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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7qqu | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | SpCas9 bound to FANCF off-target2 DNA substrate | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | HYDROLASE / crispr / cas9 / off-target / ternary complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationmaintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA binding / RNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Streptococcus pyogenes (bacteria)synthetic construct (others) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.45 Å | ||||||
Authors | Pacesa, M. / Jinek, M. | ||||||
| Funding support | Switzerland, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Cell / Year: 2022Title: Structural basis for Cas9 off-target activity. Authors: Pacesa, M. / Lin, C.H. / Clery, A. / Saha, A. / Arantes, P.R. / Bargsten, K. / Irby, M.J. / Allain, F.H. / Palermo, G. / Cameron, P. / Donohoue, P.D. / Jinek, M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7qqu.cif.gz | 841.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7qqu.ent.gz | 568.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7qqu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7qqu_validation.pdf.gz | 471.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7qqu_full_validation.pdf.gz | 487.8 KB | Display | |
| Data in XML | 7qqu_validation.xml.gz | 55.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 7qqu_validation.cif.gz | 80.8 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/7qqu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/7qqu | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7qqoC ![]() 7qqpC ![]() 7qqqC ![]() 7qqrC ![]() 7qqsC ![]() 7qqtC ![]() 7qqvC ![]() 7qqwC ![]() 7qqxC ![]() 7qqzC ![]() 7qr0C ![]() 7qr1C ![]() 7qr5C ![]() 7qr7C ![]() 7qr8C ![]() 7zo1C ![]() 5fq5S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
| ||||||||||||
| Unit cell |
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Components
-FANCF off-target2 ... , 2 types, 2 molecules CD
| #3: DNA chain | Mass: 8646.567 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
|---|---|
| #4: DNA chain | Mass: 3662.404 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-RNA chain / Protein , 2 types, 2 molecules AB
| #1: RNA chain | Mass: 27068.125 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
|---|---|
| #2: Protein | Mass: 158588.781 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: D10A, H840A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pyogenes (bacteria) / Gene: cas9, csn1, SPy_1046 / Production host: ![]() References: UniProt: Q99ZW2, Hydrolases; Acting on ester bonds |
-Non-polymers , 3 types, 611 molecules 




| #5: Chemical | | #6: Chemical | ChemComp-K / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Oct 7, 2017 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.45→46.05 Å / Num. obs: 76249 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 49.12 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 12.4 |
| Reflection shell | Resolution: 2.45→2.54 Å / Redundancy: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 1.53 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 7533 / CC1/2: 0.451 / % possible all: 99.5 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 5FQ5 Resolution: 2.45→47.81 Å / SU ML: 0.364 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.384 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 65.28 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.45→47.81 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Streptococcus pyogenes (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Switzerland, 1items
Citation
















PDBj
































































