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- PDB-7re9: TCR mimic antibody (Fab fragment) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7re9
タイトルTCR mimic antibody (Fab fragment)
要素
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / TCR mimic antibody (Fab fragment)
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Dasgupta, M. / Baker, B.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Validation and promise of a TCR mimic antibody for cancer immunotherapy of hepatocellular carcinoma.
著者: Liu, C. / Liu, H. / Dasgupta, M. / Hellman, L.M. / Zhang, X. / Qu, K. / Xue, H. / Wang, Y. / Fan, F. / Chang, Q. / Yu, D. / Ge, L. / Zhang, Y. / Cui, Z. / Zhang, P. / Heller, B. / Zhang, H. / ...著者: Liu, C. / Liu, H. / Dasgupta, M. / Hellman, L.M. / Zhang, X. / Qu, K. / Xue, H. / Wang, Y. / Fan, F. / Chang, Q. / Yu, D. / Ge, L. / Zhang, Y. / Cui, Z. / Zhang, P. / Heller, B. / Zhang, H. / Shi, B. / Baker, B.M. / Liu, C.
履歴
登録2021年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
A: Fab heavy chain
B: Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,1056
ポリマ－93,8924
非ポリマー2122
水97354
1
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1584
ポリマ－46,9462
非ポリマー2122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18960 Å2
手法PISA
2
A: Fab heavy chain
B: Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9462
ポリマ－46,9462
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.325, 40.348, 161.807
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.150, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 131 or resid 139 through 217))
21(chain H and (resid 2 through 131 or resid 139 through 217))
12(chain B and resid 3 through 212)
22(chain L and resid 3 through 212)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111VALVALSERSER(chain A and (resid 2 through 131 or resid 139 through 217))AC2 - 1312 - 131
121THRTHRPROPRO(chain A and (resid 2 through 131 or resid 139 through 217))AC139 - 217139 - 217
211VALVALSERSER(chain H and (resid 2 through 131 or resid 139 through 217))HA2 - 1312 - 131
221THRTHRPROPRO(chain H and (resid 2 through 131 or resid 139 through 217))HA139 - 217139 - 217
112VALVALPROPRO(chain B and resid 3 through 212)BD3 - 2123 - 212
212VALVALPROPRO(chain L and resid 3 through 212)LB3 - 2123 - 212

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 24068.963 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Fab light chain


分子量: 22877.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.43 %
結晶化温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15% w/v Polyethylene glycol 6,000 and 5.00 % w/v Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.77→66.35 Å / Num. obs: 21759 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.967 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.77→2.82 Å / Num. unique obs: 1118 / CC1/2: 0.516

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIXモデル構築
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4M6M, 6PZH

