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- PDB-7qr7: SpCas9 bound to AAVS1 off-target2 DNA substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qr7
タイトルSpCas9 bound to AAVS1 off-target2 DNA substrate
要素
  • (AAVS1 off-target2 ...) x 2
  • AAVS1 sgRNA
  • CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
キーワードHYDROLASE / crispr / cas9 / off-target / ternary complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated endonuclease Cas9, PAM-interacting domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9, bridge helix / CRISPR-associated endonuclease Cas9, REC lobe / REC lobe of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Bridge helix of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / PAM-interacting domain of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / HNH endonuclease / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile. ...CRISPR-associated endonuclease Cas9, PAM-interacting domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9, bridge helix / CRISPR-associated endonuclease Cas9, REC lobe / REC lobe of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Bridge helix of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / PAM-interacting domain of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / HNH endonuclease / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile. / HNH nuclease / Ribonuclease H superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Pacesa, M. / JInek, M.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_182567 スイス
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: Structural basis for Cas9 off-target activity.
著者: Pacesa, M. / Lin, C.H. / Clery, A. / Saha, A. / Arantes, P.R. / Bargsten, K. / Irby, M.J. / Allain, F.H. / Palermo, G. / Cameron, P. / Donohoue, P.D. / Jinek, M.
履歴
登録2022年1月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AAVS1 sgRNA
B: CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
C: AAVS1 off-target2 target strand
D: AAVS1 off-target2 non-target strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,63119
ポリマ－198,0744
非ポリマー55715
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23310 Å2
ΔGint-172 kcal/mol
Surface area76170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)176.753, 67.129, 186.633
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.996, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

-
AAVS1 off-target2 ... , 2種, 2分子 CD

#3: DNA鎖 AAVS1 off-target2 target strand


分子量: 8455.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 AAVS1 off-target2 non-target strand


分子量: 3739.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: RNA鎖 AAVS1 sgRNA


分子量: 27290.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1 / SpCas9 / SpyCas9


分子量: 158588.781 Da / 分子数: 1 / Mutation: D10, H840A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: cas9, csn1, SPy_1046 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q99ZW2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 3種, 154分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→47.66 Å / Num. obs: 41411 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 78.55 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.22 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 2.35 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 4115 / CC1/2: 0.332 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874+SVN精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FQ5

