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万見
- PDB-7rex: PreQ1-1 (type-1) riboswitch in complex with tandem stacked metabolites -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rex
タイトルPreQ1-1 (type-1) riboswitch in complex with tandem stacked metabolites
要素RNA (34-MER)
キーワードRNA / PREQ1 / PREQ0 / QUEUOSINE / RIBOSOMAL BINDING SITE / APTAMER / METABOLITE / SHINE-DALGARNO SEQUENCE / H-TYPE PSEUDOKNOT / RIBOSWITCH / RNA FOLDING / GENE REGULATION / RNA-LIGAND INTERACTIONS
機能・相同性7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Carnobacterium antarcticum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Jenkins, J.L. / Schroeder, G.M. / Wedekind, J.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM63162-14 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: A small RNA that cooperatively senses two stacked metabolites in one pocket for gene control
著者: Schroeder, G.M. / Cavender, C.E. / Blau, M.E. / Jenkins, J.L. / Mathews, D.H. / Wedekind, J.E.
履歴
登録2021年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (34-MER)
B: RNA (34-MER)
C: RNA (34-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,72413
ポリマ－32,5523
非ポリマー1,17210
水181
1
A: RNA (34-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2826
ポリマ－10,8511
非ポリマー4315
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA (34-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2093
ポリマ－10,8511
非ポリマー3582
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: RNA (34-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2334
ポリマ－10,8511
非ポリマー3833
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.797, 57.797, 153.635
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 22 or (resid 27...
21(chain B and (resid 1 through 22 or (resid 27...
31(chain C and (resid 1 through 33 or resid 36 through 37))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 1 through 22 or (resid 27...A1 - 22
121(chain A and (resid 1 through 22 or (resid 27...A27
131(chain A and (resid 1 through 22 or (resid 27...A1 - 37
141(chain A and (resid 1 through 22 or (resid 27...A1 - 37
151(chain A and (resid 1 through 22 or (resid 27...A1 - 37
161(chain A and (resid 1 through 22 or (resid 27...A1 - 37
171(chain A and (resid 1 through 22 or (resid 27...A1 - 37
181(chain A and (resid 1 through 22 or (resid 27...A1 - 37
191(chain A and (resid 1 through 22 or (resid 27...A1 - 37
1101(chain A and (resid 1 through 22 or (resid 27...A1 - 37
1111(chain A and (resid 1 through 22 or (resid 27...A1 - 37
1121(chain A and (resid 1 through 22 or (resid 27...A1 - 37
1131(chain A and (resid 1 through 22 or (resid 27...A1 - 37
1141(chain A and (resid 1 through 22 or (resid 27...A1 - 37
1151(chain A and (resid 1 through 22 or (resid 27...A1 - 37
1161(chain A and (resid 1 through 22 or (resid 27...A1 - 37
1171(chain A and (resid 1 through 22 or (resid 27...A1 - 37
1181(chain A and (resid 1 through 22 or (resid 27...A1 - 37
1191(chain A and (resid 1 through 22 or (resid 27...A1 - 37
1201(chain A and (resid 1 through 22 or (resid 27...A1 - 37
211(chain B and (resid 1 through 22 or (resid 27...B1 - 22
221(chain B and (resid 1 through 22 or (resid 27...B27
231(chain B and (resid 1 through 22 or (resid 27...B1 - 33
241(chain B and (resid 1 through 22 or (resid 27...B1 - 33
251(chain B and (resid 1 through 22 or (resid 27...B1 - 33
261(chain B and (resid 1 through 22 or (resid 27...B1 - 33
271(chain B and (resid 1 through 22 or (resid 27...B1 - 33
281(chain B and (resid 1 through 22 or (resid 27...B1 - 33
291(chain B and (resid 1 through 22 or (resid 27...B1 - 33
2101(chain B and (resid 1 through 22 or (resid 27...B1 - 33
2111(chain B and (resid 1 through 22 or (resid 27...B1 - 33
2121(chain B and (resid 1 through 22 or (resid 27...B1 - 33
2131(chain B and (resid 1 through 22 or (resid 27...B1 - 33
2141(chain B and (resid 1 through 22 or (resid 27...B1 - 33
2151(chain B and (resid 1 through 22 or (resid 27...B1 - 33
2161(chain B and (resid 1 through 22 or (resid 27...B1 - 33
2171(chain B and (resid 1 through 22 or (resid 27...B1 - 33
2181(chain B and (resid 1 through 22 or (resid 27...B1 - 33
2191(chain B and (resid 1 through 22 or (resid 27...B1 - 33
311(chain C and (resid 1 through 33 or resid 36 through 37))C1 - 33
321(chain C and (resid 1 through 33 or resid 36 through 37))C36 - 37

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要素

#1: RNA鎖 RNA (34-MER)


分子量: 10850.541 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Carnobacterium antarcticum (バクテリア)
#2: 化合物
ChemComp-PRF / 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE / 2-アミノ-5-(アミノメチル)-7H-ピロロ[2,3-d]ピリミジン-4(3H)-オン


