PDB-7qy6: Structure of E.coli Class 2 L-asparaginase EcAIII, wild type (WT ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qy6

タイトル

Structure of E.coli Class 2 L-asparaginase EcAIII, wild type (WT EcAIII)

要素

Beta-aspartyl-peptidase
Isoaspartyl peptidase

キーワード

HYDROLASE / L-asparaginase / mutation

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-aspartyl-peptidase / asparaginase activity / beta-aspartyl-peptidase activity / protein autoprocessing / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Loch, J.I. / Klonecka, A. / Kadziolka, K. / Bonarek, P. / Barciszewski, J. / Imiolczyk, B. / Brzezinski, K. / Jaskolski, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Structural and biophysical studies of new L-asparaginase variants: lessons from random mutagenesis of the prototypic Escherichia coli Ntn-amidohydrolase.
著者: Loch, J.I. / Klonecka, A. / Kadziolka, K. / Bonarek, P. / Barciszewski, J. / Imiolczyk, B. / Brzezinski, K. / Gilski, M. / Jaskolski, M.

履歴

登録	2022年1月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qy6.cif.gz	217.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qy6.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qy6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7qy6_validation.pdf.gz	398.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qy6_full_validation.pdf.gz	399.4 KB	表示
XML形式データ	7qy6_validation.xml.gz	12.4 KB	表示
CIF形式データ	7qy6_validation.cif.gz	20.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/7qy6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/7qy6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7qq8C 7qsfC 7qtcC 7qvrC 7qymC 7qyxC 7r1gC 7r5cC 2zalS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18150/VAOJLJ / データの種類: diffraction image data

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Isoaspartyl peptidase

BBB: Beta-aspartyl-peptidase

CCC: Isoaspartyl peptidase

DDD: Beta-aspartyl-peptidase

ヘテロ分子

67 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.478, 75.347, 147.991
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	CCC
3	2	BBB
4	2	DDD

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	ALA	ALA	AAA	A	4 - 155	4 - 155
2	2	1	ALA	ALA	ALA	ALA	CCC	C	4 - 155	4 - 155
3	3	2	THR	THR	GLU	GLU	BBB	B	179 - 313	1 - 135
4	4	2	THR	THR	GLU	GLU	DDD	D	179 - 313	1 - 135

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4

#1: タンパク質	Isoaspartyl peptidase / Beta-aspartyl-peptidase / EcAIII / Isoaspartyl dipeptidase 分子量: 19013.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: iaaA, spt, ybiK, b0828, JW0812 / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLg 21 Gold / 参照: UniProt: P37595, beta-aspartyl-peptidase
#2: タンパク質	Beta-aspartyl-peptidase 分子量: 14428.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: iaaA, HLZ50_00315 / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold / 参照: UniProt: A0A246NXR9, beta-aspartyl-peptidase
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 20% PEG 6000, 0.2 M MgCl2 in 0.1M Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→75.35 Å / Num. obs: 83105 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.2 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.167 / R_rim(I) all: 0.158 / Net I/σ(I): 9.36
反射シェル	解像度: 1.55→1.64 Å / R_merge(I) obs: 1.39 / Mean I/σ(I) obs: 1.62 / Num. unique obs: 13084 / CC_1/2: 0.904 / R_rim(I) all: 1.237 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ZAL

2zal

解像度: 1.65→67.236 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / WR_factor R_free: 0.235 / WR_factor R_work: 0.193 / SU B: 5.112 / SU ML: 0.085 / Average fsc free: 0.8974 / Average fsc work: 0.9105 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.102 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2348	814	1.188 %
R_work	0.1926	67730	-
all	0.193	-	-
obs	-	68544	99.587 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.294 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.036 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.969 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.067 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→67.236 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4209	0	4	410	4623

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	4298
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.015	4113
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.694	1.63	5831
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.564	1.57	9441
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.848	5	585
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.418	22.178	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.857	15	686
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.917	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	574
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5001
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	937
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	938
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	4171
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	2150
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	2110
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	325
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.112	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.174	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.211	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.348	2.053	2322
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.346	2.052	2321
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.039	3.069	2898
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.039	3.071	2899
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.605	2.337	1976
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.602	2.333	1974
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.538	3.416	2928
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.538	3.416	2928
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.274	26.856	4898
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.191	26.338	4824
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.081	0.05	4515
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.067	0.05	3793

