PDB-2vqs: Structural Studies of Nucleoside Analog and Feedback Inhibitor Bi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vqs

タイトル

Structural Studies of Nucleoside Analog and Feedback Inhibitor Binding to Drosophila Melanogaster Multisubstrate Deoxyribonucleoside Kinase

要素

DEOXYNUCLEOSIDE KINASE

キーワード

TRANSFERASE / ATP-BINDING / DNA SYNTHESIS / PHOSPHOPROTEIN / FEEDBACK INHIBITION / DEOXYRIBONUCLEOSIDE KINASE / SALVAGE PATHWAY / NUCLEOTIDE-BINDING / DTTP / KINASE / COMPLEX / DROSOPHILA

機能・相同性

機能・相同性情報

deoxynucleoside kinase / Pyrimidine salvage / deoxynucleoside kinase activity / uridine kinase activity / nucleoside salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / thymidine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Mikkelsen, N.E. / Munch-Petersen, B. / Eklund, H.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2008
タイトル: Structural Studies of Nucleoside Analog and Feedback Inhibitor Binding to Drosophila Melanogaster Multisubstrate Deoxyribonucleoside Kinase.
著者: Mikkelsen, N.E. / Munch-Petersen, B. / Eklund, H.

履歴

登録	2008年3月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vqs.cif.gz	165.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vqs.ent.gz	131.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vqs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/2vqs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/2vqs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2jj8C 2vp0C 2vp2C 2vp4C 2vp5C 2vp6C 2vp9C 1j90S 1oe0 1ot3 1zm7 1zmx 2jcs 2vpp C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1zmx-2 2jj8-2 3h7t-d 2jj8-1 1ot3-3 1ot3-4 2vp6-3 2vp2-d 2vp9-2 2vp9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE

B: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE

C: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE

D: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE

ヘテロ分子

109 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE

B: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE

D: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	137.644, 112.828, 69.721
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	12 - 160
2	1	1	1	B	12 - 160
3	1	1	1	C	12 - 160
4	1	1	1	D	12 - 160
1	2	1	1	A	175 - 208
2	2	1	1	B	175 - 208
3	2	1	1	C	175 - 208
4	2	1	1	D	175 - 208

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.95, 0.01154, 0.312), (-0.02146, -0.9994, -0.02838), (0.3115, -0.03366, 0.9497)
ベクター: 33.81, -4.907, -5.535)

#1: タンパク質	DEOXYNUCLEOSIDE KINASE / DEOXYRIBONUCLEOSIDE KINASE / DM-DNK / MULTISPECIFIC DEOXYNUCLEOSIDE KINASE 分子量: 26906.707 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 1-230 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9XZT6, deoxynucleoside kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-BVD / 5-BROMOVINYLDEOXYURIDINE / ブリブジン分子量: 333.135 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₃BrN₂O₅ / コメント: 抗ウイルス剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.08 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 19428 / % possible obs: 83.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 87.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1J90

1j90

解像度: 2.9→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.907 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.865 / SU B: 19.985 / SU ML: 0.377 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.511 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.286	1031	5 %	RANDOM
R_work	0.242	-	-	-
obs	0.244	19428	82.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.64 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.39 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6125	0	96	49	6270

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	6364
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.398	1.972	8608
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.713	5	727
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.656	24.521	303
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.663	15	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.242	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	940
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4705
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.241	0.2	2945
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.319	0.2	4268
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	272
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.525	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.23	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.655	1.5	3757
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.182	2	5983
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.274	3	3007
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.992	4.5	2625
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1457 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	tight positional	0.05	0.05
2	B	tight positional	0.05	0.05
3	C	tight positional	0.05	0.05
4	D	tight positional	0.05	0.05
1	A	tight thermal	0.1	0.5
2	B	tight thermal	0.1	0.5
3	C	tight thermal	0.09	0.5
4	D	tight thermal	0.11	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.369	67
R_work	0.321	1477

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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