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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6t3j | ||||||
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Title | Dual Epitope Targeting by Anti-DR5 Antibodies | ||||||
![]() |
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![]() | APOPTOSIS / DR5 / ANTIBODY | ||||||
Function / homology | ![]() TRAIL receptor activity / TRAIL binding / TRAIL signaling / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / defense response to tumor cell ...TRAIL receptor activity / TRAIL binding / TRAIL signaling / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / defense response to tumor cell / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / RIPK1-mediated regulated necrosis / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / response to endoplasmic reticulum stress / Cell surface interactions at the vascular wall / cellular response to mechanical stimulus / signaling receptor activity / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / cell surface / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tauchert, M.J. / Augustin, M. / Krapp, S. / Overdijk, M.B. / Breij, E.C.W. / Hibbert, R.G. | ||||||
![]() | ![]() Title: Dual Epitope Targeting and Enhanced Hexamerization by DR5 Antibodies as a Novel Approach to Induce Potent Antitumor Activity Through DR5 Agonism. Authors: Overdijk, M.B. / Strumane, K. / Beurskens, F.J. / Ortiz Buijsse, A. / Vermot-Desroches, C. / Vuillermoz, B.S. / Kroes, T. / de Jong, B. / Hoevenaars, N. / Hibbert, R.G. / Lingnau, A. / ...Authors: Overdijk, M.B. / Strumane, K. / Beurskens, F.J. / Ortiz Buijsse, A. / Vermot-Desroches, C. / Vuillermoz, B.S. / Kroes, T. / de Jong, B. / Hoevenaars, N. / Hibbert, R.G. / Lingnau, A. / Forssmann, U. / Schuurman, J. / Parren, P.W.H.I. / de Jong, R.N. / Breij, E.C.W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 655.3 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in CIF | ![]() | 88.2 KB | Display | |
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-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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Components
#1: Antibody | Mass: 25099.020 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: >#FRAGMENT#< / Mutation: G56T Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 23436.033 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Antibody | Mass: 25108.066 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #4: Antibody | Mass: 23385.734 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #5: Protein | Mass: 14663.296 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: TNFRSF10B, DR5, KILLER, TRAILR2, TRICK2, ZTNFR9, UNQ160/PRO186 Cell line (production host): HEK293F / Production host: ![]() Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.4 Å3/Da / Density % sol: 63.82 % |
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Crystal grow | Temperature: 281 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 Details: 10% (w/v) PEG 4000 200 mM ammonium sulphate 100 mM Sodium acetate pH 4.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 27, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00001 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.05→134.41 Å / Num. obs: 55388 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 3 % / Biso Wilson estimate: 79.206 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 1.057 / Net I/σ(I): 10.69 |
Reflection shell | Resolution: 3.05→3.3 Å / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / Num. unique obs: 11644 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.024 / % possible all: 99 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 691.7 Å2 / Biso mean: 134.398 Å2 / Biso min: 40.63 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.05→134.41 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 3.05→3.129 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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