PDB-7qsf: Structure of E.coli Class 2 L-asparaginase EcAIII, mutant RDM1-12...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qsf

タイトル

Structure of E.coli Class 2 L-asparaginase EcAIII, mutant RDM1-12 (G206C, R207T, D210A, S211A)

要素

Isoaspartyl peptidase
Isoaspartyl peptidase subunit beta

キーワード

HYDROLASE / L-asparaginase / Ntn-hydrolase / EcAIII

機能・相同性

beta-aspartyl-peptidase / Peptidase T2, asparaginase 2 / Asparaginase / asparaginase activity / beta-aspartyl-peptidase activity / protein autoprocessing / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / hydrolase activity / Isoaspartyl peptidase

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Loch, J.I. / Kadziolka, K. / Jaskolski, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Structural and biophysical studies of new L-asparaginase variants: lessons from random mutagenesis of the prototypic Escherichia coli Ntn-amidohydrolase.
著者: Loch, J.I. / Klonecka, A. / Kadziolka, K. / Bonarek, P. / Barciszewski, J. / Imiolczyk, B. / Brzezinski, K. / Gilski, M. / Jaskolski, M.

履歴

登録	2022年1月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qsf.cif.gz	214.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qsf.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qsf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7qsf_validation.pdf.gz	439.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qsf_full_validation.pdf.gz	440.1 KB	表示
XML形式データ	7qsf_validation.xml.gz	27.6 KB	表示
CIF形式データ	7qsf_validation.cif.gz	41.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/7qsf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/7qsf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7qq8C 7qtcC 7qvrC 7qy6C 7qymC 7qyxC 7r1gC 7r5cC 2zalS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18150/T0WC49 / データの種類: diffraction image data

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Isoaspartyl peptidase

BBB: Isoaspartyl peptidase subunit beta

CCC: Isoaspartyl peptidase

DDD: Isoaspartyl peptidase subunit beta

ヘテロ分子

66.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.623, 75.052, 149.137
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Isoaspartyl peptidase / Beta-aspartyl-peptidase / EcAIII / Isoaspartyl dipeptidase 分子量: 19013.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: iaaA, spt, ybiK, b0828, JW0812 / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: P37595, beta-aspartyl-peptidase
#2: タンパク質	Isoaspartyl peptidase subunit beta 分子量: 14358.137 Da / 分子数: 2 / Mutation: G206C, R207T, D210A, S211A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: iaaA, spt, ybiK, b0828, JW0812 / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: P37595
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 597 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 30% PEG 6000, 0.2 M MgCl2 in 0.1M Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: Agilent SuperNova / 波長: 1.54056 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54056 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→19.05 Å / Num. obs: 69731 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 2.3 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_rim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.22 / Num. unique obs: 3274 / CC_1/2: 0.883 / R_rim(I) all: 0.293 / % possible all: 86.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ZAL

2zal

解像度: 1.6→19.05 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 3.741 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.093

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2109	1039	1.491 %
R_work	0.1737	68661	-
all	0.174	-	-
obs	-	69700	90.157 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.778 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.082 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.022 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4198	0	4	597	4799

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	4303
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.015	0.015	4148
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.672	1.631	5845
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.65	1.569	9523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.82	5	590
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.119	22.143	196
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.632	15	686
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.511	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	581
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4995
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	933
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	754
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	3691
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.153	0.2	2034
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.07	0.2	1816
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	367
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.121	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.245	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.217	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.209	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.871	0.332	2327
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.863	0.331	2326
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.322	0.485	2904
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.322	0.485	2905
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.46	0.663	1976
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.459	0.663	1977
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.7	0.852	2933
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.699	0.852	2934
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.31	6.453	4684
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.278	6.238	4658

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.642	0.28	87	0.255	4865	X-RAY DIFFRACTION	88.2709
1.642-1.687	0.279	78	0.23	5073	X-RAY DIFFRACTION	93.1633
1.687-1.735	0.236	64	0.222	4952	X-RAY DIFFRACTION	94.1441
1.735-1.789	0.259	81	0.207	4867	X-RAY DIFFRACTION	94.4635
1.789-1.847	0.236	78	0.21	4688	X-RAY DIFFRACTION	94.5823
1.847-1.912	0.274	60	0.213	4610	X-RAY DIFFRACTION	95.209
1.912-1.984	0.294	64	0.201	4439	X-RAY DIFFRACTION	95.2613
1.984-2.065	0.181	56	0.184	4228	X-RAY DIFFRACTION	94.1953
2.065-2.157	0.214	59	0.179	3953	X-RAY DIFFRACTION	91.9972
2.157-2.262	0.219	72	0.168	3724	X-RAY DIFFRACTION	90.77
2.262-2.384	0.171	51	0.153	3507	X-RAY DIFFRACTION	89.3745
2.384-2.529	0.21	52	0.151	3285	X-RAY DIFFRACTION	88.0475
2.529-2.703	0.173	50	0.151	3028	X-RAY DIFFRACTION	86.4121
2.703-2.92	0.22	34	0.149	2838	X-RAY DIFFRACTION	86.1428
2.92-3.198	0.163	33	0.149	2537	X-RAY DIFFRACTION	83.7952
3.198-3.574	0.151	27	0.151	2281	X-RAY DIFFRACTION	82.3697
3.574-4.126	0.208	27	0.142	1985	X-RAY DIFFRACTION	81.031
4.126-5.049	0.191	32	0.134	1738	X-RAY DIFFRACTION	82.7489
5.049-7.124	0.204	20	0.175	1370	X-RAY DIFFRACTION	82.8367
7.124-19.05	0.121	14	0.158	693	X-RAY DIFFRACTION	70.2783

