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万見
- PDB-7r6w: SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain (RBD) in complex with S2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r6w
タイトルSARS-CoV-2 spike receptor-binding domain (RBD) in complex with S2X35 Fab and S309 Fab
要素
  • (Heavy Chain of Fab domain of monoclonal antibody ...) x 2
  • (Light Chain of Fab domain of monoclonal antibody ...) x 2
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / COVID-19 / SARS-CoV-2 / neutralizing monoclonal antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / viral translation / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion ...symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / viral translation / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-PROPANOL / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Snell, G. / Czudnochowski, N. / Hernandez, P. / Nix, J.C. / Croll, T.I. / Corti, D. / Cameroni, E. / Pinto, D. / Beltramello, M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: SARS-CoV-2 RBD antibodies that maximize breadth and resistance to escape.
著者: Tyler N Starr / Nadine Czudnochowski / Zhuoming Liu / Fabrizia Zatta / Young-Jun Park / Amin Addetia / Dora Pinto / Martina Beltramello / Patrick Hernandez / Allison J Greaney / Roberta Marzi ...著者: Tyler N Starr / Nadine Czudnochowski / Zhuoming Liu / Fabrizia Zatta / Young-Jun Park / Amin Addetia / Dora Pinto / Martina Beltramello / Patrick Hernandez / Allison J Greaney / Roberta Marzi / William G Glass / Ivy Zhang / Adam S Dingens / John E Bowen / M Alejandra Tortorici / Alexandra C Walls / Jason A Wojcechowskyj / Anna De Marco / Laura E Rosen / Jiayi Zhou / Martin Montiel-Ruiz / Hannah Kaiser / Josh R Dillen / Heather Tucker / Jessica Bassi / Chiara Silacci-Fregni / Michael P Housley / Julia di Iulio / Gloria Lombardo / Maria Agostini / Nicole Sprugasci / Katja Culap / Stefano Jaconi / Marcel Meury / Exequiel Dellota / Rana Abdelnabi / Shi-Yan Caroline Foo / Elisabetta Cameroni / Spencer Stumpf / Tristan I Croll / Jay C Nix / Colin Havenar-Daughton / Luca Piccoli / Fabio Benigni / Johan Neyts / Amalio Telenti / Florian A Lempp / Matteo S Pizzuto / John D Chodera / Christy M Hebner / Herbert W Virgin / Sean P J Whelan / David Veesler / Davide Corti / Jesse D Bloom / Gyorgy Snell /
要旨: An ideal therapeutic anti-SARS-CoV-2 antibody would resist viral escape, have activity against diverse sarbecoviruses, and be highly protective through viral neutralization and effector functions. ...An ideal therapeutic anti-SARS-CoV-2 antibody would resist viral escape, have activity against diverse sarbecoviruses, and be highly protective through viral neutralization and effector functions. Understanding how these properties relate to each other and vary across epitopes would aid the development of therapeutic antibodies and guide vaccine design. Here we comprehensively characterize escape, breadth and potency across a panel of SARS-CoV-2 antibodies targeting the receptor-binding domain (RBD). Despite a trade-off between in vitro neutralization potency and breadth of sarbecovirus binding, we identify neutralizing antibodies with exceptional sarbecovirus breadth and a corresponding resistance to SARS-CoV-2 escape. One of these antibodies, S2H97, binds with high affinity across all sarbecovirus clades to a cryptic epitope and prophylactically protects hamsters from viral challenge. Antibodies that target the angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) receptor-binding motif (RBM) typically have poor breadth and are readily escaped by mutations despite high neutralization potency. Nevertheless, we also characterize a potent RBM antibody (S2E12) with breadth across sarbecoviruses related to SARS-CoV-2 and a high barrier to viral escape. These data highlight principles underlying variation in escape, breadth and potency among antibodies that target the RBD, and identify epitopes and features to prioritize for therapeutic development against the current and potential future pandemics.
履歴
登録2021年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年9月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Light Chain of Fab domain of monoclonal antibody S309
A: Heavy Chain of Fab domain of monoclonal antibody S309
L: Light Chain of Fab domain of monoclonal antibody S2X35
H: Heavy Chain of Fab domain of monoclonal antibody S2X35
R: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,08237
ポリマ－119,9465
非ポリマー3,13732
水10,521584
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.267, 239.372, 129.806
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222

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要素

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抗体 , 4種, 4分子 BALH

#1: 抗体 Light Chain of Fab domain of monoclonal antibody S309


分子量: 23204.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 suspension / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Heavy Chain of Fab domain of monoclonal antibody S309


分子量: 24573.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 suspension / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Light Chain of Fab domain of monoclonal antibody S2X35


分子量: 22944.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 suspension / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Heavy Chain of Fab domain of monoclonal antibody S2X35


分子量: 24780.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 suspension / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 R

#5: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 24442.332 Da / 分子数: 1 / Fragment: receptor-binding domain (UNP reisdues 328-531) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 5種, 615分子

#7: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 化合物 ChemComp-POL / N-PROPANOL / 1-PROPONOL / プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 584 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.46 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.85 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.17, 0.8% w/v polyvinyl alcohol, 1% v/v 1-propanol, 0.01 M HEPES, pH 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→39.52 Å / Num. obs: 144449 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 16.2 / Num. measured all: 974144
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.83-1.8672.964946271100.3061.2023.1990.799.5
10.02-39.526.50.014633497010.0060.01582.598.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSVERSION Jan 31, 2020 BUILT=20200417データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 7JX3 and homology model of S2X35 Fab

7jx3


解像度: 1.83→38.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 7.623 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2316 7049 4.9 %RANDOM
Rwork0.2113 ---
obs0.2123 135667 98.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 122.22 Å2 / Biso mean: 37.283 Å2 / Biso min: 25.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.59 Å2-0 Å20 Å2
2---0.13 Å2-0 Å2
3----1.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.83→38.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8160 0 172 584 8916
Biso mean--75.47 42.94 -
残基数----1074
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0138516
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177659
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2591.65211617
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1541.57917714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3451068
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.75722.842366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.067151285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8471534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0460.21111
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.029627
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021924
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.877 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 443 -
Rwork0.372 9502 -
all-9945 -
obs--93.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4267-0.2568-0.14380.88021.20742.90010.0364-0.04390.0208-0.0592-0.006-0.0508-0.2120.0076-0.03040.0848-0.04930.00080.0364-0.00740.1158-73.69236.621104.627
20.4336-0.1926-0.28641.03761.38023.0517-0.0136-0.0913-0.01220.2122-0.10460.10220.2196-0.18370.11820.1197-0.04880.02790.0743-0.01710.1336-85.22622.185103.762
32.56760.163-0.08651.4570.03570.8809-0.02960.04190.085-0.0028-0.0130.1409-0.0004-0.06440.04270.12310.0213-0.01620.0092-0.00570.0193-69.55814.57957.798
40.46660.4567-0.39092.2757-0.97680.66380.00030.05670.0584-0.188-0.0078-0.12450.06430.04760.00750.0890.0579-0.01740.0845-0.00480.1049-55.91546.85826.599
50.56810.5733-0.30932.8873-1.60271.51060.05530.01220.09360.0739-0.00720.0815-0.09890.0235-0.04810.05810.0418-0.01070.0408-0.00670.1019-69.13854.9633.411
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B1 - 213
2X-RAY DIFFRACTION2A1 - 228
3X-RAY DIFFRACTION3R333 - 527
4X-RAY DIFFRACTION4L2 - 216
5X-RAY DIFFRACTION5H1 - 230

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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