PDB-7r65: Crystal structure of a bacterial cyclic UMP synthase from Burkhol...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r65

タイトル

Crystal structure of a bacterial cyclic UMP synthase from Burkholderia cepacia LK29

要素

Adenylate/guanylate cyclase

キーワード

TRANSFERASE / Cyclic nucleotide / nucleotidyltransferase / bacteriophage-defense / Pycsar

機能・相同性

機能・相同性情報

uridylate cyclase / cyclic nucleotide biosynthetic process / adenylate cyclase activity / defense response to virus / intracellular signal transduction / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia cepacia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Morehouse, B.R. / Kranzusch, P.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: Cyclic CMP and cyclic UMP mediate bacterial immunity against phages.
著者: Tal, N. / Morehouse, B.R. / Millman, A. / Stokar-Avihail, A. / Avraham, C. / Fedorenko, T. / Yirmiya, E. / Herbst, E. / Brandis, A. / Mehlman, T. / Oppenheimer-Shaanan, Y. / Keszei, A.F.A. / ...

履歴

登録	2021年6月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年11月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7r65.cif.gz	467.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7r65.ent.gz	318.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7r65.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/7r65 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/7r65	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	7r65-2 5veu-9 5x4j-d 4cd1-d 1lpn-d 5bk6-2 4k9x-d 3fzh-1 6da2-d 4s3n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (4) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (4) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Adenylate/guanylate cyclase

B: Adenylate/guanylate cyclase

C: Adenylate/guanylate cyclase

D: Adenylate/guanylate cyclase

103 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Adenylate/guanylate cyclase

B: Adenylate/guanylate cyclase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
51.5 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Adenylate/guanylate cyclase

D: Adenylate/guanylate cyclase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
51.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.145, 66.758, 92.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.262, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Adenylate/guanylate cyclase 分子量: 25769.516 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cepacia (バクテリア) 遺伝子: VL15_12785 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0J5ZXG5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1099 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.92 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES-KOH pH 7.5, and 29% PEG-3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→48.96 Å / Num. obs: 167231 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 48.9 % / B_iso Wilson estimate: 16.22 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 1.45→1.47 Å / 冗長度: 40.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 7966 / CC_1/2: 0.181 / R_pim(I) all: 0.872 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.45→45.22 Å / SU ML: 0.1504 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.4623
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1976	2000	1.2 %
R_work	0.1772	164623	-
obs	0.1774	166623	99.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→45.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7208	0	0	1099	8307

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0037	7441
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.638	10136
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0665	1141
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0038	1280
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.7253	2650

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.48	0.2721	135	0.2612	11109	X-RAY DIFFRACTION	94.27
1.48-1.52	0.2128	142	0.2294	11675	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.52-1.57	0.2293	142	0.2052	11758	X-RAY DIFFRACTION	99.76
1.57-1.62	0.2182	144	0.1935	11759	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.62-1.68	0.1984	142	0.1842	11767	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.68-1.74	0.2167	143	0.1848	11784	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.74-1.82	0.2124	144	0.1833	11755	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.82-1.92	0.2318	143	0.1824	11818	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.92-2.04	0.1954	143	0.171	11726	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.04-2.2	0.1873	143	0.1687	11818	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.2-2.42	0.2336	144	0.175	11865	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.42-2.77	0.1929	144	0.1763	11825	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.77-3.49	0.1899	144	0.1774	11890	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.49-45.22	0.1707	147	0.1628	12074	X-RAY DIFFRACTION	99.81

