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- PDB-7rf9: O2-, PLP-dependent desaturase Plu4 intermediate-bound enzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rf9
タイトルO2-, PLP-dependent desaturase Plu4 intermediate-bound enzyme
要素Aminotran_1_2 domain-containing protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / arginine desaturase / oxygen- and PLP-dependent oxidase / Fold Type I / biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANOL / Chem-EJ1 / Aminotransferase class I/classII domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudoalteromonas luteoviolacea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.926 Å
データ登録者Hoffarth, E.R. / Ryan, K.S.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2016-03778 カナダ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / : 2021
タイトル: A shared mechanistic pathway for pyridoxal phosphate-dependent arginine oxidases.
著者: Hoffarth, E.R. / Caddell Haatveit, K. / Kuatsjah, E. / MacNeil, G.A. / Saroya, S. / Walsby, C.J. / Eltis, L.D. / Houk, K.N. / Garcia-Borras, M. / Ryan, K.S.
履歴
登録2021年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminotran_1_2 domain-containing protein
B: Aminotran_1_2 domain-containing protein
C: Aminotran_1_2 domain-containing protein
D: Aminotran_1_2 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,91739
ポリマ-178,5574
非ポリマー4,36035
20,3571130
1
A: Aminotran_1_2 domain-containing protein
B: Aminotran_1_2 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,54120
ポリマ-89,2782
非ポリマー2,26218
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area26530 Å2
手法PISA
2
C: Aminotran_1_2 domain-containing protein
D: Aminotran_1_2 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,37619
ポリマ-89,2782
非ポリマー2,09817
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area25760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.922, 70.279, 138.568
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.110, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Aminotran_1_2 domain-containing protein


分子量: 44639.168 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudoalteromonas luteoviolacea (バクテリア)
遺伝子: JF50_03865 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0C1MLE8

-
非ポリマー , 7種, 1165分子

#2: 化合物
ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-EJ1 / (2E)-5-carbamimidamido-2-{[(Z)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4(1H)-ylidene}methyl]imino}pentanoic acid


分子量: 403.328 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C14H22N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-AE3 / 2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANOL / APV


