PDB-7qpy: X-ray structure of the adduct obtained upon reaction of [cis-Rh2(...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qpy

タイトル

X-ray structure of the adduct obtained upon reaction of [cis-Rh2(OCOCH3)2(OCOCF3)2] with RNase A (3)

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

HYDROLASE / Protein metalation / dirhodium tetraacetate derivative / dimetallic paddlewheel complexes

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

Loreto, D. / Merlino, A.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Dalton Trans / 年: 2022
タイトル: Reactivity of a fluorine-containing dirhodium tetracarboxylate compound with proteins.
著者: Loreto, D. / Esposito, A. / Demitri, N. / Guaragna, A. / Merlino, A.

履歴

登録	2022年1月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qpy.cif.gz	118.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qpy.ent.gz	88.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qpy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qpy_validation.pdf.gz	905.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qpy_full_validation.pdf.gz	907.1 KB	表示
XML形式データ	7qpy_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	7qpy_validation.cif.gz	23.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/7qpy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/7qpy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qpwC 7qpzC 7qq0C 7qq1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7qpz-1 4qh3-2 1jvu-2 1jn4-2 1afl-2 2w5k-2 6xhf-1 1jvu-1 5obe-2 3d8z-1 1jvv-1 5jmg-2 1c8w-d 3jw1-2 3euy-1 4ooh-d 4s18-2 3ev0-2 2w5m-1 4l55-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

29 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.220, 32.500, 72.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.408, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-403- HOH

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease
#2: 化合物	ChemComp-F5T / cis-bis(mi2-acetato-O, O')-(mi2-trifluoroacetato-O, O')-diaquo-dirhodium (II) 分子量: 473.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁F₃O₈Rh₂
#3: 化合物	ChemComp-F3I / (mi2-acetato-O, O')-hexaaquo-dirhodium (II) 分子量: 367.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₁₀O₈Rh₂
#4: 化合物	ChemComp-F5I / cis-bis(mi2-acetato-O, O')-tetraaquo-dirhodium(II) 分子量: 393.944 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₂O₈Rh₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.26 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1 / 詳細: 22 % PEG 4K 0.01 M sodium citrate pH 5.1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→50.115 Å / Num. obs: 44454 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.076 / R_pim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 1.42→1.44 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.523 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2037 / CC_1/2: 0.79 / R_pim(I) all: 0.406 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
AutoProcess		データ削減
AutoProcess		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: !JVT

解像度: 1.42→50.115 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 1.194 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.073 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2122	2314	5.239 %
R_work	0.1767	41857	-
all	0.179	-	-
obs	-	44171	99.192 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.709 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.026 Å²	0 Å²	0.066 Å²
2-	-	-0.005 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.42→50.115 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1878	0	55	333	2266

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2075
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1771
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	3.69	1.716	2859
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.54	1.588	4110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.158	5	262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.504	24.158	101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.559	15	343
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.123	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	275
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2526
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	463
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	460
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	1751
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	993
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	969
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	236
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.185	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.18	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.066	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.196	1.965	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.196	1.965	1023
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.414	2.938	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.413	2.938	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.686	2.204	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.678	2.197	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.112	3.219	1567
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.018	3.204	1553
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.813	25.373	2454
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.816	25.014	2417

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.42-1.457	0.296	137	0.241	2955	X-RAY DIFFRACTION	94.934
1.457-1.497	0.246	149	0.219	2988	X-RAY DIFFRACTION	98.2769
1.497-1.54	0.289	167	0.215	2891	X-RAY DIFFRACTION	99.3502
1.54-1.587	0.228	204	0.195	2771	X-RAY DIFFRACTION	99.5316
1.587-1.639	0.225	148	0.195	2759	X-RAY DIFFRACTION	99.4867
1.639-1.697	0.233	121	0.18	2707	X-RAY DIFFRACTION	99.6476
1.697-1.761	0.237	138	0.177	2576	X-RAY DIFFRACTION	99.8528
1.761-1.833	0.178	130	0.171	2479	X-RAY DIFFRACTION	99.8851
1.833-1.914	0.226	122	0.182	2391	X-RAY DIFFRACTION	99.446
1.914-2.007	0.21	135	0.174	2271	X-RAY DIFFRACTION	99.834
2.007-2.116	0.237	131	0.174	2165	X-RAY DIFFRACTION	99.913
2.116-2.244	0.22	108	0.185	2062	X-RAY DIFFRACTION	99.816
2.244-2.398	0.2	120	0.176	1939	X-RAY DIFFRACTION	99.6612
2.398-2.59	0.21	104	0.164	1794	X-RAY DIFFRACTION	99.8947
2.59-2.837	0.194	98	0.169	1654	X-RAY DIFFRACTION	99.7154
2.837-3.17	0.215	77	0.178	1539	X-RAY DIFFRACTION	99.8147
3.17-3.658	0.177	73	0.147	1349	X-RAY DIFFRACTION	99.6496
3.658-4.474	0.187	54	0.158	1150	X-RAY DIFFRACTION	99.6689
4.474-6.303	0.183	67	0.166	886	X-RAY DIFFRACTION	99.0645

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)