+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3zcn | ||||||
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Title | Fic protein from SHEWANELLA ONEIDENSIS in complex with ATP | ||||||
Components | ADENOSINE MONOPHOSPHATE-PROTEIN TRANSFERASE SOFIC | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / AMPYLATION / ADENYLYLATION | ||||||
Function / homology | Function and homology information AMPylase activity / protein adenylyltransferase / protein adenylylation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | SHEWANELLA ONEIDENSIS (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Goepfert, A. / Schirmer, T. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2013 Title: Conserved Inhibitory Mechanism and Competent ATP Binding Mode for Adenylyltransferases with Fic Fold. Authors: Goepfert, A. / Stanger, F.V. / Dehio, C. / Schirmer, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3zcn.cif.gz | 328.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3zcn.ent.gz | 266.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3zcn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3zcn_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3zcn_full_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | |
Data in XML | 3zcn_validation.xml.gz | 37.6 KB | Display | |
Data in CIF | 3zcn_validation.cif.gz | 58.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/3zcn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/3zcn | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3zc7C 3zcbC 3zecC 3zlmC 3eqxS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 43141.379 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: FIC DOMAIN, RESIDUES 2-372 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) SHEWANELLA ONEIDENSIS (bacteria) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q8E9K5, Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.7 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7.1 / Details: 21%W/V PEG 3350, 0.2M NAF PH 7.1 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 0.979 |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 14, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→82.46 Å / Num. obs: 93236 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 17.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 22.78 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.8 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3.46 / % possible all: 97.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3EQX Resolution: 1.7→14.992 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.99 / Phase error: 21.32 / Stereochemistry target values: ML Details: LOCAL TORSION-ANGLE NCS RESTRAINTS AS IMPLEMENTED IN PHENIX HAVE BEEN APPLIED FOR REFINEMENT
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 2.8553 Å2 / ksol: 1.0985 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→14.992 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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