分子量: 134.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C6H14O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1130 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris:HCl; 27% PEG 3350; 0.2 M ammonium acetate; microseeded from crystals grown at pH 6.0; soaked with 2 mM PLP and 3 mM L-arginine for 8 min
Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.926→39.16 Å / Num. obs: 106646 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.192 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.199 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.93-1.9612.32.2115893148010.8520.6462.3071.990.7
10.55-39.1614.10.09699437060.9960.0260.0992998.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.1データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6C3D
解像度: 1.926→38.328 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1943 5353 5.02 %
Rwork0.1509 101185 -
obs0.1532 106538 98.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.75 Å2 / Biso mean: 30.4988 Å2 / Biso min: 12.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.926→38.328 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11975 0 289 1130 13394
Biso mean--41.17 39.35 -
残基数----1513
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9263-1.94820.33061420.2704291986
1.9482-1.97110.27971690.22543412100
1.9711-1.99520.26431670.2125334799
1.9952-2.02040.26881650.2095338599
2.0204-2.0470.27281750.1994333399
2.047-2.07510.25181720.1909332197
2.0751-2.10470.23591850.17873377100
2.1047-2.13610.24071920.16923407100
2.1361-2.16950.22561850.17373330100
2.1695-2.20510.24211720.16723438100
2.2051-2.24310.24461560.16813412100
2.2431-2.28390.22441900.1707338199
2.2839-2.32780.23471700.16023344100
2.3278-2.37530.20731650.1585341799
2.3753-2.42690.21841880.159340599
2.4269-2.48340.23651700.1569331598
2.4834-2.54550.23091620.1574336598
2.5455-2.61430.21262100.15213365100
2.6143-2.69120.20322050.14193414100
2.6912-2.7780.2071810.1426339999
2.778-2.87730.20432000.14833358100
2.8773-2.99240.20951820.15153381100
2.9924-3.12860.19371720.1467341899
3.1286-3.29340.19811770.1477333798
3.2934-3.49960.17311750.13813416100
3.4996-3.76960.16871720.1283440100
3.7696-4.14860.12982100.11483411100
4.1486-4.74790.14681720.1173339898
4.7479-5.97820.16391770.1491345399
5.9782-38.3280.17921950.1607348798
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3559-0.75210.32474.52071.74852.2721-0.0042-0.22860.09030.2686-0.1410.0739-0.0449-0.02970.0060.2323-0.0089-0.0180.1981-0.01220.163427.414939.4962100.8092
20.8131-0.1665-00.9890.17870.94-0.05070.10450.1324-0.0547-0.02990.1208-0.2983-0.1063-0.03230.33670.0393-0.02670.20090.03430.250920.218450.331677.7068
31.45070.22240.22161.7619-0.161.06580.01610.11-0.1344-0.0824-0.0491-0.30430.08410.1913-0.00770.17770.02520.01340.1580.01450.191938.60528.185481.9811
42.0256-0.7163-0.91984.64091.3682.79740.11760.20190.0925-0.2328-0.0702-0.5005-0.20380.255-0.13340.19240.00780.02020.25870.05110.220344.404235.53678.341
52.7778-1.8459-1.40973.07681.92412.28520.01210.15390.0804-0.0979-0.0671-0.0711-0.07540.0622-0.13110.16320.0119-0.00770.15030.02490.153632.720938.314478.5332
60.6519-0.02530.41320.93490.49261.5676-0.0546-0.05980.0610.1942-0.0008-0.1269-0.03610.11440.02470.2309-0.0062-0.02050.15630.02570.180635.411738.800295.5925
75.0646-3.14922.98396.6011-3.94525.4513-0.0979-0.603-0.30050.8990.14340.0572-0.00350.1746-0.37050.5387-0.0111-0.01540.32750.02310.259236.475743.3262115.4844
81.539-0.97280.25995.4686-0.70341.16-0.09170.09770.1362-0.27550.1099-0.1129-0.0316-0.17960.1170.24870.0013-0.08080.3303-0.02760.21778.15335.958470.255
91.1670.87110.30042.00810.16611.54950.01580.08820.11450.0273-0.07040.1296-0.2509-0.2625-0.03740.24870.04820.02780.2282-0.03330.23288.712643.962296.6025
101.20990.051-0.03481.29440.60291.45450.0109-0.0293-0.16750.1562-0.03230.01430.2201-0.071-0.05130.2217-0.03040.00430.1729-0.01550.214612.400820.47187.6663
112.0468-0.88510.52241.4673-0.6070.5280.0364-0.0221-0.4196-0.12920.0390.35420.3223-0.3409-0.02560.2671-0.07890.02780.2856-0.04790.3154-0.000612.591383.0133
121.69650.72770.08545.4342-1.02722.49380.0222-0.1542-0.22120.5719-0.05610.32790.2521-0.5275-0.10440.2562-0.06150.05480.2586-0.05230.2445-1.481818.220590.805
131.33720.15240.41354.7301-0.43780.82020.0947-0.0538-0.05520.0789-0.20370.17650.1389-0.1564-0.11720.1752-0.01380.02680.207-0.04660.16995.775327.405792.2642
141.9658-1.29010.45552.90780.07961.012-0.0028-0.09710.03110.1366-0.05490.0994-0.0429-0.149-0.06450.1959-0.00130.02390.1673-0.02150.110712.607933.506594.5732
151.636-0.6728-0.26350.84461.51815.3887-0.1318-0.05680.2578-0.199-0.32790.3954-0.6607-1.25930.03110.26040.1068-0.02580.4715-0.07620.3828-8.999238.16676.0447
161.55760.119-0.06691.7592-0.15822.25810.02410.3252-0.1516-0.2926-0.15150.25430.0359-0.4927-0.06990.25230.0331-0.0740.4196-0.10860.2967-3.274527.148864.0326
171.7857-2.25110.96577.3304-2.76093.2152-0.02330.24110.0616-0.3103-0.1434-0.25940.0584-0.17980.11710.1934-0.0188-0.00720.2916-0.05360.2153.575324.683967.4507
181.72290.30530.79077.93354.04886.1502-0.16590.16460.1684-0.789-0.14710.2553-0.9968-0.67940.25860.3950.1098-0.09130.3820.01880.2905-3.702737.925258.7609
192.03730.30230.19823.3951-1.46342.279-0.02950.17580.0581-0.11980.0224-0.1199-0.02890.00480.01130.21090.0301-0.01850.17680.0120.158854.830173.9098105.9596
200.49140.2682-0.10530.1295-0.13920.76030.0426-0.17780.27830.1366-0.0361-0.024-0.21860.0765-0.0680.3499-0.0183-0.00430.238-0.04850.280864.355984.5451128.0748
211.79480.2277-0.4194.15170.54932.0348-0.0366-0.28820.11560.30890.0753-0.0555-0.08030.0223-0.01510.14640.0355-0.0250.1882-0.02020.13654.548667.6468131.3091