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0813	0.05008
1	2	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0813	0.05008
2	3	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06653	0.0501
2	4	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06653	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.693	0.206	47	0.244	4981	X-RAY DIFFRACTION	99.9404
1.693-1.739	0.277	59	0.249	4862	X-RAY DIFFRACTION	99.9797
1.739-1.79	0.271	44	0.239	4688	X-RAY DIFFRACTION	99.9789
1.79-1.845	0.221	51	0.223	4567	X-RAY DIFFRACTION	99.9351
1.845-1.905	0.314	65	0.232	4425	X-RAY DIFFRACTION	99.8888
1.905-1.972	0.272	60	0.234	4270	X-RAY DIFFRACTION	99.2664
1.972-2.046	0.282	43	0.213	4120	X-RAY DIFFRACTION	99.7843
2.046-2.13	0.22	49	0.215	3981	X-RAY DIFFRACTION	99.3345
2.13-2.224	0.283	41	0.21	3821	X-RAY DIFFRACTION	99.1782
2.224-2.333	0.258	40	0.198	3658	X-RAY DIFFRACTION	99.1421
2.333-2.459	0.258	47	0.193	3475	X-RAY DIFFRACTION	99.2952
2.459-2.608	0.186	50	0.183	3301	X-RAY DIFFRACTION	99.2301
2.608-2.788	0.229	38	0.194	3098	X-RAY DIFFRACTION	98.8962
2.788-3.011	0.227	36	0.181	2906	X-RAY DIFFRACTION	99.3919
3.011-3.298	0.219	33	0.179	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.7075
3.298-3.686	0.206	30	0.174	2464	X-RAY DIFFRACTION	99.9199
3.686-4.254	0.209	30	0.157	2178	X-RAY DIFFRACTION	99.4147
4.254-5.206	0.297	16	0.162	1862	X-RAY DIFFRACTION	99.5758
5.206-7.344	0.322	18	0.196	1489	X-RAY DIFFRACTION	100
7.344-67.236	0.185	17	0.211	879	X-RAY DIFFRACTION	99.5556

