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- PDB-7r9d: Crystal structure of Nb_0 in complex with Fab_8D3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r9d
タイトルCrystal structure of Nb_0 in complex with Fab_8D3
要素
  • Fab 8D3 heavy chain
  • Fab 8D3 light chain
  • Nanobody N0
キーワードPROTEIN BINDING / scaffold / protein binder
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Wu, X.D. / Rapoport, T.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM052586 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure determination of small proteins by nanobody-binding scaffolds (Legobodies).
著者: Xudong Wu / Tom A Rapoport /
要旨: We describe a general method that allows structure determination of small proteins by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). The method is based on the availability of a target-binding ...We describe a general method that allows structure determination of small proteins by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). The method is based on the availability of a target-binding nanobody, which is then rigidly attached to two scaffolds: 1) a Fab fragment of an antibody directed against the nanobody and 2) a nanobody-binding protein A fragment fused to maltose binding protein and Fab-binding domains. The overall ensemble of ∼120 kDa, called Legobody, does not perturb the nanobody-target interaction, is easily recognizable in EM images due to its unique shape, and facilitates particle alignment in cryo-EM image processing. The utility of the method is demonstrated for the KDEL receptor, a 23-kDa membrane protein, resulting in a map at 3.2-Å overall resolution with density sufficient for de novo model building, and for the 22-kDa receptor-binding domain (RBD) of SARS-CoV-2 spike protein, resulting in a map at 3.6-Å resolution that allows analysis of the binding interface to the nanobody. The Legobody approach thus overcomes the current size limitations of cryo-EM analysis.
履歴
登録2021年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab 8D3 light chain
N: Nanobody N0
H: Fab 8D3 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5723
ポリマ－61,5723
非ポリマー00
水8,899494
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5600 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area24140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.510, 60.287, 77.244
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.340, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Fab 8D3 light chain


分子量: 24095.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Nanobody N0


分子量: 13153.450 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#3: 抗体 Fab 8D3 heavy chain


分子量: 24322.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 freesytle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.57 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Ammonium formate, 20-22 % w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→30 Å / Num. obs: 49251 / % possible obs: 99.35 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 16.46
反射 シェル解像度: 1.83→1.87 Å / Rmerge(I) obs: 0.55 / Num. unique obs: 3189

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
PHENIXv.1.12精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Fab with similar sequence

解像度: 1.83→28.45 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2106 1997 4.05 %
Rwork0.1796 47254 -
obs0.1808 49251 99.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 115.59 Å2 / Biso mean: 39.5196 Å2 / Biso min: 19.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.83→28.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4211 0 0 494 4705
Biso mean---40.42 -
残基数----554
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.83-1.870.29891350.26893189332494
1.87-1.920.27351440.241533943538100
1.92-1.980.2641400.218133363476100
1.98-2.040.27161420.20623380352299
2.04-2.120.24421410.1943325346699
2.12-2.20.23481420.18633350349299
2.2-2.30.20711440.186533983542100
2.3-2.420.2091430.185433883531100
2.42-2.580.23041430.189634173560100
2.58-2.770.23451440.1933783522100
2.77-3.050.22241420.193391353399
3.05-3.490.21371430.18113386352999
3.49-4.40.19191460.150434333579100
4.4-28.450.16691480.16183489363799
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -16.3594 Å / Origin y: 5.6634 Å / Origin z: -12.5449 Å
111213212223313233
T0.2005 Å2-0.0038 Å20.034 Å2-0.1765 Å20.0222 Å2--0.3239 Å2
L0.9059 °2-0.2672 °2-0.2995 °2-0.41 °20.2021 °2--0.636 °2
S-0.0285 Å °0.0366 Å °0.0443 Å °-0.0321 Å °0.0096 Å °-0.0439 Å °0.0634 Å °0.07 Å °0.0203 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allL1 - 218
2X-RAY DIFFRACTION1allN3 - 123
3X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 223
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 494

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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