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0317	-0.1985	-0.0879	1.3847	0.6235	0.3006	-0.0148	-0.0006	0.0355	0.2067	0.0224	-0.1287	0.0495	0.0188	-0.0076	0.1709	-0.0125	-0.0638	0.1328	0.0257	0.1712	17.9839	-5.7942	51.5948
2	0.0332	-0.2719	-0.2042	4.4015	3.203	2.3337	0.0927	0.0417	0.0351	0.188	0.1171	-0.33	0.1099	0.0409	-0.2097	0.3132	0.1902	0.0301	0.1576	0.0592	0.0848	8.8971	11.9995	60.8037
3	0.1771	-0.0479	0.0098	0.1191	0.0317	0.1095	-0.0211	-0.019	-0.0298	0.0532	0.0087	0.0281	-0.0028	0.001	0.0123	0.1486	0.0105	-0.0078	0.1399	0.0092	0.138	7.1177	-5.9791	54.5078
4	0.1793	-0.0644	-0.0005	0.2751	-0.1223	0.0663	-0.0401	-0.0124	0.0087	-0.0016	0.0372	0.0072	0.0279	0.0037	0.0029	0.1261	0.0033	-0.0057	0.1396	-0.0021	0.1551	3.3258	-9.2525	37.8006
5	1.4888	1.2111	-0.372	1.0325	-0.3236	0.5697	0.0066	0.0366	-0.0689	-0.0561	0.0272	-0.0039	-0.0424	-0.0502	-0.0338	0.1244	-0.009	-0.0054	0.1351	-0.0076	0.1633	-4.4178	-11.8215	34.1656
6	0.1673	-0.4533	0.0344	1.9785	-0.0377	0.013	-0.0758	0.0238	-0.0345	0.1264	0.089	0.1187	-0.0323	0.0065	-0.0132	0.1537	0.0112	0.0211	0.1332	0.005	0.1462	-8.811	5.8116	49.3705
7	1.6385	-1.045	-0.2002	1.0871	0.1107	0.1485	0.0264	-0.0053	0.0082	0.0106	-0.0444	-0.0392	-0.0331	0.0197	0.018	0.1202	0.0037	-0.0146	0.149	0.0086	0.1413	15.0513	-8.6766	45.0982
8	0.2774	-0.415	-0.0412	1.2154	0.7659	0.865	-0.0024	0.0576	0.0769	0.0917	-0.0343	-0.0704	0.0917	-0.0055	0.0367	0.1422	0.0007	0.0016	0.1552	0.0127	0.1437	-2.6089	7.985	38.7054
9	0.0887	-0.1175	0.0697	0.1597	-0.1152	0.3384	-0.0261	0.0087	-0.034	0.0335	-0.0085	0.0257	-0.0565	0.0545	0.0346	0.126	-0.0114	-0.0077	0.1564	0.0062	0.1524	19.1909	1.098	37.3877
10	0.4299	-0.272	-0.0409	0.5445	-0.2094	0.1955	0.0255	-0.0152	-0.016	0.0302	-0.0144	-0.0503	-0.0808	0.0514	-0.0111	0.1418	-0.0247	-0.0167	0.145	0.0012	0.149	22.2201	4.7665	43.2532
11	0.0256	0.112	0.1297	0.6896	0.5637	0.6678	-0.0025	0.0086	-0.0003	0.0905	0.0379	-0.0781	-0.0216	0.0458	-0.0354	0.1418	-0.0006	-0.0244	0.1412	0.0098	0.1536	18.027	-0.1069	55.3274
12	0.102	0.0426	0.6615	0.0208	0.2817	4.3351	0.0149	0.0274	-0.0147	0.0035	0.0399	0.0072	-0.0516	0.2213	-0.0548	0.1757	-0.0185	0.0068	0.1369	0.0279	0.1244	15.3371	8.6346	57.881
13	0.1461	0.5801	0.1014	2.3759	0.2019	0.7553	-0.0079	0.0028	-0.0053	-0.0886	-0.0015	-0.0272	0.0292	0.0405	0.0095	0.1267	-0.0124	0.019	0.1608	-0.0038	0.1403	16.8644	5.8679	9.7344
14	4.8251	5.5863	0.0578	6.4743	0.0484	0.0649	0.0827	-0.2192	-0.0983	-0.006	-0.1999	-0.1347	0.1813	-0.048	0.1172	0.5591	-0.131	0.2211	0.1263	-0.0293	0.1157	9.6628	-9.7494	-2.5258
15	0.1051	0.3992	0.2696	1.7301	0.6181	1.5192	-0.0048	0.0002	-0.0101	-0.0072	-0.0004	-0.0503	-0.0234	-0.0992	0.0052	0.141	-0.0064	0.0102	0.1839	-0.0153	0.1069	8.4421	-0.2676	-2.9946
16	0.6504	0.3583	-0.0033	0.2206	-0.0701	0.2657	-0.0342	0.0633	0.0189	-0.0099	0.0106	0.0148	-0.0274	-0.0142	0.0236	0.1427	-0.0138	-0.0054	0.1561	-0.0039	0.1307	6.5176	8.3133	9.3056
17	0.3146	-0.0036	-0.0194	0.0094	-0.0362	0.2433	-0.0102	0.0196	0.0157	0.0171	0.0145	0.0095	-0.0185	-0.0072	-0.0044	0.1311	-0.0084	-0.0026	0.1393	-0.0137	0.1537	1.8371	8.0848	22.9983
18	0.2744	-0.2545	-0.3336	1.3625	0.5983	0.6214	0.0046	0.0515	-0.0155	-0.0247	-0.0454	0.0187	0.0063	-0.1604	0.0408	0.121	-0.0182	-0.0081	0.1511	-0.0188	0.1367	-6.8454	0.187	15.1864
19	1.477	1.2225	0.3573	1.1161	0.1852	0.256	-0.0252	0.0272	0.0095	0.014	-0.0384	0.0175	-0.0061	0.0501	0.0636	0.1268	-0.0251	0.0003	0.1502	-0.0023	0.145	14.0502	9.9013	15.5049
20	0.7704	0.2512	0.8321	2.0194	0.9055	1.1091	0.0057	-0.0752	0.0467	-0.004	-0.0415	-0.0823	0.0181	-0.0913	0.0358	0.1423	-0.0441	0.0152	0.113	-0.0388	0.1885	-0.9828	-10.7092	20.188
21	0.4242	0.3315	0.0374	0.4811	-0.1864	0.2141	0.0077	0.0083	0.008	-0.0177	-0.0271	0.0017	0.0204	0.0341	0.0195	0.1292	-0.0064	0.0053	0.1515	-0.0016	0.1471	15.5907	-0.0082	24.0005
22	0.3963	0.3938	-0.566	0.4123	-0.3609	3.5823	-0.0483	-0.0122	-0.115	-0.0859	0.0024	-0.1027	-0.2132	0.1438	0.0459	0.0837	-0.0169	-0.0048	0.1719	0.0091	0.1512	29.5196	0.6096	21.5875
23	0.3496	0.206	0.1039	0.7703	-0.0882	0.0741	0.0225	0.031	-0.0192	-0.0085	-0.0236	-0.0066	0.0112	0.0553	0.0011	0.1267	-0.0073	0.0194	0.1648	-0.0041	0.1413	21.7707	-2.6741	16.4944
24	0.2082	-0.6618	-0.041	2.2386	0.3539	0.4085	0.0522	0.0396	0.0334	-0.1291	-0.0703	-0.1214	0.0096	0.1054	0.0181	0.1552	-0.0055	0.0267	0.164	0.0021	0.1301	18.3032	1.5908	3.6033