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.374752395493	-0.0345806683383	0.00662315390681	0.136679062239	0.04092666776	0.799845724128	0.0207268895058	-0.0123930045194	0.0520476093681	-0.00307647239797	0.0141862263945	-0.00401983025672	-0.109411925961	0.0440522138245	0.0379659102738	0.132889087991	-0.0190590003152	0.0154636046688	0.0785207862483	-0.0158544890362	0.115775420368	10.1005933257	38.5497831926	-11.0651332536
2	0.767414794516	0.162537724572	0.0224244049018	0.716926692486	0.157089174009	1.18177967223	0.0313332707536	0.041735945872	-0.0288057895283	-0.048798343073	0.0396380041972	0.0333573308002	-0.100025002937	-0.0756989128618	0.144012105383	0.102046528732	0.0257277034023	0.00232424749021	0.0737180165364	-0.00482685378877	0.0996023183511	-5.50258736992	36.3859110825	-11.011065115
3	1.65055410332	0.540418158964	0.104017463357	0.176804472879	0.0270781359421	0.0228333112529	0.124268583183	0.46229565866	0.0360855301386	-0.0378687540204	-0.0786582548025	0.0281581702363	-0.476886534917	-0.509332836834	0.0542273120517	0.31714208187	0.125074478888	0.0142123981129	0.249108313833	0.0521829560657	0.151146748578	-5.07597853473	38.4334976915	-32.7342239347
4	0.142889447744	-0.103250323933	0.00166872422132	0.129231908612	0.0914062090709	0.325713373192	0.00748412595173	0.250421521546	0.228111031789	-0.0771099022046	-0.119408657667	-0.0470032088158	-0.19253692227	0.290514942289	-0.000760135554562	0.203112726304	-0.0118156481664	0.0282546077116	0.212698066256	0.0114517043984	0.135317317735	14.5264804613	31.5677841258	-33.1777379865
5	-0.00106865292228	-0.015726383215	0.00349104616391	0.203309081722	-0.185632094525	0.160165310866	-0.0370314794152	-0.0775887512594	-0.0241198083441	0.0689783931045	-0.0131992059798	0.0791129402957	-0.0975864920152	-0.118145428469	7.5072227268E-6	0.184452778979	-0.00351753694934	0.0182992683825	0.226938856951	-0.00193922577828	0.129615634315	11.8963112452	29.9244375893	-1.50226699977
6	0.15976551039	-0.252001948187	0.0724435194752	0.37755069151	-0.142991961993	0.360056245063	-0.00635451622317	0.0236570220651	0.0613565567467	-0.0234043667123	-0.0378437033533	0.0028143531713	-0.0520200411242	0.0202125414086	-4.95556578235E-5	0.118512231752	-0.0269255233911	0.0131780168537	0.161728376957	-0.0150431015435	0.111801237694	19.802518226	33.1519287692	-8.61319458002
7	0.260647349227	-0.21669740293	-0.0411951855967	0.370097321706	-0.169550599948	0.228013721459	-0.022054420333	-0.086061031068	-0.00614703721553	0.0721432378833	0.0646118564182	-0.0895080862289	0.0502942026241	0.103905672802	-0.000543580430275	0.117419283162	-0.000940512045531	0.006333428369	0.179961720393	-0.00842198221428	0.0925843767389	22.8220863702	26.5239828151	-0.931640462633
8	0.411827582162	-0.00744755819066	0.202201004923	0.054785020985	-0.158187407068	0.389870546529	0.0677095537371	-0.0809913132665	0.0391134022267	-0.00384024976203	-0.0175773777315	0.110248038519	-0.145275924224	-0.0159766009844	1.78674392739E-5	0.172913241164	-0.0198669614322	0.0236238910611	0.157020478164	-0.0114428899429	0.117803209023	11.362513783	28.5666892464	-21.3403165794
9	0.288451622415	-0.172942991258	0.0112698796266	0.802519268964	0.00371109728027	0.785745516234	0.0931263622272	-0.121512650403	-0.231649918659	0.0456891516774	-0.0829518141177	-0.100372282738	0.4168323671	0.000315300853092	-0.000822900144443	0.209325810853	5.62348143889E-5	-0.0111927286737	0.158743189794	0.0160005740066	0.157180814839	22.6292496255	13.0862334081	-9.040339054
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12	1.09128040685	-0.236248384516	-0.0843778260858	0.604740618385	-0.198823842748	0.87897639516	0.024277282845	0.0991605623091	-0.0970794100263	-0.0761658982405	-0.00577203419578	-0.0300048165688	-0.0255186438965	0.0637569041485	0.012915042429	0.1109989185	0.00987587317901	-0.00160239980766	0.0858528310081	-0.029768847113	0.110920904277	56.3704271534	29.3547273265	-51.2779331854
13	0.803179539876	-0.0794918944951	0.247830096904	0.237001989715	0.422439607692	0.503950033209	0.0396275475864	0.117888981362	-0.206543242844	0.0433572054098	-0.028993923974	0.0724787648819	0.16570089679	-0.306830305177	0.049418196749	0.143594455509	-0.00821122730586	-0.0168665560776	0.168891208372	-0.0145120216119	0.173685990139	25.8903427279	32.3909854918	-52.9053681093
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16	0.247574286469	0.179622966183	0.0937074390515	0.457683927478	0.343322101604	0.346065270993	-0.0254506952247	-0.0124226650116	-0.0070401106769	0.0637343906592	0.0307326768192	-0.0558013279941	-0.0118765669404	0.0903493027761	0.0028448408146	0.0697420874608	-0.000990202923216	-0.000578588796925	0.159721066779	0.0173517450374	0.114966068874	46.2556718705	39.7723229549	-23.7651529976
17	0.224110298474	0.0652833850947	-0.00940731885228	0.0112771479188	0.0555291776502	0.410955292858	-0.013492311013	0.0229536647724	-0.185373367714	-0.0389094832791	0.00286349355322	-0.0417770530903	0.0394174037871	0.094549619089	-7.71368915413E-6	0.126424760026	-9.66234027436E-5	-0.0059875768016	0.157204144464	0.0235462441121	0.165604768685	34.16512298	37.7163495852	-43.8537350226
18	0.947813017049	-0.0359144179658	0.457982615693	0.891252983425	0.0909765492996	0.395697731817	-0.102182702824	-0.0422771605804	0.3505860276	0.139854041777	-0.0712135015594	0.0181799819561	-0.337311596712	0.113339915589	-0.0113494720427	0.170065890289	-0.0157455038638	-0.023780591014	0.130973002303	0.0117894140171	0.167524777138	39.2650378835	53.2037895814	-27.8911432246

