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- PDB-7re7: TCR mimic antibody (Fab fragment) in complex with AFP/HLA-A*02 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7re7
タイトルTCR mimic antibody (Fab fragment) in complex with AFP/HLA-A*02
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
  • MHC class I antigen
  • PHE-MET-ASN-LYS-PHE-ILE-TYR-GLU-ILE
キーワードIMMUNE SYSTEM / TCR mimic antibody (Fab fragment) / class I Major Histocompatibility Complex (HLA-A*02) / alpha fetoprotein peptide.
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane ...antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / TRIETHYLENE GLYCOL / Beta-2-microglobulin / MHC class I antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.547 Å
データ登録者Dasgupta, M. / Baker, B.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Validation and promise of a TCR mimic antibody for cancer immunotherapy of hepatocellular carcinoma.
著者: Liu, C. / Liu, H. / Dasgupta, M. / Hellman, L.M. / Zhang, X. / Qu, K. / Xue, H. / Wang, Y. / Fan, F. / Chang, Q. / Yu, D. / Ge, L. / Zhang, Y. / Cui, Z. / Zhang, P. / Heller, B. / Zhang, H. / ...著者: Liu, C. / Liu, H. / Dasgupta, M. / Hellman, L.M. / Zhang, X. / Qu, K. / Xue, H. / Wang, Y. / Fan, F. / Chang, Q. / Yu, D. / Ge, L. / Zhang, Y. / Cui, Z. / Zhang, P. / Heller, B. / Zhang, H. / Shi, B. / Baker, B.M. / Liu, C.
履歴
登録2021年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: Fab heavy chain
J: Fab light chain
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
C: PHE-MET-ASN-LYS-PHE-ILE-TYR-GLU-ILE
F: PHE-MET-ASN-LYS-PHE-ILE-TYR-GLU-ILE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,96629
ポリマ－187,96310
非ポリマー3,00319
水2,864159
1
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: PHE-MET-ASN-LYS-PHE-ILE-TYR-GLU-ILE
ヘテロ分子

I: Fab heavy chain
J: Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,41115
ポリマ－93,9815
非ポリマー1,43010
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x+1/2,-y,z-1/21
2
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: PHE-MET-ASN-LYS-PHE-ILE-TYR-GLU-ILE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,55514
ポリマ－93,9815
非ポリマー1,5749
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.707, 200.912, 244.574
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#3: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 33950.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q861F7
#4: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#5: タンパク質・ペプチド PHE-MET-ASN-LYS-PHE-ILE-TYR-GLU-ILE


分子量: 1205.444 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
抗体 , 2種, 4分子 IHJL

#1: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 24068.963 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Fab light chain


分子量: 22877.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
非ポリマー , 8種, 178分子

#6: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#11: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#12: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.14 %
結晶化温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 18% v/v PEG 3350 and 0.2 M sodium formate solution, pH 7.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→50 Å / Num. obs: 81215 / % possible obs: 99.32 % / 冗長度: 12.4 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 2.54→2.58 Å / Num. unique obs: 3257 / CC1/2: 0.764

