PDB-7rdm: Crystal structure of PCDN-38B, a broadly neutralizing anti-HIV an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rdm

タイトル

Crystal structure of PCDN-38B, a broadly neutralizing anti-HIV antibody

要素

(PCDN-38B Fab ...) x 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody / Broadly Neutralizing / HIV-1 / Cysteinylation

機能・相同性

CYSTEINE / PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Omorodion, O. / Wilson, I.A.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of Cysteinylation in Broadly Neutralizing Antibodies to HIV-1.
著者: Omorodion, O. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2021年7月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7rdm.ent.gz	156.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7rdm_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rdm_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7rdm_validation.xml.gz	21.3 KB	表示
CIF形式データ	7rdm_validation.cif.gz	30.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/7rdm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/7rdm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7rdjC 7rdkC 7rdlC 5bzdS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4jy4-d 5lba-1 7mf7-1 7dw1-d 5nju-d 6mts-d 7mfa-6 6axl-2 5lb3-1 1hfj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #149 - 2012年5月レプチン (Leptin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PCDN-38B Fab light chain

B: PCDN-38B Fab heavy chain

ヘテロ分子

51 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.696, 68.065, 77.937
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.646, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体	PCDN-38B Fab light chain 分子量: 23399.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	PCDN-38B Fab heavy chain 分子量: 25242.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c6-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 272分子

#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	ChemComp-CYS / CYSTEINE / システインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.08 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 1.6 M sodium dihydrogen phosphate, 0.4 M dipotassium hydrogen phosphate, 0.1 M phosphate-citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03309 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03309 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 36353 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 36.55 Å² / CC_1/2: 1 / R_sym value: 0.1 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 2.08→2.2 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 5694 / CC_1/2: 0.7 / R_sym value: 0.98 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5BZD

5bzd

解像度: 2.08→45.5 Å / SU ML: 0.2876 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.1525
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2191	1878	5.17 %
R_work	0.1908	34426	-
obs	0.1923	36304	99.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→45.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3415	0	150	259	3824

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0025	3690
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5781	5027
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0449	582
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0047	626
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.2059	1346

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.08-2.14	0.3397	138	0.3011	2503	X-RAY DIFFRACTION	94.46
2.14-2.2	0.343	152	0.2936	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.18
2.2-2.27	0.3315	156	0.2789	2623	X-RAY DIFFRACTION	99.11
2.27-2.35	0.3017	144	0.2594	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.25
2.35-2.44	0.2978	127	0.2513	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.54
2.44-2.56	0.2737	106	0.2279	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.46
2.56-2.69	0.2869	139	0.2275	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.54
2.69-2.86	0.2261	153	0.2161	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.32
2.86-3.08	0.2672	169	0.2081	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.08-3.39	0.2017	141	0.1821	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.39-3.88	0.1593	143	0.156	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.88-4.89	0.1748	135	0.1334	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.62
4.89-45.5	0.1836	175	0.1759	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.31

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.16465387167	-1.47222334899	2.40670722772	1.9694262156	-0.63555890846	6.28234735216	0.33465865034	-0.198470630546	-0.556124612027	0.121493389433	0.234325417578	0.262826252512	0.804211027908	-0.464202668962	-0.50417532573	0.335878367183	-0.117956084456	-0.0132669522195	0.365511196231	0.0690403564657	0.418999484294	6.724	-1.628	29.007
2	4.57769659196	-0.987318929496	0.887165699998	3.91303448133	1.12386674622	3.19739721832	0.105999093337	-0.376884924042	-0.0757603601946	0.276187904414	0.182995764791	0.396689421788	-0.0773447021467	-0.854980374999	-0.305731357505	0.420123250257	-0.0235627031648	0.0489622077525	0.582136721137	0.0277160721304	0.351544398449	4.968	7.127	34.546
3	0.0301948635871	0.179697348017	0.0726601026433	0.915451860678	-0.202832569736	3.27163593641	0.0592901294991	-0.113716506081	-0.0295527813882	0.119593863384	-0.0277257537897	0.0155062418334	0.0577074120045	-0.0810578033926	-0.0456271496994	0.304319861395	0.0155734250102	0.00708767223011	0.266484186991	-0.00266355222645	0.321868322953	13.088	8.416	15.478
4	5.63313843054	-1.89293573431	-3.7367871932	0.915200812036	0.628361202092	4.4409261367	-0.0424157419302	-0.159130775077	-0.183012125666	-0.118493722047	-0.0762992938687	0.093879626392	0.17295477103	0.15403206109	0.169839004905	0.341961147393	0.0171593468539	-0.00817120771347	0.279999950505	0.0120580694767	0.319904280725	19.952	3.558	-0.437
5	5.57723453401	0.0142344107739	-3.91675544129	1.19552893306	-0.357687573898	6.22427963947	-0.0559311648362	-0.0659216821482	-0.080164836978	-0.247538360212	0.00615010804945	-0.0918262719825	-0.0231282802448	0.3903557361	0.0724705347779	0.321083965917	0.0367043039877	0.000575523859647	0.200596780061	-0.017044464373	0.306205800598	19.955	7.279	-3.997
6	3.30699081859	-1.89783032872	0.39913132016	2.90788338454	0.315185024299	3.19805559705	-0.0165516077844	0.0574280800607	0.267426238765	0.229856218995	-0.12594191629	-0.156108568384	-0.347094523058	0.243710049998	0.142609360683	0.430684395963	-0.0531373022204	-0.0163806893776	0.420193418383	0.04339128777	0.322944031386	25.198	15.301	37.625
7	0.109700229402	-0.263969863745	-0.262832845374	0.335926803275	0.0149458350614	4.25507269109	-0.0239804856339	0.0379603910507	0.103695066292	0.11857388258	-0.0489879050962	-0.113213709779	-0.166184128478	0.200903417339	0.0529965713644	0.400347039966	-0.0335793924974	-0.0288011444896	0.451676880093	0.0188706514473	0.372405688227	24.744	13.387	38.761
8	2.89580824598	-0.21020874639	-4.18445491198	9.04744859643	0.802044854717	6.07267246094	0.0597844693408	1.23039866784	0.0032641634419	-0.966650569048	0.0618461374892	0.667363261254	-0.215332885865	-0.774355514914	-0.262704673817	0.367521801334	0.0121282787576	0.0129863200573	0.417716124328	0.00677716086231	0.302783311909	20.884	19.665	-5.651
9	2.10878104233	-0.285284143667	0.766420508216	3.01092621398	-1.50083735415	3.91478137684	0.00697076102443	0.0141238907012	0.043582903505	0.0720656231601	-0.116217399624	-0.152233225519	-0.264948640255	0.353727107159	0.142359215323	0.24930747829	-0.0509553767273	0.0324268924367	0.21023759078	-0.0229774153836	0.227901980417	24.072	20.494	5.994
10	2.00003751017	9.48767245804	-2.81258002818	1.99993181315	-5.40741470546	1.9999785297	-1.79354486321	0.415288796215	-0.236245015701	4.65719114756	2.35525062272	-1.98066039033	-0.734179077666	-1.56948798815	-0.469643283363	1.01734274638	-0.149944310559	0.0630668827331	1.03335732954	-0.349185301991	0.508982523276	9.327	15.236	40.127

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID -1:25 )	A	-1 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 26:75 )	A	26 - 75
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 76:128 )	A	76 - 128
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 129:163 )	A	129 - 163
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 164:214 )	A	164 - 214
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 1:59 )	B	1 - 59
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 60:119 )	B	60 - 119
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 120:134 )	B	120 - 134
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 135:216 )	B	135 - 216
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 306:306 )	B	306

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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