[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7rd3: Crystal structure of PfCSP peptide 21 with vaccine-elicited human... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7rd3 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of PfCSP peptide 21 with vaccine-elicited human anti-malaria antibody m42.126 | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / Malaria / CSP / Junction region / antibody / m42.126 | ||||||
Function / homology | Function and homology information entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.81 Å | ||||||
Authors | Xu, K. / Kwong, P.D. | ||||||
Citation | Journal: Immunity / Year: 2021 Title: Vaccination in a humanized mouse model elicits highly protective PfCSP-targeting anti-malarial antibodies. Authors: Kratochvil, S. / Shen, C.H. / Lin, Y.C. / Xu, K. / Nair, U. / Da Silva Pereira, L. / Tripathi, P. / Arnold, J. / Chuang, G.Y. / Melzi, E. / Schon, A. / Zhang, B. / Dillon, M. / Bonilla, B. / ...Authors: Kratochvil, S. / Shen, C.H. / Lin, Y.C. / Xu, K. / Nair, U. / Da Silva Pereira, L. / Tripathi, P. / Arnold, J. / Chuang, G.Y. / Melzi, E. / Schon, A. / Zhang, B. / Dillon, M. / Bonilla, B. / Flynn, B.J. / Kirsch, K.H. / Kisalu, N.K. / Kiyuka, P.K. / Liu, T. / Ou, L. / Pancera, M. / Rawi, R. / Reveiz, M. / Seignon, K. / Wang, L.T. / Waring, M.T. / Warner, J. / Yang, Y. / Francica, J.R. / Idris, A.H. / Seder, R.A. / Kwong, P.D. / Batista, F.D. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7rd3.cif.gz | 198.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7rd3.ent.gz | 153.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7rd3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7rd3_validation.pdf.gz | 462.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7rd3_full_validation.pdf.gz | 473.3 KB | Display | |
Data in XML | 7rd3_validation.xml.gz | 38.7 KB | Display | |
Data in CIF | 7rd3_validation.cif.gz | 56.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/7rd3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/7rd3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7lkbC 7lkgC 7rajC 7rcsC 7rd4C 7rd9C 7rdaC 6b5lS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Antibody | Mass: 27542.980 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 24140.742 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Homo sapiens (human) #3: Protein/peptide | Mass: 1562.553 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: peptide 21 (UNP residues 120-134) / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) References: UniProt: P02893 #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.04 Å3/Da / Density % sol: 39.61 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.5, 18% w/v PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 16, 2021 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.81→50 Å / Num. obs: 66229 / % possible obs: 86.3 % / Redundancy: 3 % / Biso Wilson estimate: 23.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 0.885 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 198861 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 6b5l Resolution: 1.81→44.38 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2.02 / Phase error: 29.38 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 79.52 Å2 / Biso mean: 34.4068 Å2 / Biso min: 10.82 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.81→44.38 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23
|