5fq5


解像度: 3→47.66 Å / SU ML: 0.4642 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.3117
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2451 2065 4.99 %
Rwork0.2161 39302 -
obs0.2176 41367 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→47.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10839 2529 15 139 13522
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00313859
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.563919213
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03822195
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032017
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.01855616
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.070.36931320.37022628X-RAY DIFFRACTION99.78
3.07-3.150.39171380.35742575X-RAY DIFFRACTION99.82
3.15-3.230.38161340.33292596X-RAY DIFFRACTION99.93
3.23-3.330.33551370.30162604X-RAY DIFFRACTION99.82
3.33-3.430.36741410.29092599X-RAY DIFFRACTION99.78
3.43-3.560.27241370.26492575X-RAY DIFFRACTION99.6
3.56-3.70.2991310.25872602X-RAY DIFFRACTION99.6
3.7-3.870.24991400.2292604X-RAY DIFFRACTION99.82
3.87-4.070.22231380.21612589X-RAY DIFFRACTION99.49
4.07-4.330.2221370.19192648X-RAY DIFFRACTION99.89
4.33-4.660.22211390.1772602X-RAY DIFFRACTION99.89
4.66-5.130.19511380.17322643X-RAY DIFFRACTION100
5.13-5.870.23811380.1842641X-RAY DIFFRACTION99.93
5.87-7.390.23871420.20072668X-RAY DIFFRACTION99.86
7.39-47.660.18781430.17272728X-RAY DIFFRACTION99.72
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.25733216312-1.33163206385-0.9374685675616.61462198991.052413604565.9597107553-0.777311313840.314955000377-0.5663091499570.04731170446060.452082845282-0.3172311623250.641959088186-1.328139862990.08207229308250.80931555339-0.07674669448510.06429809011250.905079000023-0.2168837783550.877282984743-13.62102140325.8897795735674.7975854424
21.82316428387-0.799791109991-0.3599282380580.0671055828178-0.1237958255712.358681549830.25636896156-0.05525778341480.6571000204120.374121451610.203784728001-0.1024860393090.533990534305-0.0114745226399-0.6001676885390.650264987861-0.179955642040.07421604867790.554137009944-0.03099084062760.6957743255525.715875797153.1974298952237.1837048326
30.4468181576360.4260748137910.992878348440.650668141541.155619765912.396373290960.5728447266080.460845182785-0.325469364322-1.20562358678-0.3201715580630.5823344738890.9197645921090.128898051902-0.2925938123271.463983356310.264978583758-0.2154739536392.11596402338-0.1637237407381.1414169556322.0381151306-16.44204200351.7190273226
41.796678619060.2386338454260.264110645475-0.1271683545510.03602247566561.53606122149-0.09292127756520.253355478942-0.00125757660177-0.0272480593731-0.006942276728730.121923033922-0.0340135096370.04306011776020.06602042336340.581786743495-0.102262884144-0.05517318299890.446714612180.01578645735170.5788137852911.70684847457.2542003061828.2371933833
50.549504537551-0.0360715692663-0.741940143889-0.0009582985995640.02834223242351.262721934031.147935170730.4221706559922.45301099904-0.173211911314-0.03986374000420.851204022861-2.462786171610.620954375926-0.2788220499451.179862961170.2261731633210.2954745115980.9273334080410.2116844501261.78579308128-39.346904885913.065741317429.9716677586
63.374399455280.184149527537-1.520928031073.29581043598-2.014060518233.904688912920.318055235312-0.3573172976390.612632110011-0.409472399867-0.117662878447-0.000604431823057-0.9576120791171.18761074255-0.3309636825631.43274723584-0.2151937930620.07275283878821.65085878482-0.09864673786531.24990779051-38.529085871715.240170657336.2578343252
72.090054937190.595738845075-0.07758222557560.4164257868-0.3063699546111.358663533770.1654640133330.03679751084910.1225332828940.13033378004-0.145095179630.010086107737-0.04205340093230.379287156638-0.00663024421120.501551815343-0.016069858237-0.0113630018650.322863781428-0.04738843399870.516572067616.390506498055.8919104175637.1653366871
81.460687255110.2353131967631.094666625410.342073436997-1.083104437742.359859849520.0774531371745-0.0832258501284-0.08411490145680.18249523163-0.02707771733750.05976962389850.112042126756-0.039960686962-0.03447203464450.7370232996210.1413888421290.01755585766370.8125561191630.002371608981440.69022127123824.8750780046-8.4719171285547.5317945451
90.7320272818960.100606609015-0.3301793661250.513629672778-0.415043014492.67877829410.0015796349207-0.1156174635040.1053525838770.2535627284260.0870118169613-0.086082402541-0.5057838013390.00574107346727-0.07283901132480.639797267446-0.0167211446713-0.02587472494850.443487942349-0.0371728424150.6694725283940.89059584612619.729780096369.315996731
101.42253346756-0.2366612628840.6415984482691.01180156348-0.3096857720241.902260140480.297358080105-0.177576269049-0.2871651276180.0835414548203-0.0762878399321-0.2901121081520.7322730791620.474538081023-0.1747138396660.8479525359710.0318681538627-0.049438093830.795575433322-0.1179087997260.798695000506-7.51608995515-15.350253368162.749738849
111.373074428160.15945845982-0.3541978749680.710668473331-0.1558233350961.60164215055-0.0778343790388-0.0296868591839-0.1136445095080.0614609384990.1178856737820.05988145546560.370946409876-0.286510893585-0.03315340428280.594419506113-0.146101292097-0.001156744897090.563716358305-0.01858511191050.639315372081-27.9406895912-12.447972638744.5733634867
122.249252042711.166918373341.621622205850.6662392716720.815384103221.28018826770.5506127055480.724063161641-0.2428625798380.3304848233420.2418447219060.780742776880.372539714506-1.03925364774-0.4844019485591.34663010328-0.517299893006-0.05099443834422.01393766998-0.4168290700981.39689922386-15.7450471479-20.863004464818.5281357279
131.99266261511.84884897895-0.04922211638892.70027868656-0.1570857715310.03491356620080.270316733738-0.149131549432-0.1960058334790.451351221168-0.1809609231670.1545453132780.8076706672290.1858763518340.116355703791.076952205810.0466018099032-0.1941749829790.717948562958-0.1471058414911.02237161941-2.2979643177-10.13328068830.8162342967
143.334405703890.388574755696-2.286646252630.574780035949-0.5304282559661.899559748460.410871659490.111936810390.4128274665540.3289034732030.06461735440150.3426603186020.172852100879-0.214702082332-0.6945718585030.640507910251-0.0839768502123-0.01410351973320.9076808905660.03730916271420.703288656696-0.5685529021746.2860756984354.824882422
151.676506672180.0523404193133-1.108383549391.025439446290.6208146959465.99342247293-0.2280006128580.09572079238520.277468438964-0.3631702537660.7923204013030.1735588008680.378338750056-0.748247655315-0.4968400452690.899471602505-0.09939255310410.05306923378621.080680724450.02784008634660.897738403172-14.57174025472.1920180078178.0824065925
165.093250894880.213361025341-1.113204646.369163499611.666629023314.088030563630.1707647866211.07704442565-1.4490459451-0.5465147232690.0750893536828-0.2869614702160.8961789904270.483447764988-0.3078786421740.691627991647-0.00415848260463-0.01823273402470.84209961646-0.2673411527940.911028307007-11.2425668216-14.82881479723.814220697
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -1 through 8 )AA-1 - 8
22chain 'A' and (resid 9 through 28 )AA9 - 28
33chain 'A' and (resid 29 through 38 )AA29 - 38
44chain 'A' and (resid 39 through 68 )AA39 - 68
55chain 'A' and (resid 69 through 73 )AA69 - 73
66chain 'A' and (resid 74 through 82 )AA74 - 82
77chain 'B' and (resid 3 through 207 )BB3 - 2071 - 205
88chain 'B' and (resid 208 through 411 )BB208 - 411206 - 407
99chain 'B' and (resid 412 through 730 )BB412 - 730408 - 723
1010chain 'B' and (resid 731 through 888 )BB731 - 888724 - 872
1111chain 'B' and (resid 889 through 1366 )BB889 - 1366873 - 1326
1212chain 'C' and (resid -7 through -3 )CC-7 - -3
1313chain 'C' and (resid -2 through 2 )CC-2 - 2
1414chain 'C' and (resid 3 through 12 )CC3 - 12
1515chain 'C' and (resid 13 through 20 )CC13 - 20
1616chain 'D' and (resid -3 through 7 )DD-3 - 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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