+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qqr | ||||||
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Title | SpCas9 bound to AAVS1 off-target5 DNA substrate | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / crispr / cas9 / off-target / ternary complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information maintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA binding / RNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptococcus pyogenes (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.75 Å | ||||||
Authors | Pacesa, M. / Jinek, M. | ||||||
Funding support | Switzerland, 1items
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Citation | Journal: Cell / Year: 2022 Title: Structural basis for Cas9 off-target activity. Authors: Pacesa, M. / Lin, C.H. / Clery, A. / Saha, A. / Arantes, P.R. / Bargsten, K. / Irby, M.J. / Allain, F.H. / Palermo, G. / Cameron, P. / Donohoue, P.D. / Jinek, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7qqr.cif.gz | 837.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7qqr.ent.gz | 569.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7qqr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7qqr_validation.pdf.gz | 484 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7qqr_full_validation.pdf.gz | 498.9 KB | Display | |
Data in XML | 7qqr_validation.xml.gz | 51.1 KB | Display | |
Data in CIF | 7qqr_validation.cif.gz | 72.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/7qqr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/7qqr | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7qqoC 7qqpC 7qqqC 7qqsC 7qqtC 7qquC 7qqvC 7qqwC 7qqxC 7qqzC 7qr0C 7qr1C 7qr5C 7qr7C 7qr8C 7zo1C 5fq5S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-AAVS1 off-target5 ... , 2 types, 2 molecules CD
#3: DNA chain | Mass: 8487.458 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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#4: DNA chain | Mass: 3709.413 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-RNA chain / Protein , 2 types, 2 molecules AB
#1: RNA chain | Mass: 27266.279 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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#2: Protein | Mass: 158588.781 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: D10A, H840A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pyogenes (bacteria) / Gene: cas9, csn1, SPy_1046 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: Q99ZW2, Hydrolases; Acting on ester bonds |
-Non-polymers , 4 types, 238 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-K / #7: Chemical | ChemComp-EDO / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 12, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.75→46.26 Å / Num. obs: 53929 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 69.74 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 8.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.75→2.85 Å / Redundancy: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 2.15 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 5348 / CC1/2: 0.343 / % possible all: 99.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5FQ5 Resolution: 2.75→47.7 Å / SU ML: 0.4178 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.8708 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 82.18 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.75→47.7 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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