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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7re7 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | TCR mimic antibody (Fab fragment) in complex with AFP/HLA-A*02 | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / TCR mimic antibody (Fab fragment) / class I Major Histocompatibility Complex (HLA-A*02) / alpha fetoprotein peptide. | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationantigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC ...antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.547 Å | ||||||
Authors | Dasgupta, M. / Baker, B.M. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2022Title: Validation and promise of a TCR mimic antibody for cancer immunotherapy of hepatocellular carcinoma. Authors: Liu, C. / Liu, H. / Dasgupta, M. / Hellman, L.M. / Zhang, X. / Qu, K. / Xue, H. / Wang, Y. / Fan, F. / Chang, Q. / Yu, D. / Ge, L. / Zhang, Y. / Cui, Z. / Zhang, P. / Heller, B. / Zhang, H. ...Authors: Liu, C. / Liu, H. / Dasgupta, M. / Hellman, L.M. / Zhang, X. / Qu, K. / Xue, H. / Wang, Y. / Fan, F. / Chang, Q. / Yu, D. / Ge, L. / Zhang, Y. / Cui, Z. / Zhang, P. / Heller, B. / Zhang, H. / Shi, B. / Baker, B.M. / Liu, C. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7re7.cif.gz | 661 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7re7.ent.gz | 545.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7re7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7re7_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7re7_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
| Data in XML | 7re7_validation.xml.gz | 58.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 7re7_validation.cif.gz | 79.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/7re7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/7re7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7re8C ![]() 7re9C ![]() 5e00S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ADBE
| #3: Protein | Mass: 33950.453 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: HLA-A / Production host: ![]() #4: Protein | Mass: 11879.356 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 21-119 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / Production host: ![]() |
|---|
-Protein/peptide , 1 types, 2 molecules CF
| #5: Protein/peptide | Mass: 1205.444 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) |
|---|
-Antibody , 2 types, 4 molecules IHJL
| #1: Antibody | Mass: 24068.963 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: ![]() #2: Antibody | Mass: 22877.189 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 8 types, 178 molecules 














| #6: Chemical | | #7: Chemical | ChemComp-GOL / #8: Chemical | ChemComp-PG4 / #9: Chemical | ChemComp-P6G / | #10: Chemical | #11: Chemical | ChemComp-1PE / | #12: Chemical | ChemComp-FMT / | #13: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.25 Å3/Da / Density % sol: 62.14 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 296.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.2 Details: 18% v/v PEG 3350 and 0.2 M sodium formate solution, pH 7.2 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 25, 2019 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.54→50 Å / Num. obs: 81215 / % possible obs: 99.32 % / Redundancy: 12.4 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 19.9 |
| Reflection shell | Resolution: 2.54→2.58 Å / Num. unique obs: 3257 / CC1/2: 0.764 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Starting model: 5 / Resolution: 2.547→49.201 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 22.69 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 193.38 Å2 / Biso mean: 52.0187 Å2 / Biso min: 17.99 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.547→49.201 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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