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	2 - 13
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	14 - 20
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	AAA	21 - 76
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	AAA	77 - 120
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	AAA	121 - 137
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	AAA	138 - 160
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	BBB	179 - 199
8	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	BBB	200 - 208
9	X-RAY DIFFRACTION	9	ALL	BBB	209 - 259
10	X-RAY DIFFRACTION	10	ALL	BBB	260 - 287
11	X-RAY DIFFRACTION	11	ALL	BBB	288 - 309
12	X-RAY DIFFRACTION	12	ALL	BBB	310 - 312
13	X-RAY DIFFRACTION	13	ALL	CCC	3 - 14
14	X-RAY DIFFRACTION	14	ALL	CCC	15 - 22
15	X-RAY DIFFRACTION	15	ALL	CCC	23 - 34
16	X-RAY DIFFRACTION	16	ALL	CCC	35 - 76
17	X-RAY DIFFRACTION	17	ALL	CCC	77 - 124
18	X-RAY DIFFRACTION	18	ALL	CCC	125 - 157
19	X-RAY DIFFRACTION	19	ALL	DDD	179 - 199
20	X-RAY DIFFRACTION	20	ALL	DDD	200 - 206
21	X-RAY DIFFRACTION	21	ALL	DDD	207 - 248
22	X-RAY DIFFRACTION	22	ALL	DDD	249 - 262
23	X-RAY DIFFRACTION	23	ALL	DDD	263 - 292
24	X-RAY DIFFRACTION	24	ALL	DDD	293 - 312

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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