分子量: 179.179 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H9N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.08 M KCl, 0.012 M NaCl, 30% MPD, 0.04 M NaCacodylate pH 5.5, 0.002 M Hexamine Cobalt (III) Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月9日 / 詳細: Rh coated collimating mirrors, K-B focusing mirrors
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→35.8 Å / Num. obs: 17419 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1382 / CC1/2: 0.863 / Rpim(I) all: 0.677 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSMar 15, 2019データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.83位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FU2

3fu2


解像度: 2.6→35.8 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.77 / 位相誤差: 33.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 1722 9.89 %
Rwork0.2315 15696 -
obs0.2355 17418 98.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 230.12 Å2 / Biso mean: 91.1092 Å2 / Biso min: 14.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→35.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2042 136 1 2179
Biso mean--51.52 18.63 -
残基数----97
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A526X-RAY DIFFRACTION10.711TORSIONAL
12B526X-RAY DIFFRACTION10.711TORSIONAL
13C526X-RAY DIFFRACTION10.711TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.680.42831310.42461251138295
2.68-2.760.40951490.41421335148499
2.76-2.860.41811510.3831313146499
2.86-2.980.35451350.33641287142297
2.98-3.110.26291630.25051297146099
3.11-3.280.21511390.17541318145799
3.28-3.480.21521360.2011310144699
3.48-3.750.27671510.21231308145999
3.75-4.130.31391370.21771345148299
4.13-4.720.24651480.200812931441100
4.72-5.920.24771340.21211316145099
5.95-35.80.26061480.22241323147199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.12130.6571-1.80764.4909-0.47673.19310.09880.0455-0.20460.1332-0.0882-0.19850.27130.2320.03090.49090.1326-0.0550.47630.0380.258724.492623.475146.0867
28.03741.13284.92642.9325-0.87823.9674-0.04221.7673-0.6438-0.8601-0.0483-0.81620.26682.32570.07831.28540.3488-0.12881.6130.18290.605637.670517.02254.8086
32.00183.69381.98352.02462.18122.00760.36291.0753-2.6814-0.71920.5695-0.74391.64510.6358-0.89931.07170.15930.06060.61160.03620.798424.316112.491246.5726
47.89273.61872.49226.08877.69052.00350.1547-0.43910.319-0.0772-0.38111.15230.1487-1.1730.3640.41280.04220.00260.73170.16220.395214.262127.761443.204
58.00261.85447.9832.0136-6.84042.0081.0185-0.0397-0.49570.7612-0.8385-0.09670.99981.3837-0.31930.8906-0.1054-0.15640.60060.1380.423434.20621.449470.9121
64.4166-1.00252.07536.4768-1.08995.33260.2062-0.0673-0.21880.0925-0.09680.1079-0.40320.9346-0.18960.8645-0.1997-0.05590.5850.01890.295134.50419.583682.5808
76.3950.27120.58497.66661.18063.73460.03470.65480.0629-0.5212-0.38770.15790.28610.08280.28560.979-0.1732-0.09080.470.04830.276732.06111.369969.4656
86.18492.8691.98922.01362.39042.01010.4257-0.39481.40681.47530.59620.8569-2.91770.2494-0.98761.4814-0.11360.0270.56620.08630.642427.900827.390568.8015
92.0024-0.1011-5.16165.6053-1.3828.33521.0049-0.45610.41951.32470.05961.2433-0.4202-0.1084-0.80340.733-0.2396-0.13420.7023-0.13530.528722.809114.118876.9096
101.97290.0818-5.38812.00327.24512.0056-0.07060.9973-0.49940.6912-0.5203-0.28281.45620.18160.2541.5511-0.1225-0.38970.5578-0.01360.284534.52351.849677.5364
112.35680.63770.37421.7461-2.01072.00240.46840.0279-0.60480.11880.14080.19111.8894-0.1175-0.4111.4953-0.70950.26032.36190.42960.2427-1.156-3.014567.1443
126.27933.1231-3.97411.7843-1.49313.54860.24480.32550.9026-0.17190.43660.4222-1.2598-0.9774-0.72162.03690.84480.94871.72210.82751.74112.125212.336353.566
134.8376-1.5565-0.00293.9831-0.74750.92650.70730.81780.8288-0.21030.56010.6091-1.0594-1.3038-1.38630.83710.15840.27091.03240.19540.6196.94113.896562.7352
142.3553-1.6957-0.31521.88941.40222.119-0.31421.06130.1425-0.149-0.47070.70640.0038-1.29180.43721.11190.63890.52973.00290.65171.0644-6.75567.176667.0966
154.7306-4.9124.45492.0127-0.68656.24380.16580.19141.851.61090.77940.8841-2.9074-0.524-0.96151.64690.10750.70890.77250.23711.274911.028511.03159.8128
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 20 )A1 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 21 through 25 )A21 - 25
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 26 through 30 )A26 - 30
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 31 through 34 )A31 - 34
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 5 )B1 - 5
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 6 through 15 )B6 - 15
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 16 through 20 )B16 - 20
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 21 through 25 )B21 - 25
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 26 through 30 )B26 - 30
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 31 through 33 )B31 - 33
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1 through 5 )C1 - 5
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 6 through 10 )C6 - 10
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 11 through 20 )C11 - 20
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 21 through 29 )C21 - 29
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 30 through 34 )C30 - 34

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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