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 85 )	A	A	1 - 85	1 - 88
2	2	chain 'A' and (resid 86 through 229 )	A	A	86 - 229	89 - 233
3	3	chain 'B' and (resid 1 through 16 )	B	B	1 - 16	1 - 16
4	4	chain 'B' and (resid 17 through 45 )	B	B	17 - 45	17 - 46
5	5	chain 'B' and (resid 46 through 64 )	B	B	46 - 64	47 - 65
6	6	chain 'B' and (resid 65 through 106 )	B	B	65 - 106	66 - 108
7	7	chain 'B' and (resid 107 through 149 )	B	B	107 - 149	109 - 151
8	8	chain 'B' and (resid 150 through 179 )	B	B	150 - 179	152 - 181
9	9	chain 'B' and (resid 180 through 229 )	B	B	180 - 229	182 - 231
10	10	chain 'C' and (resid 1 through 85 )	C	C	1 - 85	1 - 88
11	11	chain 'C' and (resid 86 through 149 )	C	C	86 - 149	89 - 153
12	12	chain 'C' and (resid 150 through 229 )	C	C	150 - 229	154 - 233
13	13	chain 'D' and (resid 1 through 45 )	D	D	1 - 45	1 - 45
14	14	chain 'D' and (resid 46 through 64 )	D	D	46 - 64	46 - 64
15	15	chain 'D' and (resid 65 through 106 )	D	D	65 - 106	65 - 106
16	16	chain 'D' and (resid 107 through 149 )	D	D	107 - 149	107 - 149
17	17	chain 'D' and (resid 150 through 179 )	D	D	150 - 179	150 - 179
18	18	chain 'D' and (resid 180 through 229 )	D	D	180 - 229	180 - 229

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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