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- PDB-7qu0: X-ray structure of FAD domain of NqrF of Klebsiella pneumoniae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qu0
タイトルX-ray structure of FAD domain of NqrF of Klebsiella pneumoniae
要素Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F
キーワードFLAVOPROTEIN / NADH oxidizing
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting) / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / sodium ion transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding ...Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
~{N}-[2,6-bis(fluoranyl)phenyl]ethanamide / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
Model detailsin complex with 3-[(furan-2-yl)methyl]-1-(2-methylphenyl)thiourea
データ登録者Stegmann, D. / Steuber, J. / Fritz, G.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Fast fragment- and compound-screening pipeline at the Swiss Light Source.
著者: Kaminski, J.W. / Vera, L. / Stegmann, D.P. / Vering, J. / Eris, D. / Smith, K.M.L. / Huang, C.Y. / Meier, N. / Steuber, J. / Wang, M. / Fritz, G. / Wojdyla, J.A. / Sharpe, M.E.
履歴
登録2022年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2075
ポリマ－32,0941
非ポリマー1,1134
水4,252236
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area13620 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)98.840, 98.840, 88.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-818-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F / Na(+)-NQR subunit F / Na(+)-translocating NQR subunit F / NQR complex subunit F / NQR-1 subunit F


分子量: 32094.436 Da / 分子数: 1 / 断片: FAD binding domain / 変異: residues 129-407 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The N-terminal residues Gly and Pro are residual from the N-terminal His-tag after Prescission protease cleavage
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 株: ATCC 700721 / MGH 78578 / 遺伝子: nqrF, KPN78578_02360, KPN_00244 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A6T526, NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting)
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-F2L / ~{N}-[2,6-bis(fluoranyl)phenyl]ethanamide / 2′,6′-ジフルオロアセトアニリド


分子量: 171.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H7F2NO
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 1.75 M tri-ammonium citrat, 0.1 M LiSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→43.18 Å / Num. obs: 55906 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 26.43 % / Biso Wilson estimate: 22.83 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rrim(I) all: 0.123 / Χ2: 0.796 / Net I/σ(I): 22.28
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.62-1.826.41.8482.0438594815017146190.7351.88597.3
1.8-1.927.5840.9334.29167575607560750.9230.951100
1.9-227.0870.5846.85132806490449030.9680.595100
2-326.4060.18220.2855597221055210550.9980.186100
3-425.4510.0565.951332625236523610.051100
4-625.5310.03294.94705692765276410.032100
6-1026.3860.0395.782538396296210.031100
10-43.1820.8120.024100.42597330028710.02495.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.2精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UAJ

4uaj


解像度: 1.62→43.18 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.193 2794 5 %
Rwork0.1675 53108 -
obs0.1687 55902 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 86.21 Å2 / Biso mean: 29.2747 Å2 / Biso min: 14.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.62→43.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2252 0 85 236 2573
Biso mean--28.14 39.39 -
残基数----279
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.62-1.650.31811330.282522265597
1.65-1.680.25571380.253526182756100
1.68-1.710.27711370.235126062743100
1.71-1.750.24581390.216426482787100
1.75-1.790.24491370.211625942731100
1.79-1.830.25131370.208526352772100
1.83-1.870.22071380.185326282766100
1.87-1.920.18341390.167426332772100
1.92-1.980.16741390.15226382777100
1.98-2.040.18411370.150826322769100
2.05-2.120.16691380.150326472785100
2.12-2.20.18171390.146226322771100
2.2-2.30.19131410.154826722813100
2.3-2.420.18381390.155126432782100
2.42-2.580.17111400.159526632803100
2.58-2.780.1781410.164126792820100
2.78-3.050.17721420.160926862828100
3.05-3.50.18441430.157327182861100
3.5-4.40.17151430.14727302873100
4.4-43.180.21791540.186328843038100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.07160.9104-0.1191.79990.15662.4023-0.03040.02160.0657-0.0550.00690.10730.0789-0.44630.01950.1898-0.01010.01640.23260.02230.1874-19.73427.940713.93
21.5220.23760.23340.87440.09781.49520.0844-0.0929-0.29140.05180.0099-0.07030.1991-0.1838-0.0910.1774-0.01510.01330.17240.01840.19-13.64124.274212.3352
30.81290.3628-0.09111.05830.78011.02370.0011-0.07640.1385-0.0406-0.08940.1403-0.1044-0.18510.07240.19420.0161-0.00690.19570.00960.2088-13.890438.307115.413
43.63231.14731.11992.15390.68182.2786-0.1055-0.04890.2419-0.09380.0589-0.1712-0.25880.15990.02950.2279-0.01410.01280.20130.01560.1606-3.063243.475818.9586
51.7205-0.32920.0352.19560.07471.9857-0.05570.0736-0.2372-0.0532-0.02520.07340.0694-0.11510.06740.1721-0.00520.00510.2074-0.00720.212-14.041324.22788.1228
60.87090.20860.3611.9506-0.68941.8345-0.04240.02040.07460.0184-0.0451-0.1239-0.1930.1250.08130.1773-0.0107-0.00240.18650.00860.1953-7.256539.781611.6515
71.3305-0.12180.59380.5024-0.20610.4790.14880.2828-0.1938-0.1944-0.04340.0348-0.0764-0.197-0.09640.2209-0.0384-0.01080.2254-0.01480.2249-13.571423.96254.182
81.5843-0.002-0.21651.02480.4590.7828-0.06410.0938-0.3704-0.130.07690.03490.06840.0197-0.00760.21450.00940.02030.2199-0.04820.283-2.109916.76762.3879
91.61680.07050.04892.10041.06531.4986-0.0598-0.1391-0.14590.25590.1151-0.07910.19290.1796-0.04050.19910.03220.00660.2126-0.01150.20934.873518.083310.3071
101.13160.60180.65990.83050.78733.6608-0.02590.07730.09440.06150.1332-0.23530.2450.6063-0.15920.21230.03980.00180.2836-0.04460.253515.005126.40326.2376
112.031-0.44210.06982.8163-0.07461.92060.21120.67930.0187-0.4299-0.32180.0116-0.0129-0.13270.10610.29410.04650.01830.3937-0.02380.23753.942423.8634-8.5756
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 127 through 141 )A127 - 141
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 142 through 165 )A142 - 165
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 166 through 184 )A166 - 184
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 185 through 206 )A185 - 206
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 207 through 221 )A207 - 221
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 222 through 250 )A222 - 250
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 251 through 274 )A251 - 274
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 275 through 310 )A275 - 310
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 311 through 338 )A311 - 338
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 339 through 361 )A339 - 361
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 362 through 405 )A362 - 405

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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