+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qu3 | ||||||
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Title | X-ray structure of FAD domain of NqrF of Pseudomonas aeruginosa | ||||||
Components | Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F | ||||||
Keywords | FLAVOPROTEIN / NADH oxidizing | ||||||
Function / homology | Function and homology information NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting) / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / sodium ion transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Model details | in complex with 3-[(furan-2-yl)methyl]-1-(2-methylphenyl)thiourea | ||||||
Authors | Stegmann, D. / Steuber, J. / Fritz, G. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: Acta Crystallogr D Struct Biol / Year: 2022 Title: Fast fragment- and compound-screening pipeline at the Swiss Light Source. Authors: Kaminski, J.W. / Vera, L. / Stegmann, D.P. / Vering, J. / Eris, D. / Smith, K.M.L. / Huang, C.Y. / Meier, N. / Steuber, J. / Wang, M. / Fritz, G. / Wojdyla, J.A. / Sharpe, M.E. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7qu3.cif.gz | 165.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7qu3.ent.gz | 106.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7qu3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7qu3_validation.pdf.gz | 832.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7qu3_full_validation.pdf.gz | 834.2 KB | Display | |
Data in XML | 7qu3_validation.xml.gz | 15.3 KB | Display | |
Data in CIF | 7qu3_validation.cif.gz | 22.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/7qu3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/7qu3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7qtyC 7qu0C 7qu5C 4uajS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 32053.072 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: FAD binding domain / Mutation: residues 130-407 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: N-terminal residues Gly and Pro originate from N-terminal purification tag (His-tag) after Prescission protease cleavage. Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Strain: UCBPP-PA14 / Gene: nqrF, PA14_25350 / Plasmid: pET15b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: Q02PF8, NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting) |
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-Non-polymers , 5 types, 238 molecules
#2: Chemical | ChemComp-FAD / | ||
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#3: Chemical | ChemComp-RYM / | ||
#4: Chemical | ChemComp-MG / | ||
#5: Chemical | ChemComp-DMS / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 6 / Details: 0.1M MES, PEG 4000, 0.2 M MgCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 16, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→44.52 Å / Num. obs: 38938 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 13.147 % / Biso Wilson estimate: 24.84 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 0.883 / Net I/σ(I): 20.13 / Num. measured all: 511924 / Scaling rejects: 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4UAJ Resolution: 1.6→44.52 Å / SU ML: 0.2206 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 19.6713 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→44.52 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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