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- PDB-7qu2: Junin virus GP1 glycoprotein in complex with Fab fragment of anti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qu2
タイトルJunin virus GP1 glycoprotein in complex with Fab fragment of antibody JUN1
要素
  • Fab JUN1 heavy chain
  • Fab JUN1 light chain
  • Glycoprotein G1
キーワードIMMUNE SYSTEM / Arenavirus / Glycoprotein / Monoclonal Antibody / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Argentinian mammarenavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ng, W.M. / Sahin, M. / Krumm, S.A. / Seow, J. / Zeltina, A. / Harlos, K. / Paesen, G. / Pinschewer, D.D. / Doores, K.J. / Bowden, T.A.
資金援助 英国, 8件
組織認可番号国
Wellcome Trust203797/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/L009528/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N002091/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/K024426/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/S007555/1 英国
Swiss National Science Foundation310030_173132/1 英国
Wellcome Trust203141/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/V031635/1 英国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Contrasting Modes of New World Arenavirus Neutralization by Immunization-Elicited Monoclonal Antibodies.
著者: Ng, W.M. / Sahin, M. / Krumm, S.A. / Seow, J. / Zeltina, A. / Harlos, K. / Paesen, G.C. / Pinschewer, D.D. / Doores, K.J. / Bowden, T.A.
履歴
登録2022年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab JUN1 heavy chain
B: Fab JUN1 light chain
C: Glycoprotein G1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2717
ポリマ－68,4423
非ポリマー8304
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.847, 66.752, 73.101
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.500, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 Glycoprotein G1 / GP1


分子量: 18095.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Argentinian mammarenavirus (ウイルス)
遺伝子: GPC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: C1K9J9

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抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 Fab JUN1 heavy chain


分子量: 26402.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab JUN1 light chain


分子量: 23943.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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糖 , 2種, 2分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 39分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% w/v PEG8000 and 0.1 M HEPES (pH 7.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→67.92 Å / Num. obs: 22859 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 58.385 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.794 / Num. unique obs: 1100 / CC1/2: 0.742 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NUZ

5nuz


解像度: 2.5→67.92 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 33.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2541 1179 5.17 %
Rwork0.223 21619 -
obs0.2247 22798 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 157.47 Å2 / Biso mean: 75.0604 Å2 / Biso min: 40.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→67.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4564 0 54 37 4655
Biso mean--93.71 69.72 -
残基数----586
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.610.42861470.40752654280198
2.61-2.750.37521500.356526392789100
2.75-2.920.34331580.318627192877100
2.92-3.150.39351400.288626782818100
3.15-3.460.28671420.242426952837100
3.46-3.960.24861190.219327492868100
3.96-4.990.19461480.167427312879100
4.99-67.920.20531750.181227542929100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.1813 Å / Origin y: -0.8831 Å / Origin z: 22.3838 Å
111213212223313233
T0.4331 Å20.0051 Å2-0.0456 Å2-0.6107 Å2-0.0717 Å2--0.3568 Å2
L2.9854 °21.6683 °2-1.8219 °2-1.5451 °2-1.2271 °2--1.8963 °2
S-0.0929 Å °-0.0823 Å °0.0518 Å °-0.1407 Å °0.0604 Å °0.0616 Å °-0.0263 Å °0.0833 Å °0.0326 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA-2 - 215
2X-RAY DIFFRACTION1allB0 - 213
3X-RAY DIFFRACTION1allC87 - 230
4X-RAY DIFFRACTION1allC231 - 232
5X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 2
6X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 37

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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