+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qty | ||||||
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Title | X-ray structure of FAD domain of NqrF of Klebsiella pneumoniae | ||||||
Components | Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F | ||||||
Keywords | FLAVOPROTEIN / NADH oxidizing | ||||||
Function / homology | Function and homology information NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting) / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / sodium ion transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Klebsiella pneumoniae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.69 Å | ||||||
Model details | in complex with 3-[(furan-2-yl)methyl]-1-(2-methylphenyl)thiourea | ||||||
Authors | Stegmann, D. / Steuber, J. / Fritz, G. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: Acta Crystallogr D Struct Biol / Year: 2022 Title: Fast fragment- and compound-screening pipeline at the Swiss Light Source. Authors: Kaminski, J.W. / Vera, L. / Stegmann, D.P. / Vering, J. / Eris, D. / Smith, K.M.L. / Huang, C.Y. / Meier, N. / Steuber, J. / Wang, M. / Fritz, G. / Wojdyla, J.A. / Sharpe, M.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7qty.cif.gz | 166.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7qty.ent.gz | 107.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7qty.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/7qty ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/7qty | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7qu0C 7qu3C 7qu5C 4uajS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32094.436 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: FAD binding domain / Mutation: fragment residues 129-407 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: N-terminal residues Gly and Pro originate from expression tag Source: (gene. exp.) Klebsiella pneumoniae (bacteria) / Strain: ATCC 700721 / MGH 78578 / Gene: nqrF, KPN78578_02360, KPN_00244 / Plasmid: pET15b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: A6T526, NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting) |
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#2: Chemical | ChemComp-FAD / |
#3: Chemical | ChemComp-F0R / |
#4: Chemical | ChemComp-DMS / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.39 Å3/Da / Density % sol: 63.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 7 / Details: 1.75 M tri-ammonium citrat, 0.1 M LiSO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 11, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.69→49.27 Å / Num. obs: 50089 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 20 % / Biso Wilson estimate: 30.03 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 0.841 / Net I/σ(I): 21.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdbid 4UAJ Resolution: 1.69→49.27 Å / SU ML: 0.2457 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 18.6926 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.69→49.27 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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