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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qlh | ||||||
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タイトル | Crystal structure of S-layer protein SlpA from Lactobacillus amylovorus, domain I (aa 48-213) | ||||||
要素 | S-layer | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / s-layer / surface layer / bacterial / lactobacillus amylovorus / SlpA / self-assembly | ||||||
機能・相同性 | Lactobacillus surface layer protein / Surface layer protein A domain / Surface layer protein A domain / structural constituent of cell wall / S-layer / peptidoglycan-based cell wall / PHOSPHATE ION / S-layer 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Lactobacillus amylovorus (乳酸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Grininger, C. / Sagmeister, T. / Eder, E. / Vejzovic, D. / Pavkov-Keller, T. | ||||||
資金援助 | オーストリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024 タイトル: The molecular architecture of Lactobacillus S-layer: Assembly and attachment to teichoic acids. 著者: Sagmeister, T. / Gubensak, N. / Buhlheller, C. / Grininger, C. / Eder, M. / Ðordic, A. / Millan, C. / Medina, A. / Murcia, P.A.S. / Berni, F. / Hynonen, U. / Vejzovic, D. / Damisch, E. / ...著者: Sagmeister, T. / Gubensak, N. / Buhlheller, C. / Grininger, C. / Eder, M. / Ðordic, A. / Millan, C. / Medina, A. / Murcia, P.A.S. / Berni, F. / Hynonen, U. / Vejzovic, D. / Damisch, E. / Kulminskaya, N. / Petrowitsch, L. / Oberer, M. / Palva, A. / Malanovic, N. / Codee, J. / Keller, W. / Uson, I. / Pavkov-Keller, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qlh.cif.gz | 93.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qlh.ent.gz | 56.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qlh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/7qlh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/7qlh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7qecC 7qehC 7qfgC 7qfiC 7qfjC 7qfkC 7qflC 7qldC 7qleSC 8aluC 8aolC 8bt9C 8q1oC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18885.650 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactobacillus amylovorus (乳酸菌) / 株: GRL 1112 / 遺伝子: LA2_00970 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: E4SK47 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.33 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Crystallization condition 0.1 M MES, 40 % v/v MPD, 5 % w/v PEG 8000 Protein solution 20 mg/ml in 20 mM HEPES pH 8.0, 100 mM NaCl Setup 0.5 ul crystallization condition + 0.5 ul protein solution |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9429 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9429 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→43.79 Å / Num. obs: 19468 / % possible obs: 99.02 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 45.72 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05662 / Net I/σ(I): 19.32 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.382 Å / Rmerge(I) obs: 0.4732 / Mean I/σ(I) obs: 4.17 / Num. unique obs: 1908 / CC1/2: 0.959 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7QLE 解像度: 2.3→43.79 Å / SU ML: 0.2691 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.7997 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.81 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→43.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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