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1626	-0.3725	-0.037	1.2155	0.2173	0.0716	0.0324	0.0564	0.0107	-0.224	0.0076	-0.0828	-0.0204	0.0422	-0.04	0.1582	-0.0293	0.0236	0.0802	-0.0068	0.0858	16.6547	4.9398	24.4714
2	2.1966	-1.1531	3.4901	1.9213	-0.7087	6.5212	0.188	-0.2885	-0.0329	0.1482	-0.0921	-0.0235	0.5324	-0.6803	-0.0959	0.1538	-0.1018	0.0295	0.0988	0.0091	0.0415	8.7635	-8.341	11.1388
3	0.4781	0.323	0.0432	0.4636	0.2284	0.417	0.0331	0.0415	0.0485	-0.0396	-0.0544	-0.0241	0.0241	-0.0888	0.0214	0.0633	-0.0004	0.0099	0.0583	0.0129	0.0943	7.7256	7.5024	22.4458
4	0.6713	0.1675	-0.0603	0.1682	-0.2839	0.6585	-0.0656	0.0221	0.0363	-0.0035	0.0692	-0.0156	-0.0028	-0.0875	-0.0036	0.0344	0.0227	-0.004	0.0672	-0.0075	0.1262	1.9174	9.6566	38.7215
5	0.2241	0.4646	-0.5051	4.7399	2.5283	4.5448	-0.0089	0.1116	0.0271	0.0371	0.0196	0.0669	0.0608	-0.4317	-0.0107	0.0073	-0.001	-0.0211	0.1187	0.0292	0.0957	-8.071	8.0487	30.5301
6	0.5752	-1.0523	0.4264	5.4996	1.4897	1.7597	0.2421	0.0521	-0.0234	-0.556	-0.3704	0.2664	0.1249	-0.1461	0.1284	0.2027	-0.0416	0.0142	0.0797	-0.0421	0.0331	-4.9514	-9.5558	22.2295
7	3.2835	2.69	0.5995	2.3397	0.7649	0.7387	0.0639	-0.0469	-0.0284	0.1052	-0.0457	-0.0449	0.1051	0.0453	-0.0182	0.0514	-0.0041	-0.0021	0.0581	0.0205	0.1124	14.4665	8.5494	30.8303
8	0.382	0.243	-0.1855	0.1593	-0.1577	0.5741	-0.0542	0.0092	0.0779	-0.049	0.0039	0.0313	0.2093	0.0721	0.0504	0.079	0.0249	0.0102	0.0372	0.004	0.1196	14.5385	-1.4562	38.4839
9	1.2112	0.6024	-0.1651	0.3985	-0.2612	0.3472	-0.0395	0.0869	0.0294	-0.1263	-0.034	-0.0272	0.1952	0.1378	0.0735	0.1118	0.0839	0.0418	0.0782	0.0215	0.0878	23.4966	-5.1209	33.4114
10	2.3878	3.6037	0.6625	6.2762	1.562	0.6538	-0.0181	-0.0157	0.0051	-0.0434	0.011	-0.0286	0.0576	0.1167	0.0071	0.0785	0.0654	0.0359	0.1112	0.0204	0.0827	22.5341	-0.308	26.7824
11	0.4674	0.1752	-0.7292	2.8021	0.2091	1.245	0.0601	0.0291	-0.0468	-0.0255	-0.0877	-0.2048	-0.0842	-0.0217	0.0276	0.0662	0.0326	0.0242	0.0988	0.0003	0.0913	19.5969	5.6512	18.7056
12	3.392	-3.8504	2.0911	5.9566	-5.2605	6.559	-0.2988	-0.2092	0.0896	0.1588	0.1027	-0.1615	0.1741	0.1194	0.1961	0.1222	0.0445	0.0382	0.0313	-0.0102	0.0698	18.3843	-7.2873	17.0472
13	0.0174	-0.0642	-0.1502	0.2756	0.6376	1.4765	-0.0219	-0.0262	0.0152	0.0602	0.0745	-0.0185	0.1398	0.1882	-0.0526	0.0781	0.0544	-0.0004	0.0944	0.006	0.0989	16.0168	-5.8379	66.0043
14	3.7075	1.225	-3.9331	2.3268	0.9846	6.8969	0.3319	0.2365	-0.0534	-0.1395	-0.3548	-0.058	-0.6885	-0.7625	0.0229	0.1804	0.0961	-0.0569	0.1202	0.0053	0.0413	8.0874	8.9155	78.7628
15	0.0874	0.0685	0.1151	0.0715	-0.0459	1.2842	-0.0051	-0.1134	0.0017	-0.0084	-0.0853	-0.0031	0.1012	-0.1927	0.0903	0.063	0.0112	0.0071	0.1518	-0.0043	0.0574	5.6795	-6.5354	66.9994
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20	0.1311	-0.1157	0.0749	0.1048	-0.0911	0.4538	-0.0428	-0.0019	0.001	0.0366	-0.0038	0.0074	-0.0247	0.0723	0.0467	0.0488	0.0374	-0.0007	0.0521	0.0107	0.1197	15.2917	1.2488	51.4596
21	3.013	-2.6126	0.8296	5.0379	-0.0248	0.4072	-0.1414	0.0102	0.1539	0.2256	0.1131	-0.1757	-0.0147	0.0578	0.0283	0.033	-0.0165	-0.0109	0.1354	0.0181	0.0643	26.4052	4.4626	57.7305
22	0.4852	-0.6978	0.1628	1.2387	-0.347	0.1596	-0.0189	-0.0804	0.0001	-0.0265	0.0085	0.0327	-0.001	0.0971	0.0104	0.0586	0.0107	-0.0199	0.1688	0.0186	0.0709	20.7864	2.0069	59.5207
23	0.6687	-0.5303	-0.1346	3.5982	0.459	0.2289	0.0534	-0.0298	0.0843	0.323	-0.1044	-0.0358	0.0013	0.1616	0.0509	0.1016	-0.0143	-0.0241	0.2051	0.0462	0.0461	16.9116	-2.7723	69.5967
24	0.01	-0.1753	0.0957	5.4729	-0.9558	1.1325	0.0007	0.0137	0.0029	0.1357	-0.0395	-0.0573	0.0122	0.2009	0.0387	0.0736	0.0236	-0.0298	0.0992	0.0117	0.0593	17.7243	-0.243	73.8943

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	3 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	15 - 24
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	AAA	25 - 77
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	AAA	78 - 133
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	AAA	134 - 147
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	AAA	148 - 156
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	BBB	179 - 200
8	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	BBB	201 - 253
9	X-RAY DIFFRACTION	9	ALL	BBB	254 - 281
10	X-RAY DIFFRACTION	10	ALL	BBB	282 - 294
11	X-RAY DIFFRACTION	11	ALL	BBB	295 - 309
12	X-RAY DIFFRACTION	12	ALL	BBB	310 - 313
13	X-RAY DIFFRACTION	13	ALL	CCC	3 - 14
14	X-RAY DIFFRACTION	14	ALL	CCC	15 - 24
15	X-RAY DIFFRACTION	15	ALL	CCC	25 - 78
16	X-RAY DIFFRACTION	16	ALL	CCC	79 - 136
17	X-RAY DIFFRACTION	17	ALL	CCC	137 - 149
18	X-RAY DIFFRACTION	18	ALL	CCC	150 - 157
19	X-RAY DIFFRACTION	19	ALL	DDD	179 - 201
20	X-RAY DIFFRACTION	20	ALL	DDD	202 - 255
21	X-RAY DIFFRACTION	21	ALL	DDD	256 - 266
22	X-RAY DIFFRACTION	22	ALL	DDD	267 - 292
23	X-RAY DIFFRACTION	23	ALL	DDD	293 - 303
24	X-RAY DIFFRACTION	24	ALL	DDD	304 - 313

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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