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Yorodumi- PDB-5bk6: Structural and biochemical characterization of a non-canonical bi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5bk6 | ||||||
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Title | Structural and biochemical characterization of a non-canonical biuret hydrolase (BiuH) from the cyanuric acid catabolism pathway of Rhizobium leguminasorum bv. viciae 3841 | ||||||
Components | Putative amidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / s-triazine / xenobiotic | ||||||
Function / homology | biuret amidohydrolase / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase family / hydrolase activity / Biuret amidohydrolase Function and homology information | ||||||
Biological species | Rhizobium leguminosarum bv. viciae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.59 Å | ||||||
Authors | Peat, T.S. / Esquirol, L. / Newman, J. / Scott, C. | ||||||
Citation | Journal: PLoS ONE / Year: 2018 Title: Structural and biochemical characterization of the biuret hydrolase (BiuH) from the cyanuric acid catabolism pathway of Rhizobium leguminasorum bv. viciae 3841. Authors: Esquirol, L. / Peat, T.S. / Wilding, M. / Lucent, D. / French, N.G. / Hartley, C.J. / Newman, J. / Scott, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5bk6.cif.gz | 216.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5bk6.ent.gz | 170.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5bk6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5bk6_validation.pdf.gz | 497 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5bk6_full_validation.pdf.gz | 506.2 KB | Display | |
Data in XML | 5bk6_validation.xml.gz | 45.2 KB | Display | |
Data in CIF | 5bk6_validation.cif.gz | 67.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/5bk6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/5bk6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6aznSC 6azoC 6azqC 6azsC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 28659.643 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhizobium leguminosarum bv. viciae (strain 3841) (bacteria) Strain: 3841 / Gene: pRL100352 / Plasmid: pETcc2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / Variant (production host): DE3 / References: UniProt: Q1M7F4 #2: Chemical | ChemComp-BTB / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.39 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: Sitting drops were set up with 150 nL protein at 100 mg/mL plus 150 nL reservoir: 100 mM bis-tris chloride buffer at pH 5.5, 17% (w/v) PEG 10000, 100 mM sodium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.95373 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 29, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95373 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.59→45.8 Å / Num. obs: 139814 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 11.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.59→1.62 Å / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.726 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 6816 / CC1/2: 0.627 / Rpim(I) all: 0.588 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6AZN Resolution: 1.59→45.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.46 / SU ML: 0.049 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.07 / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.091 Å2
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Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.59→45.8 Å
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Refine LS restraints |
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