4m6m

6pzh


解像度: 2.77→66.33 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2674 2147 9.99 %
Rwork0.2231 19336 -
obs0.2275 21483 97.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 87.25 Å2 / Biso mean: 33.3405 Å2 / Biso min: 0.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.77→66.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6309 0 14 54 6377
Biso mean--46.75 11.79 -
残基数----840
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1849X-RAY DIFFRACTION9.685TORSIONAL
12H1849X-RAY DIFFRACTION9.685TORSIONAL
21B1881X-RAY DIFFRACTION9.685TORSIONAL
22L1881X-RAY DIFFRACTION9.685TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.77-2.830.42281440.31291278142297
2.83-2.910.37141360.29461250138695
2.91-2.980.33171380.28781222136097
2.98-3.070.31341420.2861286142896
3.07-3.170.32081380.26361256139498
3.17-3.280.31041410.26641260140197
3.28-3.420.33621430.26341276141998
3.42-3.570.25661380.22811268140697
3.57-3.760.29461460.22381308145499
3.76-3.990.25121440.19211297144199
4-4.30.20781470.187313211468100
4.3-4.740.16881450.15581298144399
4.74-5.420.18451450.1581314145999
5.42-6.830.26121470.21111322146997
6.83-66.330.27241530.22231380153398
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.865-1.3844-1.14993.58521.04642.57050.02280.64270.4793-0.6325-0.58170.4173-0.7057-0.6443-0.6230.24040.0735-0.05080.1449-0.0730.31010.43815.08857.5875
22.44490.8217-0.76752.39290.09682.39240.0836-0.1545-0.0075-0.0656-0.04490.04440.26950.0367-0.03670.199-0.0161-0.03340.1891-0.0360.182818.869-5.618247.7261
36.2651.38180.37951.2702-0.54671.45840.2213-0.5191-1.39320.3476-0.1891-0.76110.4914-0.3612-0.11620.3635-0.11190.02240.245-0.02750.274620.8382-14.302853.0834
41.6268-1.40390.12831.5841-0.40631.32140.1279-0.1190.0608-0.0627-0.02210.0010.0038-0.0043-0.03440.2292-0.0236-0.00740.2005-0.02110.216851.5094-5.797546.8441
53.2578-0.21722.03012.534-1.11492.72330.039-0.17840.10470.0434-0.05810.19720.4809-0.26260.0760.2531-0.10220.01130.3333-0.0350.225923.0884-15.46369.0355
63.20691.4718-1.57062.7334-2.24612.714-0.0001-0.04070.14330.2226-0.02790.0799-0.25540.0670.05230.2537-0.0463-0.0010.2568-0.00850.180358.1145-2.053362.0681
72.2951-1.59620.66171.1154-0.48170.5064-0.00410.0037-0.0088-0.03880.16330.41810.36350.58540.12770.37270.07790.04280.1359-0.02810.306833.0838-11.037732.1222
80.30280.38970.02072.03030.26771.5679-0.1324-0.0089-0.17760.41830.11680.0447-0.14050.12890.03590.27260.00820.01980.12690.04660.282439.772-13.408328.1439
92.83311.15180.95251.2051-1.51245.48960.12430.5118-0.7166-0.2937-0.234-0.33350.18060.7842-0.34350.2936-0.0267-0.06840.2229-0.0590.273148.4518-16.246524.6009
101.99330.0334-0.40494.749-1.02914.46610.31930.3750.0956-0.61610.1711-0.57160.02260.86280.71550.1778-0.0744-0.11310.2060.1420.175147.3502-11.384628.5905
111.44320.51960.18692.6899-0.50771.76520.08780.328-0.1424-0.2061-0.1795-0.1592-0.08480.17680.09090.15950.0097-0.00280.143-0.02450.243138.6714-11.853625.5765
120.6248-0.5042-1.81862.70641.39445.50380.3033-0.34040.79380.198-0.77210.44740.1126-1.3818-0.79540.4497-0.1489-0.0537-0.28870.09040.2411.87385.245326.6089
131.56640.4526-0.28141.19160.10991.9426-0.2599-0.0743-0.0044-0.50450.1167-0.07050.2804-0.3301-0.01370.22350.0188-0.04630.217-0.01370.37213.4208-1.007424.9919
142.7173-2.6661-0.03262.65670.2312.4979-1.0285-0.3301-0.7365-0.25960.08460.75640.2491-1.0461-0.18880.3593-0.1096-0.00490.5385-0.15520.3186-1.1048-6.304628.4261
152.13251.38381.01520.88250.70732.30070.3707-0.2361-0.62940.1091-0.0171-0.49050.3766-0.39010.37460.1395-0.0216-0.0090.2805-0.00120.324716.2931-0.632333.6057
164.05381.12070.31693.0712-0.58750.30240.4259-0.54760.54750.0136-0.50410.6126-0.25020.19510.05410.40540.10070.09930.4183-0.10730.29857.63571.7334.9635
172.08410.05470.70432.9251-0.14893.6918-0.15910.3761-0.0806-0.0980.1902-0.1092-0.14640.3842-0.07850.2509-0.06230.03330.2384-0.10850.281434.5036-23.87628.922
182.33440.1048-0.75721.0081-0.42060.9365-0.1312-0.28150.1280.07350.18460.2792-0.2468-0.0608-0.00540.49770.114-0.05430.2421-0.03580.35434.94041.654916.5478
192.84110.6877-0.24662.39221.07263.7854-0.0562-0.0790.17740.0550.1702-0.0631-0.04350.12510.01690.19360.0511-0.0420.25230.00910.268.49493.580211.688
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 192 through 212 )L192 - 212
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 2 through 91 )A2 - 91
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 92 through 110 )A92 - 110
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 111 through 217 )A111 - 217
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 3 through 109 )B3 - 109
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 110 through 213 )B110 - 213
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 2 through 12 )H2 - 12
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 13 through 44 )H13 - 44
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 45 through 60 )H45 - 60
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 61 through 77 )H61 - 77
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 78 through 115 )H78 - 115
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 116 through 139 )H116 - 139
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 140 through 181 )H140 - 181
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 182 through 198 )H182 - 198
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 199 through 207 )H199 - 207
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'H' and (resid 208 through 217 )H208 - 217
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'L' and (resid 3 through 109 )L3 - 109
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'L' and (resid 110 through 133 )L110 - 133
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'L' and (resid 134 through 191 )L134 - 191

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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