyl-1H-imidazole-2-carbonyl)amino]-1H-imidazole-2-carbonyl}amino)-1H-pyrrole-2-carbonyl]amino}-1H-pyrrole-2-carbonyl)amino]butanoyl}amino)-1-methyl-1H-imidazole-2-carbonyl]amino}-1-methyl-1H-pyrrole-2-carbonyl)amino]-1-methyl-1H-pyrrole-2-carbonyl}amino)-1-methyl-1H-pyrrole-2-carbonyl]amino}propyl)(methyl)amino]propyl}carbamoyl)benzoic acid


分子量: 1358.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C64H75N23O12 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10 mM Tris pH 7.5, 24% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD) and 35 mM calcium acetate, with 35% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→47.46 Å / Num. obs: 7383 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 47.46 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 65231 / Scaling rejects: 9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.65-1.689.12.02336283980.4850.7042.1440.9100
8.89-47.469.20.027486530.9990.010.0284399.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ideal duplex

解像度: 1.8→29.367 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 45.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2283 307 5.44 %
Rwork0.2034 5341 -
obs0.2052 5648 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 141.98 Å2 / Biso mean: 63.3494 Å2 / Biso min: 40.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→29.367 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 404 103 17 524
Biso mean--73.5 62 -
残基数----20
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.8002-2.26790.36631280.31572700
2.2679-29.3670.21931790.192641
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3854-1.51180.41419.1187-0.15333.5125-0.6058-0.41330.34561.10270.76070.511-0.1371-0.1401-0.12890.48030.25380.00020.53710.0240.49868.2229-0.8825-0.6345
24.8489-0.0444-0.11632.4323-0.47892.7378-0.1351-0.0258-0.1285-0.16230.0528-0.0555-0.15740.08280.08350.66320.12190.04910.3474-0.01270.38219.2038-1.9811-1.0945
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 10 )A1 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 1 through 10 )B1 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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