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- PDB-7qos: Cyclopropane fatty acid synthase from Aquifex aeolicous with boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qos
タイトルCyclopropane fatty acid synthase from Aquifex aeolicous with bound ligands
要素Cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase
キーワードTRANSFERASE / phospholipid / complex / cyclopropane fatty acid synthase / methyl transferase / SAM
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid biosynthetic process / transferase activity
類似検索 - 分子機能
Mycolic acid cyclopropane synthase / : / Mycolic acid cyclopropane synthetase / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / Chem-E8Q / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-ADENOSYLMETHIONINE / Cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Lukk, T. / Cronan, J.E. / Nair, S.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI15650 米国
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of cyclopropane fatty acid synthase from Aquifex aeolicus
著者: Cronan, J.E. / Nair, S.K. / Lukk, T.
#1: ジャーナル: Microbiol. Mol. Biol. Rev. / 年: 2022
タイトル: Advances in the Structural Biology, Mechanism, and Physiology of Cyclopropane Fatty Acid Modifications of Bacterial Membranes
著者: Cronan, J.E. / Lukk, T.
履歴
登録2021年12月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase
B: Cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,2308
ポリマ－94,9752
非ポリマー2,2556
水10,359575
1
A: Cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6084
ポリマ－47,4881
非ポリマー1,1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6224
ポリマ－47,4881
非ポリマー1,1343
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.740, 77.280, 86.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.620, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase


分子量: 47487.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
株: VF5 / 遺伝子: cfa, aq_1737 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O67624

-
非ポリマー , 5種, 581分子

#2: 化合物 ChemComp-E8Q / 2-azanylethyl-[(2~{S})-2,3-di(hexadecanoyloxy)propoxy]phosphinic acid / (-)-2-[(S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-D-グリセロ-3-ホスホ]エタンアミン


分子量: 675.960 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H74NO7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 575 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.97 %
結晶化温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M L-pro, 10% PEG 3350, 0.1M HEPES 7.5, 5 mM S-adenosyl-L-Methionine; protein concentration 8 mg/mL, 1:1 ratio of protein to mother liquor. Protein storage buffer: 20 mM Tris pH 8.5, 0.5M ...詳細: 0.2M L-pro, 10% PEG 3350, 0.1M HEPES 7.5, 5 mM S-adenosyl-L-Methionine; protein concentration 8 mg/mL, 1:1 ratio of protein to mother liquor. Protein storage buffer: 20 mM Tris pH 8.5, 0.5M NaCl. 30% PEG 3350 cryoprotectant.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月13日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→19.855 Å / Num. obs: 114947 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.931 % / Biso Wilson estimate: 18.93 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 1.001 / Net I/σ(I): 14.13 / Num. measured all: 681759 / Scaling rejects: 6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.6-1.643.9510.7121.7474270.7020.8286.4
1.64-1.694.440.5862.380140.7740.66495.5
1.69-1.745.3770.4493.3881370.8930.49899.9
1.74-1.796.090.3434.7678950.9360.37599.9
1.79-1.856.2710.276.0576470.960.294100
1.85-1.916.2720.2087.8774150.9740.227100
1.91-1.986.2770.15910.3372000.9840.173100
1.98-2.076.2910.12612.7568980.9890.13799.9
2.07-2.166.3060.10714.8965970.9910.117100
2.16-2.266.3010.09216.8163470.9930.10199.9
2.26-2.396.3070.08218.8559920.9940.089100
2.39-2.536.3140.07420.7957220.9950.08199.8
2.53-2.76.3040.06822.7753630.9950.074100
2.7-2.926.3230.06225.0849740.9960.06799.9
2.92-3.26.3030.05827.0446170.9960.06399.9
3.2-3.586.2970.05329.441710.9960.05899.9
3.58-4.136.3120.0530.9736910.9970.05599.9
4.13-5.066.290.04931.9131110.9970.05499.8
5.06-7.166.2510.0530.9224350.9970.05599.9
7.16-19.8555.9730.05131.5212940.9930.05794.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2-4158精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KPG

1kpg


解像度: 1.6→19.855 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 21.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2072 5747 5 %
Rwork0.1815 109187 -
obs0.1828 114934 98.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 80.04 Å2 / Biso mean: 27.0563 Å2 / Biso min: 10.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→19.855 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5842 0 153 577 6572
Biso mean--29.82 36.09 -
残基数----701
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.6-1.61810.3191640.2748310684
1.6181-1.63710.2791680.2586320588
1.6371-1.65710.29721810.2501343092
1.6571-1.67810.27011850.2421352497
1.6781-1.70010.25131920.2321364099
1.7001-1.72340.25231940.21873684100
1.7234-1.7480.24211920.21363643100
1.748-1.77410.23371940.20663693100
1.7741-1.80180.22821930.20613665100
1.8018-1.83130.2431950.21383707100
1.8313-1.86290.25081910.20353632100
1.8629-1.89670.23531950.20033706100
1.8967-1.93320.22621950.19583697100
1.9332-1.97260.23991910.19663632100
1.9726-2.01540.22991950.18733703100
2.0154-2.06230.2281950.18823695100
2.0623-2.11380.21471940.18773686100
2.1138-2.17090.22031920.18663658100
2.1709-2.23470.2071940.18713692100
2.2347-2.30670.2081940.18423676100
2.3067-2.3890.20911940.18513692100
2.389-2.48450.21431950.18623691100
2.4845-2.59730.19321930.18363680100
2.5973-2.73390.22291950.18163699100
2.7339-2.90470.21811950.18493704100
2.9047-3.12820.21571950.18443703100
3.1282-3.44160.18671950.17873714100
3.4416-3.93620.19991960.15883716100
3.9362-4.94650.14781960.13893730100
4.9465-19.8550.18661990.17053784100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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