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- PDB-7lkb: Crystal structure of PfCSP peptide 21 with vaccine-elicited human... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lkb
タイトルCrystal structure of PfCSP peptide 21 with vaccine-elicited human anti-malaria antibody m42.127
要素
  • Circumsporozoite protein
  • m42.127 Fab heavy Chain
  • m42.127 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM/ANTIGEN / Malaria / CSP / Junction region / antibody / m42.127 / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-ANTIGEN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Plasmodium circumsporozoite protein / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Circumsporozoite protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Xu, K. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2021
タイトル: Vaccination in a humanized mouse model elicits highly protective PfCSP-targeting anti-malarial antibodies.
著者: Kratochvil, S. / Shen, C.H. / Lin, Y.C. / Xu, K. / Nair, U. / Da Silva Pereira, L. / Tripathi, P. / Arnold, J. / Chuang, G.Y. / Melzi, E. / Schon, A. / Zhang, B. / Dillon, M. / Bonilla, B. / ...著者: Kratochvil, S. / Shen, C.H. / Lin, Y.C. / Xu, K. / Nair, U. / Da Silva Pereira, L. / Tripathi, P. / Arnold, J. / Chuang, G.Y. / Melzi, E. / Schon, A. / Zhang, B. / Dillon, M. / Bonilla, B. / Flynn, B.J. / Kirsch, K.H. / Kisalu, N.K. / Kiyuka, P.K. / Liu, T. / Ou, L. / Pancera, M. / Rawi, R. / Reveiz, M. / Seignon, K. / Wang, L.T. / Waring, M.T. / Warner, J. / Yang, Y. / Francica, J.R. / Idris, A.H. / Seder, R.A. / Kwong, P.D. / Batista, F.D.
履歴
登録2021年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: m42.127 Fab heavy Chain
L: m42.127 Fab light chain
A: Circumsporozoite protein
B: m42.127 Fab heavy Chain
C: m42.127 Fab light chain
D: Circumsporozoite protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,2407
ポリマ－102,1446
非ポリマー961
水11,908661
1
H: m42.127 Fab heavy Chain
L: m42.127 Fab light chain
A: Circumsporozoite protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1684
ポリマ－51,0723
非ポリマー961
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5430 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area19840 Å2
手法PISA
2
B: m42.127 Fab heavy Chain
C: m42.127 Fab light chain
D: Circumsporozoite protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0723
ポリマ－51,0723
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5300 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.888, 58.182, 75.198
Angle α, β, γ (deg.)87.460, 77.520, 72.040
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体 m42.127 Fab heavy Chain


分子量: 24996.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 m42.127 Fab light chain


分子量: 24513.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド Circumsporozoite protein / CS


分子量: 1562.553 Da / 分子数: 2 / Fragment: Peptide 21 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: P02893
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 661 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.5, and 30% w/v polyethylene glycol 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 70885 / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 1.079 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 146677
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.832.10.31136050.8430.2830.4220.44890.3
1.83-1.862.10.27936070.860.2550.3790.47191.3
1.86-1.92.10.23736010.8910.2170.3220.50490.5
1.9-1.942.10.20835740.910.190.2830.58190.3
1.94-1.982.10.16635490.9460.1530.2260.62289.8
1.98-2.032.10.14535350.9590.1320.1960.69488.6
2.03-2.082.10.13534900.9630.1230.1830.77487.6
2.08-2.1320.11533660.9670.1060.1570.85185.3
2.13-2.220.10330840.9720.0950.1410.94378.1
2.2-2.272.10.09635940.9750.0870.131.07689.6
2.27-2.352.10.08436370.9820.0760.1141.1292.9
2.35-2.442.10.07536530.9850.0680.1021.21192
2.44-2.552.10.06636720.9870.060.091.31492.1
2.55-2.6920.05735970.990.0520.0781.41390.9
2.69-2.862.10.05235240.9910.0470.071.70188.6
2.86-3.0820.04133280.9950.0380.0561.77283.8
3.08-3.392.10.03134330.9960.0280.0421.70386.5
3.39-3.882.10.02737580.9970.0230.0361.75394.5
3.88-4.882.10.02136990.9980.0180.0281.37793.5
4.88-502.10.0235790.9980.0170.0261.29790.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIXdev_3936精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6B5M

6b5m


解像度: 1.8→36.7 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 22.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2172 3543 5 %
Rwork0.1814 67329 -
obs0.1832 70872 89.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 86.72 Å2 / Biso mean: 26.7531 Å2 / Biso min: 11.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→36.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6943 0 5 661 7609
Biso mean--30 34.29 -
残基数----912
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057113
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9069696
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.42980
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581102
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061246
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.830.30451220.25582601272385
1.83-1.850.27991350.24472708284391
1.85-1.880.28331350.23122808294391
1.88-1.910.27811480.22322715286391
1.91-1.940.26561420.20632734287690
1.94-1.980.26911460.19572687283389
1.98-2.010.21391100.20272732284289
2.01-2.050.24681470.20192659280688
2.05-2.090.25141560.20332625278188
2.09-2.140.23811310.20062569270085
2.14-2.190.19081230.19442387251079
2.19-2.240.25011190.18972549266884
2.24-2.30.23651280.19122844297293
2.3-2.370.20421730.19342762293593
2.37-2.450.24481600.20242761292192
2.45-2.540.21811680.20812768293692
2.54-2.640.2441490.19542753290292
2.64-2.760.23791350.2012763289890
2.76-2.90.23431320.19522664279688
2.9-3.080.25181380.18992475261383
3.08-3.320.23731340.18092555268984
3.32-3.660.21571690.16582855302495
3.66-4.180.16071560.15772835299194
4.18-5.270.17471310.13472777290892
5.27-36.70.18461560.16412743289991

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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