222.1812-0.8689-0.16821.25630.05941.0211-0.0073-0.1376-0.2972-0.00280.03840.2830.05-0.08540.04770.2093-0.017-0.0170.16470.00740.215440.63460.7799123.1157
232.12050.1145-0.12370.9262-0.38351.0639-0.0532-0.26270.02390.04530.07770.0928-0.0752-0.08110.04460.22790.0230.00220.1876-0.01940.165345.891371.5731129.2293
241.27830.16390.11192.0925-0.98890.6263-0.0952-0.14520.07390.32050.0589-0.0534-0.32130.02350.10710.2714-0.00110.00230.1889-0.04090.115760.674373.1701129.6707
250.82881.17080.77155.17253.24173.1442-0.1999-0.11020.11140.01980.1580.1955-0.6687-0.29650.27960.39770.06470.0120.21460.03740.309843.672186.3264109.7979
261.9145-0.09010.14191.90380.30152.3210.0680.2543-0.0591-0.2764-0.05790.26630.1076-0.24950.0520.2930.0164-0.07980.2040.00810.199639.488772.2146101.4505
271.39221.8245-1.04915.2222-2.51052.2571-0.04970.1165-0.0143-0.2702-0.0193-0.00470.1548-0.0871-0.00680.1820.0205-0.050.1583-0.00880.173443.512166.5117105.855
284.43073.13081.83787.51272.40383.7945-0.02850.57430.3245-0.559-0.04440.1709-0.1634-0.0044-0.08340.3580.0720.00140.29180.06120.192946.088780.272594.5982
290.87811.13590.91946.6433-0.71371.5453-0.0964-0.15870.17140.5480.1392-0.1013-0.2495-0.24550.10190.26140.0586-0.03280.2877-0.05170.233877.367870.2451133.437
300.9685-1.190.47562.02850.06450.9217-0.01070.11620.2952-0.17760.0072-0.2642-0.24510.19060.0730.2865-0.03460.03490.21020.02330.236173.674877.3172108.3996
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321.8173-0.14581.08990.6891-0.13061.6213-0.004-0.1258-0.2225-0.00550.04050.02050.0716-0.0971-0.03880.21140.01660.00230.17220.03910.205669.539548.8388124.9014
331.85530.66630.31961.31340.3740.2101-0.052-0.02-0.28190.04560.0723-0.12030.2040.16280.0390.27670.0458-0.00180.2190.01520.229282.398845.1394121.3807
341.6382-0.4207-0.22195.13191.19481.1984-0.01810.0944-0.0931-0.22650.0036-0.25540.06240.2056-0.02620.20250.034-0.00010.18420.0180.123483.511750.8256113.2681
351.7346-1.0185-0.09885.80471.36320.28910.0970.05540.08680.093-0.1493-0.12020.08210.0207-0.06620.19240.0025-0.00580.17380.0160.122976.334160.4742112.8589
362.40171.085-0.07422.5436-0.44410.7661-0.07420.11990.1214-0.2290.07280.0743-0.03510.09960.01130.1920.0058-0.00670.13310.01130.086969.564766.6747110.8325
374.22480.12992.95221.856-1.78656.5805-0.21250.20960.41420.22440.0184-0.2094-0.49080.63530.23730.2146-0.0037-0.04610.2589-0.01590.334393.465370.3943127.6405
381.15410.55910.17241.79350.641.89590.0478-0.34610.07210.4155-0.0294-0.21270.01960.12180.02330.32920.0289-0.07610.3249-0.01620.209985.610461.5925139.6103
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 36 )A5 - 36
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 37 through 70 )A37 - 70
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 71 through 166 )A71 - 166
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 167 through 199 )A167 - 199
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 200 through 234 )A200 - 234
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 235 through 360 )A235 - 360
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 361 through 385 )A361 - 385
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 3 through 36 )B3 - 36
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 37 through 70 )B37 - 70
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 71 through 125 )B71 - 125
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 126 through 166 )B126 - 166
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 167 through 199 )B167 - 199
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 200 through 234 )B200 - 234
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 235 through 270 )B235 - 270
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 271 through 291 )B271 - 291
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 292 through 331 )B292 - 331
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 332 through 360 )B332 - 360
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 361 through 383 )B361 - 383
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 5 through 36 )C5 - 36
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 37 through 70 )C37 - 70
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 71 through 100 )C71 - 100
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 101 through 166 )C101 - 166
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 167 through 234 )C167 - 234
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 235 through 270 )C235 - 270
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 271 through 291 )C271 - 291
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 292 through 331 )C292 - 331
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 332 through 360 )C332 - 360
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 361 through 380 )C361 - 380
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 6 through 36 )D6 - 36
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 37 through 69 )D37 - 69
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 70 through 100 )D70 - 100
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 101 through 125 )D101 - 125
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 126 through 166 )D126 - 166
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 167 through 199 )D167 - 199
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 200 through 234 )D200 - 234
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 235 through 270 )D235 - 270
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'D' and (resid 271 through 291 )D271 - 291
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'D' and (resid 292 through 380 )D292 - 380

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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