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 5 / 解像度: 2.547→49.201 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2196 7854 9.97 %
Rwork0.1797 70900 -
obs0.1837 78754 96.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 193.38 Å2 / Biso mean: 52.0187 Å2 / Biso min: 17.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.547→49.201 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12743 0 224 159 13126
Biso mean--73.48 38.02 -
残基数----1619
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.547-2.57590.3541970.2819181575
2.5759-2.60620.29862400.2424217489
2.6062-2.6380.29572370.2332218291
2.638-2.67140.2982380.2199217391
2.6714-2.70660.28342390.2193224593
2.7066-2.74360.2862570.2449230194
2.7436-2.78280.31172560.2378231095
2.7828-2.82440.28022490.2298224395
2.8244-2.86850.29012600.2205232395
2.8685-2.91550.25882630.2123236396
2.9155-2.96580.27542550.2111228296
2.9658-3.01970.26942600.2188234897
3.0197-3.07780.26662630.2261238997
3.0778-3.14060.25922650.2192238298
3.1406-3.20890.27332610.2257234298
3.2089-3.28350.27942650.2268242198
3.2835-3.36560.28412690.2153239899
3.3656-3.45660.23432690.1955241099
3.4566-3.55830.22142700.1903246099
3.5583-3.67310.19452660.1782389100
3.6731-3.80430.2052750.16972467100
3.8043-3.95660.20392690.16162408100
3.9566-4.13650.20412760.14942484100
4.1365-4.35450.17942690.13582417100
4.3545-4.62710.15832750.12832482100
4.6271-4.98410.15162770.133248399
4.9841-5.48510.17072760.13832477100
5.4851-6.27740.19462800.15842533100
6.2774-7.90350.21922810.1722529100
7.9035-49.2010.16012970.152267099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7405-1.26961.37783.13470.05284.73320.24580.08090.1156-0.5388-0.15410.0747-0.42720.0551-0.08460.33170.05270.06350.4061-0.11170.3445-11.023414.647430.2692
20.78620.3661.50775.11542.083.37890.11690.130.0337-0.6911-0.2512-0.3083-1.2487-0.4371-0.06670.88190.1236-0.04920.3794-0.00730.4635-14.66269.4515-10.5628
30.5605-0.581-1.24565.86583.15054.548-0.17-0.0811-0.0375-0.1006-0.36660.5223-1.2118-0.90340.50110.64230.2017-0.1040.5012-0.02660.4162-19.57885.6077-7.857
44.80990.75642.92351.31352.87886.6763-0.05720.0702-0.03870.15390.2553-0.0115-2.07830.5428-0.2251.1103-0.02520.11070.9205-0.15270.452-13.17758.7668-26.1227
51.0196-0.0849-0.32811.22880.87623.04550.19360.2924-0.1011-0.2826-0.0147-0.1340.14810.2574-0.19030.41990.1293-0.00290.4723-0.1580.37215.0456-2.299326.1435
60.80620.2581.01360.65890.75986.1954-0.1150.22920.1316-0.43170.22890.0293-0.45960.6778-0.09720.5497-0.01340.04370.4377-0.10010.427-1.28486.36413.8599
72.7989-1.3499-0.21445.3118-1.24034.57790.1639-0.14460.61480.06230.0191-0.07-1.06050.5675-0.22030.7821-0.0844-0.01510.3596-0.10860.5293-3.19518.2595-2.4321
82.29170.4298-0.21970.9033-0.90290.96750.1610.57980.8596-1.33170.0991-0.4679-0.64070.5879-0.10981.5115-0.32290.19540.73460.11210.79760.692616.2269-14.2324
99.3567-2.36431.97479.7463-7.02958.7422-0.40390.34110.4638-1.014-0.6358-0.71640.06282.01950.540.9048-0.04430.12220.6853-0.03630.46573.73286.3744-12.6834
100.73650.3094-0.49820.90461.39634.51670.0343-0.23970.1356-0.0674-0.24130.1839-0.3418-0.44490.18850.34690.0717-0.03820.3741-0.05040.3263-21.1282-18.949417.1158
113.40551.2503-4.89632.41010.32849.37-1.0258-4.228-2.25313.1820.8268-0.59692.17671.14530.41091.9401-0.1443-0.24961.49790.49740.699-8.5141-27.604667.0883
124.71870.99120.64884.38811.02385.15530.2584-0.3404-0.56120.7007-0.0801-0.21160.573-0.2999-0.18810.4594-0.0775-0.05020.546-0.04640.3507-14.3643-16.603850.8693
130.71520.2738-0.3091.47750.54783.30580.0972-0.3089-0.17820.5365-0.0679-0.15610.3010.0362-0.01530.4575-0.0035-0.0320.2620.0180.2723-9.2386-37.201322.1403
147.2967-1.7093-0.85066.2299-0.53043.95480.5045-0.4497-1.19980.6307-0.09340.63021.5338-0.6709-0.26751.2025-0.3611-0.10260.70910.06840.6936-21.3669-32.164553.3084
151.71610.92540.22072.0572-0.15261.9399-0.0174-0.0227-0.1370.0819-0.0459-0.22780.06920.14580.08430.26790.05490.010.2710.0090.2345-11.587-35.9513-11.3619
161.02150.3988-0.8841.7342-1.32212.63870.0710.11690.10290.0885-0.01050.1497-0.1502-0.1121-0.08650.21320.0558-0.03390.2278-0.03980.2436-22.1272-26.3118-14.6905
172.87270.24971.62321.62411.10398.45620.18780.2911-0.321-0.4565-0.02430.18260.41070.0381-0.0570.4130.1086-0.04850.35440.07340.3797-11.6622-31.374-48.0135
183.2314-2.10862.38095.9433-6.57377.272-0.0417-0.27330.2776-0.528-0.2412-0.5598-0.1734-0.33910.24921.6631-0.0577-0.23440.64830.35671.2489-2.6913-29.5108-60.803
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206.238-6.2469-6.85436.25576.86817.53120.5219-0.07161.4706-1.1318-0.1501-1.8242-0.62491.8589-0.94990.44010.09520.23630.64220.12930.64727.3803-34.7582-40.559
212.51280.4864-2.45491.92670.69753.9573-0.1455-0.04190.15480.21260.1221-0.30620.73570.40450.04230.41030.1596-0.00290.40540.03750.2447-4.0888-45.1479-29.1756
222.4648-2.0054-3.42133.76672.44325.1064-0.016-0.03780.12590.31750.0929-0.46140.42560.516-0.10250.39380.1053-0.04760.35110.04920.2805-4.6807-43.3482-25.3111
237.4742-0.6491-5.15463.85280.3335.785-0.19960.15410.1359-0.1872-0.0082-0.81210.57310.78850.1430.3920.2301-0.00360.5690.10550.37433.0317-42.7261-33.8114
247.45163.7982-4.99284.8719-1.57044.3246-0.37050.0756-0.2934-0.1580.0821-0.26790.86110.15290.28050.48180.20490.01090.36970.04530.2944-4.6952-50.1229-36.1113
251.5510.1840.60440.9671-0.14021.61890.00740.03930.0153-0.03390.11950.22090.068-0.1477-0.06130.19380.0017-0.02160.46710.16370.369818.233-6.9704-66.5881
261.05270.2601-0.05520.79740.2053.1288-0.00260.11470.0477-0.09250.13470.07960.24020.1005-0.13540.20010.0722-0.07010.32190.17620.395722.0878-15.2959-59.1746
273.29950.0948-1.46062.6423-1.33856.263-0.0221-0.13070.0350.20980.12730.11180.4947-0.0441-0.12410.23010.0476-0.03230.30490.05140.338118.9025-9.6924-31.5723
282.34262.07031.99451.97011.59871.89050.42510.37150.49281.50590.49530.9272-0.8305-0.3113-0.86521.01890.1297-0.3780.87050.10381.093218.0718-0.9119-16.001
293.790.28060.36585.98090.83812.8155-0.1949-0.15540.30990.25150.4795-0.0018-0.2233-0.192-0.23520.18330.11930.04450.49940.19050.442810.67630.9037-45.2343
301.6090.62430.85583.28581.87723.4032-0.15480.03380.37810.23250.21460.3084-0.4106-0.464-0.01880.29320.1380.0570.55140.27270.58068.22444.0652-50.3621
312.28320.99261.4051.42390.58790.9660.0037-0.31890.23940.44190.24280.3051-0.1643-0.71420.32840.25520.18820.12580.79350.20450.64511.67371.7497-43.6227
327.96782.8868-3.13593.9068-3.11133.74430.07930.1774-0.35690.0061-0.0440.0520.1691-0.1863-0.0260.35040.032-0.06860.1471-0.04940.2429-19.2828-30.7795-4.477
333.49112.0288-0.93435.52260.21660.37750.2956-0.1619-0.18760.1894-0.06790.46710.63720.046-0.34740.2850.083-0.11120.40470.17580.348321.4136-13.1402-74.8294
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'I' and (resid 1 through 115 )I1 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'I' and (resid 116 through 149 )I116 - 149
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'I' and (resid 150 through 217 )I150 - 217
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'I' and (resid 218 through 218 )I218
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'J' and (resid 2 through 86 )J2 - 86
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'J' and (resid 87 through 154 )J87 - 154
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'J' and (resid 155 through 184 )J155 - 184
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'J' and (resid 185 through 201 )J185 - 201
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'J' and (resid 202 through 212 )J202 - 212
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 1 through 128 )H1 - 128
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 129 through 139 )H129 - 139
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 140 through 217 )H140 - 217
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 2 through 125 )L2 - 125
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resid 126 through 212 )L126 - 212
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 1 through 103 )A1 - 103
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 104 through 185 )A104 - 185
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 186 through 275 )A186 - 275
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 276 through 276 )A276
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 1 through 12 )B1 - 12
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 13 through 20 )B13 - 20
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 21 through 42 )B21 - 42
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 43 through 62 )B43 - 62
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 63 through 78 )B63 - 78
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'B' and (resid 79 through 100 )B79 - 100
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 1 through 118 )D1 - 118
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 119 through 197 )D119 - 197
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 198 through 275 )D198 - 275
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 276 through 277 )D276 - 277
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 1 through 31 )E1 - 31
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 32 through 78 )E32 - 78
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 79 through 100 )E79 - 100
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'C' and (resid 1 through 9 )C1 - 9
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 1 through 9 )F1 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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